修持藥師法的利益非常多，但實際的利益取決於信心。信心指對佛、法、僧、一切解脫種子或解脫道的信心。一般而言，信心可分為淨信、勝解信，及知取捨的信心。信心通常是在見到功德之後，心中感到歡喜及產生嚮往而升起的。信心也可分為上根、中根和下根。下根的信心是普通的信心，上根的信心是無量、不動搖的信心。在西藏是屬於密法所調伏的地方，而被密法調伏的眾生大都著重信心，而較少著重智慧。因此，這種情況有一定的好處，但也有危險性。
平時，我們向三寶祈請時，我們都期盼願望會實現。有些人為了希望生意興隆而努力地供燈或做其他供養，或請求寺院修護法。但是，即便有大神通，護法也無法因為這樣的祈請而使事情立刻發生，因為護法也必須遵照因果的規則，否則護法無法行使任何事業。努力供養一段時期但卻見不到效果之後，某些人可能會因此認為這護法是假的，甚至要修法的僧人退錢。像這樣的信心是基於無知，對因果業報的道理沒什麼了解。因果業報是無法任意改變的，否則佛陀就能隨心所欲地讓六道眾生都不受業力的果報。
當然，我們經常在持誦「願一切眾生皆遠離痛苦及苦因，願一切眾生皆得樂及樂因」，但這並無法立即實現，不是像把坐墊擺一擺，請人過來坐，馬上就給予他快樂。然而，這樣的祈願並非毫無用處，這如同立下追尋的標準，然後基於對這標準的信心而努力。這並不表示大家的信心沒有意義，而是說明信心是有條件的，是因為知道其中的道理和原因而升起的。這就好像用泥土做佛像，剛開始時捏出來的佛像可能醜陋不堪，但慢慢地練習之後，捏出來的佛像會愈來愈好看，最後達到標準。
信奉佛、信奉法也必須基於了解。如果這世間上沒有佛、沒有法，而我們卻說有，那就是迷信；但佛和法確實存在，如果我們說沒有，那就是愚痴。
同樣地，了解佛菩薩以及師傅具有的功德之後，我們才能對三寶升起清淨、圓滿的信心。對三寶的信心包括如實地了解佛所說，不誇大、不虛假，否則那就是造作的信心。
修持藥師佛的利益是什麼？從前，有一位大師在經過一個經堂，這經堂現在是古蹟勝地。他在那裡著作了一部禮讚藥師佛的儀軌，其中一句提到只要聽聞到藥師佛的名號就能淨除痛苦。在這儀軌中，藥師佛共七位，稱為藥師七如來。是佛直接加持的。這也可說是因藥師七佛的共同願力而成的。
從前有一座寺院，非常富有，但是僧眾教育程度不高。有一天，一群僧眾在修持藥師儀軌時，念誦到「頂禮藥師琉璃光」這一句時，「琉璃」這個字用的是梵音「貝珠雅」，大家都不知道怎麼念，於是到處去問，最後找上一位有學問的僧人。這位僧人其實也不懂，但由於大家都認為他很有學問，他就一本正經地看了一下，然後拿一個康巴話「貝崔雅」——冒煙——來搪塞。於是，大家都很高興地照念。當然，這是個笑話，可是只要誠心修誦藥師儀軌確實就能遠離惡道、解除痛苦、成就祈願。這也正是佛陀宣說藥師法門的目的。
藥師佛的觀修
末法時期，或稱為五濁惡世，眾生會有各種障礙，除了一般所說的煩惱障和所知障之外，前所未見的新障礙和愚痴也會相繼產生。現代人想到過去時，往往以為古人比我們愚痴，可是反觀歷史，古人可能比我們更有智慧。新時代的眾生有各種業力的覆障，有各種新起的疾病和痛苦。末法時，佛教也會衰敗，許多咒語的力量也會減弱。然而，藥師佛法門是特別為末法時代的眾生宣說的，由於佛的願力，藥師咒的力量在末法時期反而更加強大。總之，藥師咒是阿難尊者為了幫助末法時期的眾生對治疾病而請佛宣說的，因此對惡世眾生的利益特別強大。藥師咒尤其能對治猛烈的疾病，例如各種瘟疫，並能幫助病者儘速復元。因此，在我們這時代修持藥師法和咒語的利益特別強大，勝於其他修本尊法和咒語。
當我們得病時，有些疾病是可治療的，但有些疾病是無法治療的。此外，就醫的條件也有地域上的差別，有些地方幅員廣大，求醫不易；也有些地方，醫療落後。在這種狀況下，若能修誦藥師儀軌將可獲得間接的醫療利益。
顯密經續都含有藥師法門。在顯乘或經部方面，除了藥師經之外，堪布菩提薩埵也著作了屬於經部的藥師儀軌。密乘的事部瑜伽密續中也有許多和藥師佛有關的修持儀軌。因此，藥師法是顯密共有的法門。
《藥師佛琉璃光法流儀軌》一開始就提到本軌應該「隨誦隨觀」，也就是要一邊念誦一邊觀想的。有些密續儀軌是先念誦再觀想，有些則是先觀想再念誦的。但，本軌是一邊念誦一邊觀想。
儀軌中「禮敬三寶三根本，皈依一切皈依處」是皈依，「為令眾生悉成佛，今發殊勝菩提心」是發心。接下來，從「從本淨界所化現」一直到「祈不失樂平等舍」的六句是供養。接著，一切都化為空性。從「空性所化三千界」開始，是觀想的部分。
觀想藥師佛時，藥師七如來的身如同一切如來身，具足一切相好。藥師佛全身是藍色的，如同琉璃，但有些人認為琉璃是白色、黃色或其他顏色。然而，此處的琉璃並非具體的物質。雖然典籍中並沒有確切提到藥師佛的身色是藍色，但傳承祖師大德多認為藥師佛身是藍色的，因此將藥師佛觀為藍色應該是沒有過錯的。
藥師佛身穿三法衣，以化身相示現。觀想時，對生和自生要同時觀修。自身是藥師佛，對空蓮花座上也安坐著相好的藥師七佛及經卷，後面有十六大菩薩、十方庇世神、十二藥叉等。此處的經卷是《大般若經》，在密續中，經卷以經書的樣式顯現，在某些經典中或以手印或其他方式代表。此外，十六菩薩眾及梵天、帝釋等，雖然在經典中沒有提到，但在祖師儀軌中如此提到。
降臨之後，是祈請安坐及賜予灌頂。接著是供養，花、香、燈、塗、果、樂、五妙欲等。在儀軌中，這段供養文是以梵音持誦的。接下來是供養八吉祥、七珍寶、四大洲、八小洲等，然後是浴佛、拭佛、供袈裟、讚嘆等。讚嘆時，首先讚嘆藥師佛，然後十六菩薩、十二藥叉等。
讚嘆之後，觀想自生及對生藥師佛心中都有一個「吽」字，周圍有藥師咒語環繞，然後持誦藥師咒。持咒之後，觀想對生藥師佛融入自生藥師佛，合而為一。接著是吉祥誦和回向。
儀軌最後一段，提到修誦本儀軌的種種功德利益：「僧眾免於毀犯戒律；偶一毀犯，還得清淨，不墮惡趣；三惡道業，亦得清淨，不生於彼，亦可迅速解脫，轉生善趣，漸成佛果。且此生衣食無缺，財物豐足；病魔、咒詛、王法等虐．悉皆消滅。並蒙金剛手、梵天、帝釋、四大天王及十二藥叉大將，與其七十萬眷眾之護衛，而可免於十八種非時死，……」
若我們了解這些功德而升起淨信或勝解信，並以這樣的信心修持藥師儀軌將會有很大的利益。 （文：智悟法師）
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