「萬人坑」遺址白骨累累。記者 崔曉 攝
從侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館9號門進入，順著遇難同胞名單牆往前走，就來到了白骨累累的「萬人坑」遺址。據史料記載和各慈善團體埋屍記錄，江東門是當年侵華日軍南京大屠殺遇難同胞規模較大的叢葬地之一。
遺址發掘出大量遺骨呈非正常死亡特徵
據史料記載，1937年12月16日，日軍把已解除武裝的中國士兵和平民萬餘人，囚禁在江東門原陸軍監獄院內，傍晚押至對面荒地，然後放火焚燒民房照明，四周架起輕重機槍，向人群猛烈掃射，受害軍民眾生哀號，相繼倒於血泊之中。後由南京慈善團體紅卍會收屍萬餘具，掩埋於就近兩個大土坑、一條壕溝內，被稱為「萬人坑」。
江東門紀念館館長朱成山向記者介紹，侵華日軍南京大屠殺江東門「萬人坑」遺址，經1984至1985年、1998至1999年和2006年3次考古發掘。同一區域在3個不同時段發現侵華日軍南京大屠殺遇難同胞的遺骨，具有相互印證的作用，它是侵華日軍南京大屠殺暴行的鐵證，又屬於珍貴的歷史文物，是回擊日本右翼勢力否定南京大屠殺的重要物證。
其中，1998年4月至1999年12月，即第二次考古發掘過程中，不斷發現新的遺骨，出土遺骨數量從原先的35具增加到208具，發掘規模不斷擴大，發掘面積也從原先的40平方米擴大到170平方米，且連成一片。從遺址剖面上看，至少可以看清7層遺骨。
考古人員發現，這些遺骨現狀不合常規，部分遺骨有明顯創傷：有的遺骨有明顯的槍刺刺傷痕跡，有的遺骨還殘留著釘入人體的鐵釘；部分遺骨嚴重扭曲變形，頭顱分離移位，這些都是非正常死亡的明顯特徵。此外，這些遺骨呈階梯狀交錯重疊掩埋，分布密集，相距長短不一，性別雜亂，年齡跨度較大，絕大部分遺骨無棺具、所有遺骨無墓穴等情況，體現出戰爭狀態下倉促掩埋和大批屍體處理的特點。
法醫學鑑定為南京大屠殺遇難同胞遺骨
1998年，市公安局刑事科學技術研究所專家，運用法醫學的原理和技術作了科學嚴密的考證，對現場每一具遺骨作勘察鑑定，留下了一套科學可信的法醫「物證檢驗意見書」。
為弄清遺骨掩埋時間，法醫也提取現場部分骨骼分送南京大學現代分析中心、南京鼓樓醫院作有關檢驗。經掃描電鏡、螢光顯微鏡、雙線X線骨密度測定儀等儀器檢驗，其送檢的股骨骨密度為1.803，十分接近《法醫人類學》和《法醫診斷學》等中日兩國法醫教材記載的地下掩埋56年的屍骨骨密度值為1.81的數值。
根據遺骨的腐敗崩解等情況，結合有關實驗室檢驗情況綜合分析，該處遺骨的埋葬時間距檢驗時間為60年左右。據史料記載和倖存者回憶，慈善機構曾於1938年初在此掩埋南京大屠殺遇難同胞遺骨，到1998至1999年，其間正好是60年左右。
當年的目擊者曾到「萬人坑」遺址現場指證
當年的目擊者王秀英等人，也曾在「萬人坑」遺址現場指證。王秀英回憶說：「有一天下午大約兩點鐘，在江東門軍法處（即國民黨中央陸軍模範監獄，現為86517部隊營房，其對面就是紀念館）那裡，集中了好幾千人，3人一排，排得很密，多數是老百姓，也有少數中國兵。日本兵在人群前架機關槍掃射，人一排排倒了下去。我那時還小，在旁邊看到這種情況非常害怕，也很傷心。後來，這些屍體被埋在軍法處對面的荒地上。」
南京大屠殺倖存者朱有才證實：「（屍體）用鉤子鉤，拖到陸軍模範監獄對面的坑裡。」家住白鷺南巷的張文堯回憶說：「（屍體埋在）陸軍模範監獄前面……坑有一人多深，二三丈寬。」另一名倖存者孫殿炎則回憶說：「陸軍模範監獄對面還有一條壕溝和大糞坑，也被用來埋屍。」「日軍進城20天以後，紅卍字會才組織收屍，屍體送往陸軍模範監獄對面一條長達200多米、寬1米、深1.5米的壕溝和二個坑內，層層疊疊。」