直到晚年，周汝昌的生活才相對平靜。
此前的近半個世紀內，他的命運隨著政治風雲的變幻，曾不由自主地捲入到一系列的紛爭中去。這一切，均由他的心血之作《紅樓夢新證》所觸發。
30歲時，正在讀大學的周汝昌發表了《曹雪芹卒年之新推定》。命運的偶然在於，初試啼聲的他就此得到了聲名赫赫的胡適的關照。
從此，兩人開始了書信往來。1948年，正埋頭撰寫《紅樓夢新證》的周汝昌特意跑到北京王府井的胡適家中拜訪。令周汝昌激動的是，胡適竟然將珍藏多年的孤本《甲戌本石頭記》慷慨地借給他翻閱，後又讓在燕京大學任教的孫楷第將珍藏的《四松堂集》乾隆抄本和有正書局石印大字本《戚蓼生序本石頭記》一併拿給周汝昌研究。
1953年，《紅樓夢新證》初版。此前，「紅學」雖已成為20世紀的三大顯學之一，但紅學界影響力頗巨的著作也不過是胡適於1921年出版的《紅樓夢考證》，以及1923年俞平伯推出的《紅樓夢辨》。
然而，就在《紅樓夢新證》出版的第二年（1954年）9月，剛剛大學畢業的李希凡和藍翎發表了文章《關於〈紅樓夢簡論〉及其他》，鮮明地對俞平伯的紅樓夢研究提出批評。10月，毛澤東發出《關於〈紅樓夢〉研究問題的信》，支持李希凡和藍翎，提出批判俞平伯等人「毒害青年的錯誤思想」。
由此，一場針對胡適和俞平伯的批判迅速席捲全國。同為「紅樓中人」，周汝昌自然也無法置身事外。
我考證的目的正是索隱
《紅樓夢新證》出版的第二年，紅學界掀起了批判胡適的滾滾大潮，迫於形勢的周汝昌不得不寫了文章，說明他與胡適的不同。在異鄉的胡適讀了並未介意，仍向人推薦周汝昌的《紅樓夢新證》為一部「很值得看的書」,並稱「他是我在大陸上最後收到的一個『徒弟 』」。
由此,周汝昌被視為胡適的「衣缽傳人」，亦多有人認為其《紅樓夢新證》延續著胡適的考證思路。他也被稱為「胡適後的紅學研究第一人」。
2005年，周汝昌曾出版20餘萬字的《我與胡適先生》，稱道其人品和學問，念念不忘先生胡適對自己「愛護有加」。
《瞭望東方周刊》：有一種意見認為，您早年是考證派代表，近幾十年轉向索隱。您認為自己是哪一派呢？
周汝昌：看樣子我得在腦門上貼個標籤，標明自己屬於哪一派，讓別人一看就明白，哈哈！說我是考證派一點都不錯。「證」者，何也？考證是也。
說到「新證」，我的「新證」不在「證」，而在「新」。這個「新」是針對胡適說的。胡適作的《紅樓夢考證》不是一部學術專著，而是一篇序言，即論文的性質。我得到了他的教益，繼承了他的思想，但與他的思想又不完全等同。我的書裡添加了自己的創造，所以叫「新證」。如果忘了這點，我的考證就毫無意義。
《瞭望東方周刊》：為何 「考證」與「索隱」給人感覺似有水火不容之勢？
周汝昌：此問根源先要抓住《紅樓夢》的開頭—— 是作者經歷了一番夢幻之後，將真事隱去，借通靈之說撰成此書的。那麼其間隱去的真事到底是什麼呢？這才發生「索隱」與「考證」的問題：索隱者是以尋找那個「真事」為目的，考證者是為尋找那個「真事」而採用的手段方法—— 兩者是同一件事的兩個方面而已，不是對立的。
「索隱」一法，從《史記》就開始了，《史記》也有隱事要索。我們早先所反對的那種「索隱派」，是指他們所用的方法錯誤了（比如，將書中的十二個女性人物的藝術形象說成是十二個男性官員、名士的一種影射云云……），而絕非反對「索隱」本身。
我之所以被稱為「考證派」，只是看到了我的方法，而忘記了我考證的目的卻正是索隱。
剛才說《紅樓夢新證》不在「證」，而在「新」。我的觀點新在哪裡？直到今天，才被著名大學者劉再復先生點破，他認為：周汝昌的「考證」才是高峰，是「悟證先河」；考證不是字面意義上的考證，而是感悟考證。感悟考證是一種新方法，感悟和考證交相融合，意即「悟中有證，證中有悟」。
如果稱我為考證派也不全對，因為考證裡面沒有感悟。感悟就是去追溯書裡面不敢說、不便說、無法說的東西。正是這個東西使得曹公子（曹雪芹）痛苦無比。
「自傳說」不是說曹雪芹給自己作傳
對《紅樓夢》，周汝昌主張「自傳說」，這也是《紅樓夢新證》的核心觀點。
「全書的中心問題是主張『自傳說』」，周汝昌曾言，全書各章各節都「拱衛著它，簡直成了一個『體系』」。
這正是給他帶來諸多爭議的主要緣由之一。
1954年對俞平伯、胡適的批判如火如荼之際，時任《人民日報》總編輯的鄧拓約見周汝昌，在稱讚其紅學成就的同時，指其「自傳說」脫離了歷史唯物主義，「犯了『二元論』的錯誤」。
1976年，《紅樓夢新證》增訂版出版時，卷首曾刊有1955年「批紅小將」李希凡、藍翎發表於《人民日報》的文章《評》，稱該書「在自然主義『自傳說』的觀點上，和胡、俞取得了一致，並且用全部的考證工作發展了這個觀點」。囿於其時的政治環境，周汝昌不得不就此展開自我批評。
前些年，在作家劉心武對《紅樓夢》的探秘引發爭議後，周汝昌又被指為劉心武的「老師」，再次遭到紅學界的非議。
《瞭望東方周刊》：為什麼「自傳說」曾引發了業界很大的爭議？
周汝昌：反對「自傳說」者，以為「自傳說」是指作品的體裁，而我所謂的「自傳說」，不是自己給自己作傳記，而是作者借一塊石頭投胎到人間的藝術手法，這可以說是作品內涵包含的一種自傳性。
認為《紅樓夢》的創作是以曹氏家族為原型的學術觀點，叫「自傳說」。代表人物是胡適，「自傳說」的理論要點是認為《紅樓夢》這部小說是以「真事隱」（甄士隱）的春秋筆法，借小說中賈府來描寫曹氏家族的繁華舊夢，借小說中賈、史、薛、王四大家族的盛衰演變來描寫曹氏家族由富而窮，最後「落了片白茫茫的大地真乾淨」的情形。
《紅樓夢》不僅是一部帶有作者自傳性的小說，更是包含曹雪芹、李煦兩家的自傳性或合傳性的文學創作—— 此所謂「傳」者，實際就是今日通常所謂的有素材、有原型的小說寫作。因此，《紅樓夢》也被胡適稱為一部「自然主義的傑作」。
《瞭望東方周刊》：您怎樣看待劉心武先生續寫的《紅樓夢》？
周汝昌：我和劉心武是如水的君子之交。有一年大年初二他突然打電話來，說他續完了《紅樓夢》後四十回。我聽了大吃一驚，當時就想：這個人真了不起!後來他把續書寄過來，但我無法看了，只聽讀了回目，因此不便說長道短。我送他一句詩：「壯哉，真勇士也。」我只能以這種方式鼓舞他。
但我必須說一句，高鶚續的後四十回書，嚴重地歪曲篡改了《紅樓夢》的本質，在這個意義上，我對劉心武的續書表示支持，其他不在討論之內。
《瞭望東方周刊》：您有想過續寫《紅樓夢》嗎？
周汝昌：我只是續寫過《紅樓夢》的一些小片段。這些小片段好像是一首首抒情詩，不受連環、交叉等難度的影響。這是個油滑取巧的辦法。我聽到有人說「周某人編故事不是連貫的，是一小段一小段的，但是每一個都有濃厚的詩意。」如果能夠取到這個效果就很榮幸了。
紅學不要忘了「學」字
說周汝昌為「新中國《紅樓夢》研究第一人」或許並不為過。
在當今紅學界，著述之豐、影響之大者，非他莫屬。最近的十餘年間，他幾乎保持了年均推出一本紅學專著的紀錄。2008年，90高齡的周汝昌還登上中央電視臺百家講壇，講說四大名著。
只是，相伴而來的依然是爭議。周汝昌倡導的紅學四大分支、將紅學提升到「中華文化之學」、對劉心武等後學的鼓勵，被主流紅學界指責為否定《紅樓夢》的文學價值，從考證轉向了索隱，「晚年紅學研究走向偏執」。
八年前，周汝昌被通知從中國藝術研究院退休，只是在中國紅學會尚有一個「顧問」的頭銜。耄耋之年的周汝昌只好選擇「單幹」,由其子女充任助手，繼續頑強地堅持著他對《紅樓夢》與曹雪芹的痴迷和研究。
《瞭望東方周刊》：您曾有詩云「論學從來有異同，何傷交誼共研《紅》」，但紅學會一直對您頗有微詞。為何會出現這種情況？
周汝昌：你用「微詞」這個詞很高雅，謝謝你！何止微詞啊，有些就是人身攻擊。有人告訴我，有些學者、教授罵我，一種是冷嘲熱諷地挖苦，一種是咬牙切齒地咒罵。這跟學術有關係嗎？這種現象出現在學術界、學刊裡應該嗎？可又為什麼會出現這種現象呢？留給他們思考吧。
過去也有人罵我「搶碼頭」。我開始還不懂，後來人家告訴我說這是古代一種狠毒的罵人的話。說實話，我從未想過去「搶碼頭」。
最近劉心武「火」了以後，也有人通過罵他來轉彎罵我的。劉心武是受了我的牽連，我很過意不去。
《瞭望東方周刊》：您認為，當前紅學研究領域尚沒有解決的主要問題是什麼？
周汝昌：紅學到目前為止到底解決了什麼問題？我自己都懷疑這個命題。《紅樓夢》學術研究上有哪些貢獻？有哪些突破創新？那都只是以前的學術成就。紅學近年沒有什麼突破、創新。
紅學不要忘了「學」字，它是需要不斷學習、不斷創新突破的。僅舉一例，比如問曹雪芹的藝術手法高在哪裡？也再沒聽到過什麼新觀點；再如對沁芳園的新理解，我也如饑似渴地想聽到一些新見解、新想法。
胡適等學者曾說《紅樓夢》不足以與世界一流文學著作並列。我一直懷疑他們所說的「世界一流文學著作」到底是指什麼。《紅樓夢》到底哪些方面不及它們？他們用這麼一句話就把我們自己的《紅樓夢》給貶低了，我不服氣。直到現在，我還是堅持認為《紅樓夢》是世界第一流的文學作品。