崇因寺位於城內北門裡街路西，始建於明萬曆三十五年（1607年），清乾隆五十一年（1786年）重修。建國初已損廢，現僅存有一座藏經樓。寺院內原有毗盧殿、天王殿、沒梁殿、鐘鼓樓、銅鐘和藏經樓，曾是正定古城規模宏大，佛教僧徒眾多的八大寺院之一。
關於崇因寺的始建年代，據清光緒元年《正定縣誌》記載：「明萬曆丁未（即萬曆三十五年，1607年）僧無疑募建，內貯佛經新舊各一藏。亁隆丙午（即乾隆五十一年，1786年）發帑重修。」而據崇因寺內的明萬曆年間《本府崇因寺蓋方殿募緣疏》碑陰額刻銘文所記：「粵崇因禪林，古之天王蘭若，罹兵燹興廢，弗稽於何代也……」這說明崇因寺始建於明代之前，大約建於唐代，因明代以前戰火幾近荒蕪，明中葉以後，隨著經濟的恢復和發展，佛教寺院才重新興盛起來。至今，多沿用明代寺僧無疑募建寺之說。
明代，崇因寺受到皇室的重視。萬曆三十五年（1607年），由住持僧人無疑，雲遊四方，化緣募資，重新整修了寺院，修建了毗盧殿、沒梁殿，迎來了崇因寺的中興。時任左都御史，官至吏部尚書的趙南星賦《寄無疑和尚》詩讚曰：「談禪滿世間，萬事益可概。我輩亦談禪，嘆世亦我輩。誰其造黑業，多言何潰潰。聞師善說法，遊戲得三味。而我視眾生，區區未絕愛。願灑甘露言，超然頓自在。」寺內主殿——毗盧殿內供奉的銅鑄毗盧佛，為明神宗與生母慈聖皇太后御製，其造型獨特，精美絕倫，實為海內孤例。整體有三層圓形銅鑄佛像一座，自上而下依次漸收，每層均為四尊毗盧佛，頭戴五佛冠，面向四方盤坐於蓮花座上。三層蓮座的一千個蓮瓣上均精細雕飾一尊小佛，共有一千零七十二尊，形成「千佛繞毗盧」的格局，俗稱「千佛墩」，又稱「千佛尊」，是國內極罕見的文物珍品，堪稱國寶。
據史料記載，明神宗（朱翊鈞）幼年喪父，由其生母李太后（即慈聖皇太后）撫養長大。李太后十分篤信佛教，朱翊鈞登基之後，聽信其母，在京師內外動資巨萬，多置梵剎。其之後，萬曆皇帝也崇信佛教。萬曆三十七年（1609年），全國各地建造佛寺常得到朝廷的支持和資助，並留下了與之相關的建築與碑文。崇因寺內現存有一通「敕諭一道」碑，此碑刻立於明萬曆三十七年（1609年）二月。碑陽額刻聖旨全文「聖旨」二豎字。為楷書15行，滿行31字。內容為萬曆皇帝「敕諭敕賜護國崇因寺開山第一代保持性定僧眾人等」。特頒賜佛教藏經舊刻六百二十七函、聖母慈聖皇太后續刊四十一函、皇帝命印全藏六百八十七函於崇因寺，差太監王忠前往供安。寺僧眾人等務齋心禮誦，敬奉珍藏，不許褻玩。碑陰額刻「本府崇因寺蓋方殿募緣疏」文16行，滿32字。募緣疏開始記：「粵崇因禪林，古之天王蘭若，罹兵燹興廢，弗稽於何代也，今安圓迥三級千佛金像，我當今皇上同聖母慈聖皇太后老娘娘御製所造。今展拓重建四方大殿……」具此說法，寺內所供主尊毗盧佛應是萬曆皇帝及其生母為了表明皇恩浩蕩，「光陰遍照」，「遍一切處」而敕賜。
清代，崇因寺依然受到皇室的重視和青睞。特別是乾隆皇帝的三次臨幸，發帑重修，使寺院重新恢復保持了顯赫的地位。乾隆四十六年（1781年）春三月，乾隆皇帝西巡謁五臺山，途經駐蹕正定，當時隆興寺歷時兩年重修告成，瞻禮之暇訪崇因寺，見寺內「禪宇荒蕪，經幢就圯，爰發帑命吏重修新之」。遂御製《重修真定崇因寺碑記》（詳見碑文選）。
乾隆五十一年（1786年）三月，崇因寺已修葺完工，乾隆帝第二次來到寺院，見「門殿樓閣奐如翼如，垣墉仡如，堂舍櫛如。向之毗盧寶幢、須彌石座，體粗莊嚴，一一湧現。壞者成之，故者新之。」遂賦《丙午季春月詣崇因寺作》詩云：「世間萬法歸成敗，成敗由來互作因。敗若無其嶙彼舊，成安有此見斯新。施楹詎為福田舉，落鼎聊乘便路申。雨雪頻霑春事好，崇功德冀惠吾民。」自此，崇因寺又恢復了香火興盛。
乾隆五十七年（1792年），乾隆皇帝西巡五臺過正定，瞻禮崇因寺，並賦《壬子孟夏崇因寺作》五言詩云：「崇因寺久廢，丙午為葺成。葺成雖實果，崇因乃虛名。阮恩因為所，則其果號能。能所本是幻，因果又豈誠？崇者復屬誰，金仙默弗評。」從此，崇因寺名聲大震，僧徒雲集，香火不絕，已成為正定府顯赫的佛教寺院之一。
清道光年間，正定知府沈濤令人遍訪州、縣寺觀，抄錄、拓印各地碑碣，並將其中一些較珍貴的佛教經幢、碑碣遷入崇因寺內妥善保管。之後，拓印成《常山貞石志》傳世。
清代後期，崇因寺是八國聯軍入侵我國時所毀壞的大批古建築中倖存者。據傳說，八國聯軍曾用繩索拴住寺內銅鑄毗盧佛像底座，套上幾頭牲口都未拉倒，而被保存了下來。
正定解放後，先後被華北軍區後勤部製鞋廠、正定一中、正定教師進修學校佔用。
1982年11月13日，崇因寺被公布為縣級重點文物保護單位。
1990年，隨著正定城市規劃建設，東西橫穿的恆山路興修開通，將崇因寺攔腰截成南北兩段，北部仍被縣教師進修學校佔用，南半部建起了居民住宅樓。樓南仍存照壁基址。
現今，崇因寺內僅存一座面闊五間的二層藏經樓，已屬名存實亡，但它在歷史上曾是正定佛教八大寺院之一，也是正定佛教寺院興衰的歷史見證。
崇因寺，坐北向南，寺院南北長170米，東西寬86米，佔地面積14620平方米。寺院主體為中軸線布局，自南向北依次為：琉璃照壁、石獅、沒梁殿、鐘樓、鼓樓、天王殿、東西配殿、毗盧殿，藏經樓。在主體東側建有僧舍、方丈院，俗稱東跨院。西側建有長工住所、牲口柵以及農具存放處，俗稱西跨院。寺院大門西側建有關帝廟，面闊三間，布瓦硬山頂，供奉「伽藍神關羽」。在大門前東西兩側各建有碑樓一座。東側牌樓東臨北門裡大街，大街東西尚有一照壁與牌樓相對應。（文章摘自《正定史源》）