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瓜類常患的病原性病害有：霜黴病、白粉病、枯萎病、蔓枯病、疫病、炭疽病、病毒病和根結線蟲。
(一)霜黴病
可危害大部分瓜類蔬菜。
■真菌性病害，初期病斑是水漬狀淡黃色小圓點，溼度大或有露水時長出白色至灰白色黴層。嚴重時病葉呈火燒狀。
■初期噴施波爾多液、氧氯化鋼、代森錳鋅、百菌清、金雷多米爾、殺毒礬、阿米西達等。
(二)白粉病
可危害大部分瓜類蔬菜。
■真菌性病害，初發病時，葉片上出現白色小粉點，逐漸擴大呈圓形白色粉狀斑，條件適宜時病斑擴大蔓延，連接成片。
■初期噴施，藥劑可選粉鏽寧、甲基託布津、 百菌清、農抗120.、多硫懸乳劑、甲霜錳鋅。
(三)枯萎病
危害大部分瓜類，屬於真菌病害。
■瓜期發病最盛，其典型症狀是植株萎蔫，發病初期早還能恢復，數日後整株葉片就會枯萎下垂，而且不能再恢復常態。
■實行輪作。根據實際採用穴施、溝施毒土或淋灌、結合基部噴施等辦法施藥預防控病。
(四)蔓枯病
危害大部分瓜類，屬於真菌病害。
■初期節部會產生油浸狀褪色裂紋，並分泌出膠脂。病情嚴重時，蔓上裂紋部位出現爆裂，流出灰、紅色膠狀液體，俗稱「爆血管」，蔓乾燥之後呈赤褐色。
■實行輪作。用純品甲基託布津、杜邦萬興100倍兌水直接塗株病斑，並用殺菌劑噴霧。
(五)疫病
危害大部分瓜類，屬於真菌病害。
■初在節間出現暗綠色水漬狀病斑，後病部失水縊縮，葉片由下而上失水萎蔫;果實感病，病斑初期呈水漬狀，後病部凹陷,溢出膠狀物。
■實行輪作。雷多米爾、金雷多米爾、殺毒礬、阿米西達懸等藥劑交替使用。
(六)炭疽病
危害大部分瓜類，屬於真菌病害。
■葉片、葉柄、莖蔓、幼果及成果受害病斑圓形、長圓形(莖蔓及柄)、橢圓形，褐色、深褐色以至黑褐色。
■實行輪作。50%炭疽福美雙、70%代森錳鋅可、70%甲基託布津、75%百菌清、25%施保乳油等藥劑交替使用。
(七)病毒病
危害大部分瓜類，病毒。
■節間縮短，或縮節叢生植株矮小;不結瓜或結畸形瓜，味苦，不能食用；葉片變色、畸形，葉質硬脆。
■10%磷酸三鈉浸種20分鐘。注意防治蚜蟲。發病初期噴酒20%病毒A，或1.5%植病靈乳油。
（八)根結線蟲
危害大部分瓜類，線蟲。
■發病後側根或鬚根長出大小不等的瘤狀根結。剖開根結，病組織內有很多微小的乳白色線蟲藏在裡面。
■深翻，並灌水10~15天， 定植前土壤每100平方米噴灑50~100倍甲醛溶液15kg消毒，用樂斯本乳油、辛硫磷乳油、敵百蟲、等藥液作灌根處理。