菩提祖師是孫悟空的授業恩師，也是《西遊記》中最神秘的一位世外高人。
他雖然打扮得仙風道骨，卻精通佛理，他的名號、弟子的輩分，都充滿著濃鬱的佛學氣息。他的道場的名號——靈臺方寸山，更是與佛教聖地靈山相似。
我們很難確定，菩提祖師到底是道教上仙，還是佛教神靈。但通常認為，菩提祖師是道教上仙。根據原著的設定，菩提祖師的道教印記也更多，畢竟他立身的根基、掌握的本領以道教為主。
不過，道教上仙眾多，菩提祖師到底是誰呢？這個問題，恐怕自《西遊記》誕生以來，便讓人津津樂道，但眾說紛紜，沒有一個標準答案。
近年來，網絡上有人認為，菩提祖師是通天教主。他與菩提祖師有許多相似之處。比如封神之戰結束後，通天教主被師父鴻鈞老祖關了禁閉，從此變得十分低調，而菩提祖師也非常低調；通天教主被徒弟坑後，想必最擔心弟子闖禍，而菩提祖師也擔心弟子闖禍；通天教主喜歡閱讀《黃庭經》，而菩提祖師也對它手不釋卷。
因此，有人還認為，如來是菩提祖師的弟子。菩提祖師還是通天教主時，收過一個徒弟名叫多寶道人，封神之戰結束後，多寶道人隨太上老君出函谷關化胡為佛，投胎於西方，是為如來。所以，如來自然是菩提祖師的弟子。
這種觀點非常新穎，不妨作為茶餘飯後的談資，但肯定與《西遊記》原著不符。首先，通天教主是《封神演義》虛構的人物，而菩提祖師是《西遊記》中的人物，兩人出自不同的兩本小說；其次，《西遊記》成書在前，吳承恩不可能以通天教主為原型創作菩提祖師。
除了通天教主之說，菩提祖師的身份還有準提道人之說，這同樣不符合《西遊記》原著。準提道人也是《封神演義》中虛構的人物，理由同上。
也有人認為，菩提祖師的真實身份就是如來。在我看來，這完全屬於過度解讀，《西遊記》原著沒有任何信息暗示這點。而且，如來是佛教創始人，而菩提祖師是道教上仙，請問，作為佛教創始人的如來，怎麼裝扮成道教上仙？難道他也會道法？
其實，根據《西遊記》原著設定，菩提祖師誰也不是，就是菩提祖師，正如孫悟空誰也不是，就是孫悟空。
如果非說菩提祖師和如來有何關係，我們不妨在原著精神上大膽地猜測，如來和菩提祖師是亦師亦友的關係。
首先，原著中的菩提祖師，應該並沒有人們想像的那樣神秘。菩提祖師擔心孫悟空闖禍，所以警告他不許說出師父名諱。試想，如果菩提祖師是個無名之輩，隱居深山無人知曉，又何必那麼擔心孫悟空說出它的名諱？反正也沒人認識，沒人能找到他。可見，三界肯定有人認識菩提祖師。
如來降服孫悟空時，曾問孫悟空的來歷，菩提祖師具有預測未來的本領，想必也知道如來將有此問。那麼，菩提祖師不許孫悟空說出他的名諱，很可能是不想讓如來知道孫悟空是自己的徒弟。那麼，菩提祖師和如來很可能相識。
而前面說過，吳承恩明確提及，菩提祖師雖是道教上仙，但精通佛理，那麼，菩提祖師的佛學從何學來？總不至於是菩提祖師自己悟出來的，畢竟他不是佛教的創始人，那麼只可能是學習而來。向誰學的呢？極可能正是他的老熟人如來。而且，以菩提祖師的咖位，也只有佛教創始人如來能教他。
不過，憑菩提的資歷，如來也不可能把他當作徒弟，兩人應該是亦師亦友的關係，正如老子和孔子那樣。孔子當年曾聞學於老子，可以說是老子的徒弟，但由於孔子咖位太大，又是儒家創始人，所以通常認為他和老子是亦師亦友的關係。