很多人都為牛頓晚年研究神學而感到遺憾，很多人都認為如果牛頓晚年繼續在科學的道路上深入的話，可能牛頓的科學成就不僅僅只限於經典力學領域。可許多人根本就不了解牛頓，其實牛頓本來就是以研究神學為主的，那一天的蘋果砸到他頭上純粹就是個意外。
蘋果砸頭頂的時候，牛頓還在思考這許多關於神學的問題，突然蘋果砸了下他頭頂就讓他猜想地球有地心吸引力的大膽猜想，而後經過大量的實踐來證明這個猜想，最終才有了後來著名的萬有引力定律和各種牛頓定律。為什麼說「牛頓本來就研究神學，蘋果砸頭頂純粹意外」？看看牛頓的那些「瘋狂」的「事跡」就一目了然了。
1、牛頓威脅說要活活燒死他的母親
艾薩克牛頓虔誠地信奉宗教，他對聖經的研究熱情不亞於他對科學的投入，在他20歲的時候，當他的理智還完好無損的時候，牛頓坐下來寫了一份他57件最嚴重的罪行的清單，作為他乞求上帝寬恕的方式。一些無關緊要的事情，比如在教堂吃蘋果，但卻隱藏在內心，這預示著他晚年將遭遇不穩定的精神狀態，牛頓的脾氣變得很怪異和暴躁。
他請求上帝寬恕他打妹妹的行為，後來又全力以赴毆打一個名叫亞瑟·斯託爾的人。然後，他似乎完全不知道他反對誰了。他的罪過變得更加瘋狂：「打擊許多人」和「希望一些人死亡」。年輕的牛頓承認的眾多罪行之一是「威脅我的父親和母親史密斯：燒毀他們的房子，活活燒死他們。」
2、牛頓與「哲學家之石」
在他晚年的生活中，艾薩克牛頓開始瘋狂地尋找「哲學家之石」。正如一些人對他的時代所相信的那樣，這是一種神秘的物質，能將鉛等賤金屬物質變成黃金，並能賦予飲用它的人永生。對牛頓來說，這不是迷信，這是一門真正的科學。不管出於什麼原因，他完全相信「哲學家之石」是真實存在的。他研究了每一篇關於鍊金術的論文，並在自己製作的實驗室裡進行了一次又一次的測試，努力創造一種長生不老藥，牛頓似乎相信，水銀是獲得長生的關鍵物質。
在他的筆記中，他有一個由其他鍊金術士寫的配方，叫做「索菲克水星」，他似乎創造了一些專門給自己食用的配方。幾年來，他一直把自己關在實驗室裡，吸入水銀等有毒氣體，甚至還把水銀喝了下去。很有可能牛頓自己也試過他的一個食譜，因為他留下了一張紙條，抱怨水銀的味道「強烈、靈魂化、忘恩負義」。有人認為這是他發瘋的禍根之所在，他體內的水銀汙染了他的大腦，使他發瘋。水銀已經擴散到了他身體的各個部位：在20世紀70年代，他的頭髮樣本顯示水銀含量是正常水平的40倍。
3、牛頓說「2060年，是世界末日」
艾薩克牛頓在一篇論文中宣稱，世界將要在2060年這一年結束；到了2060那一年，一位天使將飛過天空，宣講福音，巴比倫帝國將淪陷，基督將回歸，那時將會開啟一個新的受神啟發的和平時代。牛頓對所有這一切都非常直截了當，他堅持認為在2060年會看到一個真正的天使飛過天空，他很有信心地認為他的猜測是對的。畢竟，他還做了許多數學的推理，他寫了一個非常複雜的證明來證明他的預想。牛頓的這些證明卻是大量地依賴於丹尼爾的書和啟示錄，對大多數人來說，這在很大程度上是不可理解的，因為引用的這些內容幾乎都是「神學」。
4、天主教堂與「啟示錄之獸」
牛頓相信，末日的開始已經到來了。牛頓在一篇關於世界末日的長篇論文中聲稱，丹尼爾的一些預言已經實現了。根據丹尼爾的書，那只會站起來說褻瀆上帝的話，並迫使世界上的國王在它面前鞠躬，然後變成一頭野獸。牛頓寫了一整篇論文，認為教會「把法律作為神諭給國王和國家；並假裝萬無一失，他的命令對整個世界都有約束力。」在論文中，他指責天主教會宣揚褻瀆神明，支持「對死者的祈禱和對他們的崇敬」，這裡的「崇敬」大概是指對聖人的崇敬。牛頓認為，世界已經到了末日，這頭野獸已經上臺了，世界末日只剩下幾個世紀了。
5、「經血」的神奇特性
艾薩克牛頓試圖繼續進行他對「哲學家之石」的秘密探索。不過，他的一些長生食譜，在他去世的時候，仍然是他研究的一部分。至少可以說，牛頓的這些長生配料很奇怪。在他嘗試的許多不同的實驗中，有一個非常直觀的名字「骯髒妓女的經血」，聽起來的確讓人覺得難以理解。鍊金術是一門神秘的行業，以至於大多數鍊金術士都用密碼寫下了關於「長生的配方」，人們相信「骯髒妓女的經血」是揭開這些神秘面紗的密碼。根據比爾紐曼教授的推測，這些「經血」可能是牛頓的金屬銻（Sb）的代碼。這表明牛頓是多麼願意相信魔術，金屬銻（化學符號：Sb），根據他那個時代更迷信的說法，Sb是一種具有神秘的變形能力的神奇物質。
6、牛頓與翡翠石碑之謎
在他的筆記中，當他去世時，發現了一個手寫的啟示錄，艾薩克牛頓自己做的翡翠石碑（一個神秘的文本），這個「翡翠石碑」能給生命的力量的鑰匙。根據傳說，翡翠石碑是一個神聖的雕刻，被認為是希臘的赫爾墨斯神和埃及的透特神之間的十字架。據說，翡翠石碑是一種無形的物質，在時間的開始就構成了所有的東西，並且仍然滲透到所有的東西中。牛頓似乎相信，翡翠石板中隱藏著一個密碼信息，可以讓他控制原材料，將任何元素轉換成任何其他元素，他還寫了一系列筆記試圖解開其中的秘密。
7、所羅門神廟：上帝縮小版的宇宙
牛頓最喜歡的另一個項目是對所羅門神廟進行極其漫長和極其詳細的分析，這是一項極其徹底的工作，牛頓試圖測量聖經中所羅門王廟中每個房間的確切尺寸和用途，這不僅僅是因為他對建築的迷戀，才讓他承擔了如此龐大的工程。牛頓確信所羅門神廟是上帝設計宇宙的鑰匙，他相信聖經中充滿了只有智者才能破解的密碼線索，如果他能搞清楚所羅門神廟的樣子，他就能搞清楚整個宇宙的本質，這對牛頓來說不是隨便的消遣。他自學希伯來語和拉丁語，這樣他就可以翻閱聖經和古代猶太文本的原始譯文，以確保他沒有弄錯任何一個細節。對牛頓來說，計算重力是一件很好的事情，但它似乎是理解宇宙的真正鑰匙，在破解聖經中隱藏的密碼信息。
8、七彩彩虹
艾薩克牛頓提出了我們在學校學到的七種彩虹顏色：紅色、橙色、黃色、綠色、藍色、靛藍和紫色。如今，人們普遍認為靛藍是一種毫無意義的顏色，因為它實際上只是另一種紫色。不過，牛頓把它插進去純粹是為了給彩虹賦予七種顏色而已。因為在牛頓的心目中，數字「7」是神聖的。牛頓遵循著一個古老的、神秘的信念，認為數字「7」是「萬物之靈」。畢竟，這是一個數字，在聖經中隨處可見：上帝在七天內創造了世界，約瑟夫預言了七年的饑荒，耶穌用七個麵包餵人民，世界末日將以七個印章和七個號角來宣告，牛頓將靛藍列入名單，他深信上帝的所有創造物都應該脫離神秘數字「7」。而如今，我們還在學校裡學習這種「七彩色」的太陽光。
9、牛頓與亞特蘭蒂斯的命運
牛頓不僅僅是寫基督教信仰，他還寫了一篇關於亞特蘭蒂斯失落之城的論文，分析了柏拉圖和荷馬的工作，試圖找出沉沒之城的藏身之處。牛頓堅持認為，亞特蘭蒂斯是一個相當普通的城邦，隨著時間的推移被誇大了。它在一場席捲全世界的大洪水中被毀，但這座城市並沒有被淹沒，也不是所有人都死了。牛頓寫道，亞特蘭蒂斯公主倖存了下來。她就是卡利普索，他說：卡利普索是一位來自奧德賽的仙女。
當奧德修斯登陸卡利普索島時，他正降落在亞特蘭蒂斯的遺蹟上，與最後幾位倖存者會面。根據牛頓的計算，亞特蘭蒂斯號在公元前1796年沉沒，尤利西斯號在公元前896年登陸，這意味著，當時卡利普索至少已經有900年的歷史了，現在還不完全清楚牛頓是如何得出這些結論的。不過，在他生命中的這一刻，他顯然已經準備好相信整個星球一下子被洪水淹沒，如今關於奧德賽的故事也跟牛頓所描述的那樣：一字不差地真實存在。
10、牛頓的精神崩潰
牛頓的精神到了晚年幾乎瀕臨崩潰的地步，他不只是時不時地坐在那裡寫些奇怪的、神秘的論文，他還出去和朋友們聊天，對他們來說簡直太可怕了。從1693年開始的12個月裡，牛頓幾乎沒有睡覺，他睡得最長的一次就僅有一個小時，他幾乎不碰食物。他開始產生瘋狂的、偏執的想法，認為他的朋友們要抓他，並對他們大發雷霆，有時還很暴力。有一次，當牛頓發現他的朋友、哲學家約翰·洛克病了，他尖叫道：「如果你死了，那就更好了！」
牛頓仍然有清醒的時候，在另一封寫給約翰·洛克的信中，他告訴他，他記得給他寫過一封信，但記不起他說了些什麼，並請求約翰·洛克告訴他知道自己出了什麼問題。他對他的朋友塞繆爾·佩皮斯說，他已經失去了「以前的一貫性」，他已經成為朋友們的一個危險了。現在，他在朋友們身邊已經不安全了。他寫道：「我現在明白了，我必須離開你們這些熟人，如果可以，我就悄悄地離開他們，因為我現在的精神都有問題了，不希望因為自己而傷害到身邊的人。」在他寫給朋友的最後一封信裡寫到：「請原諒我說我會再見到你的。」