今天給大家講述的是女孩和男高中生互換靈魂的故事。女主三葉生活在三年前的糸守村裡，男主立花瀧生活在三年後的東京。故事的設定是兩個不同時空的人，在夢中互換了身體和靈魂，從此開展了奇妙的時空之旅。
故事一開始，不想困於山村的女主角三葉，對著群山許願，希望能成為最帥氣的男高中生。沒想到他的願望真的實現了。她早在自己不知道的時候，就與一位帥氣的東京男高中生立花瀧互換了靈魂。
第二天他們恢復正常，理所當然地覺得自己是在做夢。然而妹妹表示三葉昨天非常奇怪，頭髮扎得亂七八糟，還忘了自己的名字。立花瀧的朋友則說他昨天特別娘，還怪可愛的。三葉在本子上發現有陌生的字跡寫著你是誰。
之後同樣的情況又發生了好幾次，兩人這才明白，並不是做夢，而是真實地交換了靈魂。每周兩三次，沒有預兆，原因不明。
為了防止出亂子，三葉和立花瀧只好用手機的備忘錄交流互通，把交換靈魂的那天發生的所有事情都寫在備忘錄裡。
這天交換靈魂後，有著立花瀧靈魂的三葉，跟奶奶和妹妹一起去神廟供奉口嚼酒，奶奶表示喝了口嚼酒，就可以和製作酒的人靈魂相連。日子就這樣平靜地過去，三葉和立花瀧的關係越來越微妙，即使從未見過，也仿佛是認識了很久的好朋友。
平靜的日子沒過多久，不久後，百年難得一見的彗星來臨。那天之後，立花瀧再也沒有與三葉互換過身體，而且也無法取得聯繫，神秘的現象突然消失了。
立花瀧為了知道真相，也希望能見到三葉，踏上了旅程。他和兩個同學一起前往糸守村，去找尋他心中的未知。當他們到達目的地後，驚訝地發現那裡已是一片廢墟。這個村子三年前因為彗星降臨而毀滅，村子裡的人都不幸身亡了，他已經無法再找到三葉了。立花瀧想翻看手機裡的備忘錄，確認備忘錄卻神奇地在他眼前一條一條消失。
其實三葉在彗星墜落之前，也曾經去過東京見過立花瀧。她獨自離開系守村，去從未去過的城市，尋找一個見都沒見過的男生。在東京，人海茫茫，她孤身一人，走走停停，奔波勞累，茫然失措。但三葉還是找到了立花瀧。在公交車上，三葉上前與他搭話，可是立花瀧並不認識她。因為這是三年前的立花瀧，還未開始與三葉交換靈魂。失望的三葉回到了村裡，之後就發生了彗星降臨，村子被毀的事。
但故事並沒有在這裡結束。立花瀧想起奶奶說過，口嚼酒可以連接靈魂，於是喝了三葉做的口嚼酒。果不其然，兩人再次交換靈魂。這是彗星墜落當天早上，立花瀧拼命地向村民解釋，讓大家逃跑，卻沒人相信他。
此時三葉從立花瀧的身體中醒來，兩人同時來到山頂，但卻因為兩人的時空差了三年，無法相遇，一次又一次地擦肩而過。
所幸黃昏降臨，據說黃昏是不屬於白天也不屬於夜晚的時刻，可以看到平時看不到的事物。兩人就這樣跨越時空相遇了。為了防止因交錯時空逐漸忘記對方，他們約定把名字寫在對方手上。輪到三葉時，黃昏的時刻過去，三葉消失在原地。
在三年前的時空，三葉成功勸說息守村的所有人離開，保住了性命。十年過去，兩人都忘記彼此，他們成為普通的上班族。這天兩人擦肩而過，突然意識到對方就是自己一直尋找的人。故事的最後，三葉和立花瀧同時詢問對方的名字，這一次他們不會再錯過了。
電影《你的名字》到這裡就結束了。不少人感動於立花瀧在三葉手上寫的不是自己的名字，而是喜歡這句告白。整部電影既有美麗的畫面，又有典型的日本浪漫主義。最難忘的是三葉和立花瀧尋找彼此的勇氣，這份只屬於青春的勇氣。即使有彗星隕落的危險，也無法阻擋他們。看似小孩般的胡鬧卻讓人無比羨慕。