ERP的物流管理只偏重於帳務的管理，對現場實物流的及時性和精細程度管理均不夠，無法滿足企業日益精細化管理的需求，WMS可以彌補這個缺陷，WMS採用條碼技術及時反應物流過程中的變化，同時將存量細化到貨架、貨位、工單、產線、工位等，確保庫存的透明性、可靠性與精細性，協同生產計劃及實際生產狀況，從而達到對倉庫作業及生產的指導作用。
WMS與MES的整合效益主要體現在追溯鏈的打通、庫存透明化及指導倉庫作業和生產，下面進行介紹：
在分揀時，將配料標籤與供應商的物料標籤進行關聯，也即把物料的供應商信息及倉庫流轉信息傳遞到配料標籤上，當物料連同配料標籤送到車間時通過配料標籤達到精確追溯及防錯目的。對於只需要模糊追溯的物料，則通過領料時將工單與物料的供應商信息及倉庫流轉信息進行關聯即可;
WMS提供透明、及時、精細的庫存信息，計劃部門在WMS中根據庫存及物料到貨狀況，在MES完成生產調度;同時現場倉管人員在MES中實時跟蹤車間的執行狀況，按需進行物料配送，構建採購、計劃、物流、生產的高效協同體系。成品(半成品)下線後，MES需要向WMS提供下線產品信息及數量，完成自動入庫動作。
綜上所述，WMS與MES的整合應當是雙向的，WMS向MES傳遞物料的供應商及倉庫流轉信息以及精細的倉庫庫存用以指導生產計劃及執行;MES向WMS傳遞生產計劃、作業調度及及時的物料耗用及成品下線狀況，以指導物流按需配送及成品庫存自動統計。