《企業所得稅法實施條例》規定，企業根據《企業所得稅法》第五十四條規定，分月或者分季預繳企業所得稅時，應當按照月度或者季度的實際利潤額預繳；按照月度或者季度的實際利潤額預繳有困難的，可以按照上一納稅年度應納稅所得額的月度或者季度平均額預繳，或者按照經稅務機關認可的其他方法預繳。預繳方法一經確定，該納稅年度內不得隨意變更。之後，國家稅務總局根據各地貫徹落實《關於印發〈中華人民共和國企業所得稅月（季）度預繳納稅申報表〉等報表的通知》（國稅函〔2008〕44號）過程中反映的問題，下發了《關於填報企業所得稅月（季）度預繳納稅申報表有關問題的通知》（國稅函〔2008〕635號）。基於這些法規及規範性文件，企業在進行所得稅預繳時應重點關注以下幾方面問題。
預繳所得稅的基數
企業預繳的基數為「實際利潤額」，而此前的預繳基數為「利潤總額」。「實際利潤額」為按會計制度核算的利潤總額減除以前年度待彌補虧損以及不徵稅收入、免稅收入後的餘額，即按新規定，允許企業所得稅預繳時，不但可以彌補以前年度的虧損，而且允許扣除不徵稅收入、免稅收入。這在一定程度上減輕了企業流動資金的壓力。
不徵稅收入的處理
《企業所得稅法》第七條規定，收入總額中的不徵稅收入為：財政撥款，依法收取並納入財政管理的行政事業性收費、政府性基金，國務院規定的其他不徵稅收入。《企業所得稅法實施條例》指出，《企業所得稅法》第七條第（三）項所稱國務院規定的其他不徵稅收入，是指企業取得的，由國務院財政、稅務主管部門規定專項用途並經國務院批准的財政性資金。對於稅法上規定的不徵稅收入，在會計上可能作為損益計入了當期利潤，按照《企業會計準則第18號——所得稅》的規定，上述財稅差異不屬於暫時性差異，在未來期間無法轉回，應該歸為永久性差異，在所得稅預繳或彙算清繳時，按照「調表不調帳」的原則，企業應作納稅調減處理。
免稅收入的處理
根據《企業所得稅法》第二十六條，《企業所得稅法實施條例》以及財政部、國家稅務總局《關於企業所得稅若干優惠政策的通知》（財稅〔2008〕1號）的規定，免稅收入主要包括：國債利息收入，符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益，在中國境內設立機構、場所的非居民企業從居民企業取得與該機構、場所有實際聯繫的股息、紅利等權益性投資收益，符合條件的非營利組織的收入。
對於免稅收入，可能形成永久性差異（國債利息收入），也可能是暫時性差異（投資收益），企業應視具體情況進行分析。
例：A公司2009年第一季度會計利潤總額為100萬元，其中包括國債利息收入5萬元，企業所得稅稅率為25％，以前年度未彌補虧損15萬元。企業「長期借款」帳戶記載：年初向建設銀行借款50萬元，年利率為6%；向B公司借款10萬元，年利率為10%，上述款項全部用於生產經營。另外，計提固定資產減值損失5萬元。假設無其他納稅調整事項。A公司第一季度預繳所得稅的數額確定和會計處理如下：
企業預繳的基數為會計利潤100萬元，扣除上年度虧損15萬元以及不徵稅收入和免稅收入5萬元後，實際利潤額為80萬元。對於其他永久性差異，即題目中長期借款利息超支的4萬元〔10×（10%－6%）〕和暫時性差異（資產減值損失5萬元），季度預繳時不作納稅調整。會計處理為：
借：所得稅費用200000
貸：應交稅費——應交所得稅 200000（800000×25%）
下月初繳納企業所得稅：
借：應交稅費——應交所得稅 200000
貸：銀行存款 200000
年度預繳及彙算清繳處理
1.假設第二季度企業累計實現利潤140萬元，第三季度累計實現利潤-10萬元，第四季度累計實現利潤110萬元，則每季度末會計處理如下：
第二季度末：
借：所得稅費用 150000
貸：應交稅費——應交所得稅 150000[（1400000－800000）×25%]
下月初繳納企業所得稅：
借：應交稅費——應交所得稅 150000
貸：銀行存款 150000
第三季度累計利潤為虧損，不繳稅也不作會計處理。
第四季度累計實現利潤110萬元，稅法規定應先預繳稅款，再彙算清繳。由於第四季度累計利潤小於以前季度（第二季度）累計實現利潤總額，暫不繳稅也不作會計處理。
2.經稅務機關審核，假如該企業彙算清繳後全年應納稅所得額為120萬元，應繳企業所得稅額為30萬元，而企業已經預繳所得稅額35萬元。按照相關規定，主管稅務機關應及時辦理退稅，或者抵繳下一年度應繳納的稅款。
一般情況下，稅務機關為了減少稅金退庫的麻煩，實務中，大多將多預繳的上年度企業所得稅抵繳下一年度應繳納的稅款。這種情況下，企業的會計處理為：
借：其他應收款——所得稅退稅款 50000
貸：以前年度損益調整——所得稅費用 50000
3.假如2009年第一季度應預繳企業所得稅為15萬元，會計處理如下：
借：所得稅費用 150000
貸：應交稅費——應交所得稅 150000
下月初繳納企業所得稅：
借：應交稅費——應交所得稅 150000
貸：銀行存款100000
其他應收款——所得稅退稅款 50000
另外，企業應注意，按照《企業會計準則第18號——所得稅》的規定，對於暫時性差異產生的對遞延所得稅的影響，應該按照及時性原則，在產生時立即確認，而非在季末或者年末確認，即以上資產減值損失形成的暫時性差異，應該在計提時同時作以下分錄：借記「遞延所得稅資產」12500，貸記「所得稅費用」12500。
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