《上清經》第一卷為《誦經玉訣》，講述修煉者在進齋室人定誦詠《大洞真經》三十九章之前的整套存思禮儀。該經的卷二至卷六的三十九章經詳細地介紹修煉者存思的具體過程，每章分別記載神的名字和所鎮守的人身部位及其功能。修煉者在默誦具體章經時，先謹請某種神，再「真思」該神降生的不同顏色的真炁為神雲罩在修煉者的頭上；接著「次思」此神雲從泥丸中入，乃口及神雲，吞津若干次，則真炁結成數神，在人體內運行，通過具體的關竅，達到神所鎮守的部位；然後修煉者詠誦《上清經》，默念咒祝，想像自己正佩帶著諸神的「消魔玉符」，「存呼」神的名字，請其發揮護衛功能。這便是每章經存思的大致過程。
在三十九章之後，還有結經《徊風混合帝一秘訣》，指出修煉者在誦詠三十九章經之後，便應閉目存思這眾神白氣，混沌一團如白雲，從雲虛中來入口中，良久，從玉莖、兩腳底、兩手心中出去了；良久，白炁忽又變成紫雲，從口入頭併入五臟之內，充滿腹內，過了較長時間，紫雲從兩腳底、兩手心、玉莖中透出；過一會兒，存見紫雲之炁充滿左右及一室之內，又想像口中出風炁吹紫雲之煙，互相混合纏繞，忽然結一位稱做「大洞帝一尊君」的神仙；尊君嘴的左邊有日光，嘴的右邊有月光，嘴裡吐著徊風之炁，吹著日月之光，都變成白色和紫色之氣，讓光炁下下滲入修煉者五臟六腑白節之內，一身之內，洞徹朗然，內外如白日那樣明亮；過了較久，忽然忘身，諸事完畢，神炁已定，覺得身體輕巧、神清氣爽，接著叩齒三十九遍，兩手拭面，再念頌咒，心拜四方，乃起。至此，三十九章存思的整個過程，始告結束。
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