大蛇篇的最終Boss終於在拳皇97中被草薙京、八神庵和神樂千鶴再次封印，經歷了拳皇98無劇情大亂鬥休息一年之後。SNK再次挖坑，拳皇系列的背景故事進入了拳皇音巢篇，仿佛為了展示自己的決心，從拳皇99開始，遊戲的主角換成了新人物K'，或許SNK也想憑藉著這次改變，再創輝煌。
本次遊戲設定變更較多，畢竟是新的開始，新的故事，新的主人公，當然還有新的大反派。首先是對戰從3V3，變成了4V4，3個上場，1個負責專門偷襲援助，這個應該是從前幾作裡人物被擊暈後隊友跳出來救場演化而來；其次是能量有了不同的爆發模式；第三是AB閃避被改成了前閃和後跳後前衝，這是一個讓許多拳皇玩家措不及防的改動。
簡評：畫面4分，音樂3分，人物3分，對戰改動+3分，AB閃避-2分，有勇氣更換主角+1分，藤堂香澄+1分，總分13分。
拳皇2000延續了拳皇99的對戰模式，可選人物上有了更多的新面孔，看樣子SNK已經把拳皇系列當成了親兒子來培養，實際上餓狼傳說和龍虎之拳已經走向了沒落，不著力培養一下拳皇這個IP怎麼能行？
此時的SNK已經走下坡路快要走到底了，於是旗下的所有角色紛紛登場，而且挖了個「中國飛賊」的大坑，直到現在都沒有填上，估計是有年沒日子的事了。在系統方面，AB又換回了翻滾閃避的模式，同時援護攻擊取消了擺Pose，讓援護可以帶入連段。
簡評：場景4分，音樂4分，人物4分，AB改動+3分，挖大坑-3分，援護過於不平衡但可以帶入連段不計分，藤堂香澄+1分，總分13分。
拳皇音巢篇在拳皇2001也迎來了大結局，拳皇系列歷史上第一個勸退型Boss，56歲仍然是個帥哥的伊格尼茲登場，沒有了藤堂香澄讓小編極其難受，好在安琪兒填補了心中的空缺。
在系統上，拳皇2001再次做出了一個驚人的改變，那就是雖然還是延續4V4的對戰模式，但可以選擇援護的數量，是在鼓勵精通一個人物即可？同時取消了曝氣模式，轉而用消耗不同的能量槽來釋放威力更加強大的超必殺技。
簡評：場景3分，音樂4分，人物2分，對戰模式改變+2分，能量消耗模式+2分，總分13分。
拳皇2002又是沒有劇情大亂鬥的一作，本作中不死的盧卡爾繼續被SNK拉出來作為最終Boss。
在系統上，拳皇2002回歸了3V3的對戰模式，這也是必然的，人物一多，平衡性就難以掌握，再加上援護，那更是不能提平衡二字了。在招式方面，為每個人物加入了富有特色的隱藏超必殺技。當然也不能忘記本作的BC模式，後面的作品將這個設定基本延續下來。
簡評：畫面1分，音樂2分，人物1分，設定圖更是醜出了天際，BC+3分，隱藏必殺+2分，取消援護+2分，總分11分。
小編雖然是個拳皇愛好者，但不可能做到面面俱到，如有缺漏之處，歡迎指出，而且這裡面有個人喜愛因素在內，如讓您不適，萬分抱歉。