目前，全國各地掀起了轟轟烈烈的修譜熱，然而，各地譜牒的修撰質量參差有別、良莠不齊，存在著很多問題。總結來說，則有以下四個方面的問題：
第一，敝帚自珍，封閉僵化。
很多族譜都會標記「僅限本族人員閱讀，如若借給外人，則嚴懲不貸」的字樣，或者乾脆說：
「或有不肖輩，鬻譜賣宗，或謄寫原本，瞞眾覓利，致使以贗混真，紊亂支派者，不惟得罪族人，抑且得罪祖宗。眾共黜之，不許入祠，仍會眾呈官，追譜治罪。」
作為家族歷史和地方文化遺存，族譜應該為本族後人珍視，而且在其內容無須保密的情況下，能讓非本族人土翻閱。把我們共同的精神財富，發掘整理，光大前賢，理應得到理解和支持。
第二，水平參差不齊，標點校訂不嚴。
現代新修的修譜，往往會把祖上存留的譜序、傳贊、藝文等，以簡化字方式分句分段。但很多主持者的古文水平和文學修養有限，存在著明顯的標點及注釋錯誤，甚至還存在著不識繁體字的情況。
點校後的版本讓人云裡霧裡，不知所云，實在是不忍卒讀。萬鳴皋便曾說：「略通文墨之村叟危害最大，見識不長，又自以為是。」
第三，內容簡略粗陋，形式粗糙爛造。
族譜其所以重要，因其內容除記述本族世系成員外，對本姓姓源、發源地和遷徒、變化、大事記、名人傳記、風土人情等情況多有記述，是記述一個姓氏歷史全過程。
因此，族譜不僅要寫明其成員世系輩分，族史更是其中不可缺少的，而且史實越多，其價值越高。而現代修族譜，往往只是對世系成員作一大概的介紹，而整體式的俯瞰式的綜合性概括較為缺乏。
第四，矜誇祖先的態度問題
家譜撰寫的態度問題，這是修譜的首要問題。修譜的態度無外乎分為兩種：一種是以實事求是的態度，講究本有其事，據實載錄；另一種則是曲筆回護、牽強附會，或更有甚者是任意杜撰，以追求譜牒完備，中間不缺斷，且代代載有名賢大宦，以此光耀門楣。
牽強附會、迷信聯採是中國古代家譜的通病，正如胡適所說：
「中國的族譜有一個大毛病，就是源遠就流長的迷信。沒有一個姓陳的不是胡公滿之後，沒有一個姓張的不是黃帝第五子之後，沒有一個姓李的不是伯陽之後。家家都是古代帝王和古代名人之後，不知古代那些小百姓的後代都到哪裡去了。」
人人都喜歡攀援顯赫的祖先，家家都是古代名人之後，似乎唯有如此，才能顯現出自己家族的高貴和血統的深厚。
朱熹也曾說過：
「今之修譜者眾矣，推其意，不過誇示祖宗之富貴，矜言氏族之強大已耳；而所以修譜之深意，則茫乎其不可問矣。蓋修譜之意，所以序昭穆、明長幼、分士庶、別親疏，以維持家道也。而今之修譜者，則曰：吾太祖為某氏之官，某朝之相。而後之子孫，亦與有榮施焉。凡我同姓之人，莫不依附我之氏族，而得以步其光寵。於是乎親疏無以明，士庶無以分，長幼無以別，昭穆無以序，而修譜之義安在哉！」
朱熹認為修譜，是為了「序昭穆、明長幼、分士庶、別親疏，以維持家道也」，可是當今的人只會「誇示祖宗之富貴，矜言氏族之強大」，這根本是與「修譜之深意」相違背的。
戴震在其《族支譜序》中記載戴氏家族的遷徙情況時說：「蓋譜牒所記，戴公以下，護公以上，不審信也。」這一明確否定的說法，指出了戴氏家譜中的記載有與歷史事實不符的情況，表明戴震反對為了「尊祖、敬宗、睦族」以及利用綱常倫理加強宗族血緣關係和凝聚力從而就隨意攀龍附鳳、遙託華胄、空附名宦的庸俗的修譜之法。