李自成率大順軍攻入北京後，招降吳三桂失策，吳三桂拒絕歸順並引清軍入關。李自成率大順軍徵討反被吳三桂和清軍聯合擊敗，無奈之下撤出北京，李自成節節潰敗到湖北，被逼到窮途末路。一說在通城縣九宮山被殺，一說隱姓埋名遁入空門為僧，兩種結果至今未有定論。李自成無論是死還是失蹤或歸隱，但其大順軍餘部還是頑強生存了下來，並化整為零進行流動作戰。
此時清軍入關，鐵騎肆虐中原。明朝內部的階級矛盾轉為明清矛盾，大敵當前一致對外。曾推翻明王朝的大順軍適應形勢要求聯明抗清，代表人物是李自成的侄子李過，李過後改名李錦。
南明弘光政權面對滅國之痛，當然不會輕易接受大順軍的和解，而且還想借刀殺人，利用清軍的力量剷除李闖「逆賊」。但弘光政權在南京陷落後，弘光帝也被清軍俘獲，弘光帝在位僅一年時間。
繼任南明政權的隆武帝有勵精圖治的決心，較為開明，雖然對大順軍有嫌隙，但大敵當前，將大順軍視為盟軍。改大順軍抗清部隊為忠貞營 ， 改李過為 赤心 、 高一功 為必正 、 郝搖旗為永忠 。隆武帝雖然是有作為的皇帝，但處處受制於鄭芝龍，無兵無權兵微將寡。隆武二年，隆武帝與清軍作戰失利，被亂箭射殺於汀州府衙，本可以成為有為明君的隆武帝可謂生不逢時。
南明永曆政權建立後對大順軍同樣顧慮重重，李過 （ 李錦 ） 家人被作為人質 ， 隨永曆而行。大順軍餘部除擔任護衛，還負責密探偵査任務。此時永曆政權的軍事核心力量是大西軍，主要將領是李定國和孫可望。
孫可望心術不正，最後眾叛親離投降清朝，引清軍進攻雲南，永曆帝身邊的奸臣馬吉翔等人趁機慫恿昏庸的永曆帝進入緬甸，將永曆帝與李定國分開，失去李定國保護的永曆帝只能寄居在緬甸苟延殘喘，而吳三桂一路追殺來到緬甸，逼迫緬甸王交出永曆帝，永曆帝隨即被吳三桂弦殺於昆明，南明政權自此徹底滅亡。跟隨永曆逃亡至緬甸者 ， 少部分返回 ， 大多數仍然留在中緬邊境隱居生活。而此時大順軍的領導人李過，也就是李錦去哪了呢？
《 李錦家譜 》揭示了李錦的去向，陝西省富縣太平村李姓為李過 （ 李錦 ） 之後 。 其家族保存有 《 李錦家譜 》 ， 從家譜輩分字號和文物記載 ，以及口傳證實 ，李過是受李自成之命（李自成九宮山是生是死未有定論）， 從雲南回歸米脂途中隱居此地。 如今雲南騰越有李自成家族人後裔； 雲南彌勒有李自行之後裔 ； 彌勒有李自剛之墓 ； 貴州畢節有李自成家族之後裔。 這些大順軍後裔顯現，可以印證大順軍西路聯明抗清是有一定依據的。
大順軍除了西路這一部，還有東路餘部。當年李自成撤出北京，抵達荊夔一帶的大順軍與從陝西撤退來之大順軍進行了整編 ， 統稱荊夔十三家 ， 後稱夔東十三家。
李自成在通城縣九宮山後被害後（也有人推斷李自成有意讓大順軍和南明合作抗清，而自己活著，明朝復國勢力對他恨之入骨，更不會和他合作，只有造成自己已死的假象，才可能促成這一戰略目的的實現，於是上演了一出自己被殺死的假象，而自己早已金蟬脫殼全身而退） ，不管李自成是隱居還是死亡或或是失蹤，荊夔十三家沒有了主帥，為給李自成復仇，效力南明政權抗清。
南明重臣、湖廣總督何騰蛟對大順軍心存芥蒂。這也難怪，你大順軍把人家明朝推翻了，想讓人毫不介意地接納也不現實。何騰蛟一方面利用大順軍抗清，一方面削弱大順軍的實力。將荊夔十三家軍 ， 一部安置在湖北 ， 一部分安置在湖南。這還不算，還將一些軍紀不良滿是貪婪之氣的官兵編入荊夔十三家軍，讓大順軍沾染了腐化享樂作風。削弱大順軍實力的同時，南明政權仍然歧視大順餘部，南明官軍與大順軍也時常發生摩擦。
大順軍首領李過 、 高一功隱退後。李過義子李來亨主持大局 ， 改名為夔東十三家 ，５萬餘大順軍艱難地在鄂 、 湘 、 陝、 豫 、 川 一帶堅持抗清鬥爭。１ ６６３ 年，清軍在大順軍內奸帶路下攻入大巴山 脈茅麓山寨 ，李來亨掩護大軍後撤 ，全家慘烈而死。大順軍餘部３萬人衝出重圍，四處隱居。
南明政權滅亡後，大順軍餘部聯明抗清無望。隱身在湘、鄂 、贛幕阜山之４８寨大順軍投靠鄭成功並被其收編，有些人加入江南義軍的抗清隊伍， 還有一些加入李成棟、金正桓、王得仁部反正抗清 ，還有一些仍然堅持在贛 、 浙 、 閩大山裡繼續與清軍鬥爭。
鄭成功部原本只擅長海戰，但在吸收了部分大順軍和南明官兵後 ，海陸兩棲作戰實力大漲 。鄭成功相繼三次北伐，九次南徵閩粵， 屢戰清軍 ，嚴重威脅清軍在南方的統治。
但鄭成功雖然睿智，意志堅強，但同樣存在剛愎自用的性格弱點。他本應趁大好時機收復南京，但他卻聽信南京城的郎廷佐假意投降的謊言，不去攻打南京，手下大軍無所事事，導致清軍得以喘息，調兵遣將增援南京，導致鄭軍抵擋不過全軍潰敗。清軍一路南下步步緊逼，金廈彈丸之地無法長期立足，難以解決幾十萬兵員之糧餉和物資供應。於是攻克荷蘭殖民者控制的臺灣，作為抗清的後方基地提到日程上來。
自從1642年荷蘭人趁明帝國衰微無力顧及，搶佔了臺灣並大肆經營。將臺灣城牆修得異常堅固， 把守嚴密 ，盤踞赤嵌城內荷蘭兵雖然只有千餘人，但裝備精良，火力強大。荷蘭人叫囂只要放一排槍，打中幾個中國人，其餘的就會四散奔逃，不堪一擊。
然而讓他們沒想到的是攻城當日，鄭軍軍容嚴整，冒著荷軍的彈雨攻城，更沒有荷軍想當然的那樣聽到槍響就四散奔逃。反倒是荷蘭兵被鄭軍英勇頑強，無畏生死的氣概所震懾，一些荷蘭兵甚至沒有打槍就丟掉槍枝逃跑。
有荷蘭人回憶到：「 那天攻城有2000人之多 ， 分三排前行，他們勇敢頑強，不怕死直攻城上，領頭人是北人。」
從中可以看出，攻城的部隊很有可能是大順軍的餘部，或者一部分是大順軍。 戰術特徵符合順軍的三堵牆戰術，前後三排橫隊攻城戰術 ， 是大順軍三重攻城。攻城是大順軍的強項，有 砌磚 、 挖洞 、 爆破、 架梯 、盤梯等戰術 。
由於大順軍和部分明軍的加入，加強了鄭成功軍的陸戰攻城能力，為攻克收復臺灣立下了奇功。
後來在臺灣彰化縣秀水鄉陝西村的歷史發現與臺灣臺南新田裡李自成親族人的顯現，也印證了幾百年前大順軍餘部參與收復臺灣的歷史。
從大順軍的發展歷史來看，也極具傳奇色彩。從推翻明帝國奪取政權，到被清軍擊敗；又歸附冤家對頭南明政權，樹起扶明抗清的大旗；再到被鄭成功收編，從而為收復臺灣立下赫赫功績，完成了從揭竿起義窩裡鬥到為國家民族正義而戰的華麗轉身。