萬曆皇帝聰明而敏銳，他自稱早慧似乎是有根據的
自張居正死後，朱翊鈞開始通過向各地徵收礦稅銀的方式，增加內庫的內帑。在此以前，內庫主要收入為金花銀，即依靠南直隸地區的田賦。不過，內庫所有收支最終仍由戶部負責，並對皇帝的使用進行嚴格的幹預和管理。礦稅銀除補貼內帑用於宮廷膳食以外，更多則用於國家開支，尤其是邊鎮用錢。
萬曆二十年（公元1592年）十一月初四日，甘肅巡撫田樂上疏，因河西地區邊疆用兵，需數十萬錢糧，請撥內帑，朱翊鈞批覆同意。
萬曆二十七年（公元1599年）十二月十二日，戶部因京師庫銀減少，邊餉告急，奏請撥內帑，朱翊鈞雖然責怪戶部未提前做好庫銀儲備，並且不要因為有內帑而有恃無恐，但是，仍迅速撥發內府庫銀救急。
萬曆三十一年（公元1603年）四月，戶部更是因北部邊疆兵餉告急，請撥內帑百萬兩，朱翊鈞最顧及邊情，所以，同意照數撥用。
另外，含礦稅銀的內帑也用於國家救災，如萬曆二十二年（公元1594年）三月初九日，因河南饑荒，撥內帑三萬三千兩用於賑災。
學校為養士基地，「人才所系」。為了培養新的人才，萬曆二年（公元1574年），朱翊鈞命令吏部嚴格選用提學官。次年三月，張居正進呈《請申舊章飭學政以振興人才疏》，提出選用提學官和整頓學校的十八條方案。朱翊鈞以為「深切時弊」，下詔命「各官著實遵行」，並大量裁減府、州、縣學的學生數。
在明代，「科舉必由學校」。人口不斷增加，學校招生人數反而減少，不但與社會發展大勢背道而馳，對於那些追求功名利祿者更是當頭一棒。朱翊鈞還根據張居正的建議，詔毀天下書院，迫害士人，實行文化專制。這些都是倒退行為，所以，一開始就遭到激烈反對，難以貫徹執行。
張居正本人更為此付出了沉重代價：大邑士子多怨之，或謂他「千慮一失，在汰郡縣諸生」，成為後來慘敗的禍根之一。
朱翊鈞是明代在位最久的皇帝。明代歷史中以萬曆紀元的時間，持續將近四十八年之久。朱翊鈞在位期間，前十年奮發圖強，中間十年由勤變懶，最後近三十年「萬事不理」。
他的主要特徵：貪酒、貪色、貪財而又貪權，始終「魁柄獨持」，可謂操權有術，從這一點說，他不是一個庸人。但是，他又缺乏明太祖、明成祖那樣的雄才大略。他即位於十六世紀七十年代初，終於十七世紀二十年代。當時，正是整個世界處於翻天覆地的大變動時期。中國封建社會也已經發展到晚期，「天崩地裂」，新的生產關係開始萌芽，生產力有了巨大發展，也同樣處於由古代社會向著近代社會轉型的劇變前夜。
在這個歷史的大變動中，由於幾千年中國封建制度的頑症根深蒂固，加上他沉溺酒色、財貨的心理病態，非但未能使中國跟上世界新潮流，迎來新時代的曙光，相反，在他的手裡把明朝推向絕境，加快了其終結的歷史進程。
《明史》評論：「神宗衝齡踐阼，江陵秉政，綜核名實，國勢幾於富強。繼乃因循牽制，晏處深宮，綱紀廢弛，君臣否隔。於是小人好權趨利者馳騖追逐，與名節之士為仇讎，門戶紛然角立。馴至悊、愍，邪黨滋蔓。在廷正類無深識遠慮以折其機牙，而不勝忿激，交相攻訐。以致人主蓄疑，賢奸雜用，潰敗決裂，不可振救。故論者謂明之亡，實亡於神宗，豈不諒歟。」
而當時的朝鮮使臣卻對神宗評價頗高，許篈這樣稱讚神宗皇帝：「今日臣等望見天威甚邇，龍顏壯大，語聲鏗鏘。」朝鮮使臣對萬曆皇帝執政前期的勤政，是極為稱道的：「因聞皇上講學之勤，三六九日，則無不視朝，其餘日則雖寒暑之極，不輟經筵。四書則方講孟子，綱目至於唐紀，日出坐殿，則講官立講。講迄，各陳時務。又書額字，書敬畏二字以賜閣老，又以責難陳善四字，賜經筵官，以正己率屬四字，賜六部尚書，虛心好問，而聖學日進於高明。下懷盡達，而庶政無不修，至午乃罷，仍賜宴於講臣，寵禮優渥雲。嗚呼！聖年才至十二，而君德已著如此。若於後日長進不已，則四海萬姓之得受其福者。」
著名歷史學家范文瀾評價：「神宗親政以後，獨攬大權，怠於政事而耽於享樂，日益揮霍侈靡，不知遏止。」
崔瑞德《劍橋中國明代史》評論：「萬曆皇帝聰明而敏銳；他自稱早慧似乎是有根據的。他博覽群書；甚至在他最後的日子裡，在他已深居宮廷幾十年，並已完全和他的官吏們疏遠了時，按照他時代的標準，他仍然博聞廣識。」
（本篇完）