光合細菌營養豐富。細胞乾物質中蛋白質含量高達60％以上，比目前生產的單細胞蛋白酵母的含量高。與牛奶、雞蛋蛋白相比，其蛋白質胺基酸組成齊全，因而被認為是一種優質蛋白源。光合細菌還含有多種維生素，尤其是B族維生素極為豐富，VB12、葉酸、泛酸、生物素的含量遠高於酵母。此外，還含有大量的類胡蘿蔔素、輔酶Q等生理活性物質。因此，光合細菌為主要成份的農派活性光合菌劑具有很高的營養價值，在水產和畜禽養殖上有著很高的應用價值。
在水產養殖中，光合細菌可被用於魚蝦以及特種水產品如貝類、蟹、蛙類等的餌料或飼料添加劑。光合細菌在促進魚蝦等的生長，提高成活率，提高產量等方面，所有的報導均給出了肯定的結果，無論是成活率或是產量的提高均可達10％～40％以上。而且還具有防治魚蝦疾病，淨化養殖池水質等方面的功能。
農派活性光合菌劑具有上述作用的確切原因尚待進一步研究。但與以下幾方面因素不無關係：（l）光合細菌的營養豐富，含有大量類胡蘿蔔素、輔酶Q、抗病毒物質和生長促進因子。（2）光合細菌在水產養殖水域的物質循環中起重要作用，能將被異養微生物分解活動形成的有機物如有機酸、胺基酸等作為基質加以利用，促進養殖池底有機物的循環，使水質得到淨化，病原菌難以發展，改善養殖環境。許多試驗表明，光合細菌能使水產養殖池水體中的氨、氮、硫化氫下降50％以上，溶氧提高14％～85％。（3）農派活性光合菌劑在水中繁殖時，能釋放出一種具有抗病性的酵素──胰凝乳蛋白分解酶，該酶能防止疾病的發生。（5）由於光合細菌能分泌大量的葉酸，長期使用光合細菌也可避免魚類貧血症的發生。