儲藏用的生薑應該是充分長成的根莖，北方地區通常在霜降前後、植株大部分莖葉開始枯黃、地下根莖已充分成熟時採收，要避免在地裡受霜凍。收穫生薑應選擇晴天進行，一般在收穫前2~3天澆1次水，使土壤充分溼潤、疏鬆。收穫時應儘量減少機械損傷，可用手將生薑整株拔出或用钁頭整株刨出，注意不要鏟斷姜塊，輕輕抖落根莖上的泥土，剪去地上部莖葉，保留2cm左右的地上殘莖，摘去側根和肉質根，無須晾曬即可儲藏。由於南北各地區的地理位置、氣候條件的不同，其儲藏方法也有所差異，現介紹幾種姜區生產中常用的儲藏方式。
1.井窖儲藏法：井窖儲藏法是山東萊蕪姜區常採用的方法。由於萊蕪姜區地下水位較低，土質黏，姜農們利用這一特點，採用井窖儲藏取得了較好的效果。
(1)井窖的建設井窖一般由井筒及儲姜洞組成，井筒的深度依地下水位高低而有所不同，北方一般為5~7m,南方為2~3m,以不出水為宜。修建井窖的方法是：先挖1個直徑80cm的圓井口，隨著往下挖，井筒直徑逐漸擴大，至底部時直徑達1~1.5m,整個井筒呈喇叭形，方便搬運生薑。在挖井筒時，需在井筒兩側挖坎，以便人員下井工作。井筒挖好後，在井底一側再挖2個儲姜洞，洞口的高度與寬度各80cm左右，洞口裡面隨挖隨向兩側及上方擴大，儲姜洞底部地勢向裡逐漸降低，使儲姜洞高約2m,寬約2m,以便於操作。
儲姜洞的長度依儲姜多少而定，一般為5~6m,這樣一個儲姜洞能儲存生薑11500~13500kg。為防止儲姜洞坍塌，井窖挖好後，還需要用磚石將儲姜洞的側壁砌好，頂部也用磚石砌成拱券狀，井口最好也要用磚石修砌，井口要高出地面40~50cm,以防雨水流入窖內。
降溫排溼，以保證窖內有適宜的溫度和充足的氧氣以利於人活動。另外，為了防止生薑儲存過程中出現病蟲害，生薑入窖前要將窖洞進行徹底清理和消毒，具體方法是用農用鏈黴素和阿維菌素處理沙和姜窖的四壁，抑制病菌。每一個姜窖準備2m3的河沙，最好用新沙，沙子要用阿維菌素處理一遍，具體方法是用噴霧器往沙子上噴灑阿維菌素溶液，邊噴灑邊翻動。然後將帶著潮溼泥土的姜塊放入洞中。姜塊可豎放，也可平放，由裡及外排至洞口，排放高度以距洞頂30cm為宜。
(3)入窖後的管理生薑入窖後暫不封口，只用蓆子或草苦對井口稍加覆蓋。此時姜呼吸旺盛，釋放出大量熱能和二氧化碳，窖內嚴重缺氧，操作人員不可貿然下窖。儲藏20~25天後，當二氧化碳濃度基本恢復正常時，操作人員便可下窖，用磚或土坯將儲姜洞口封住，但應保留20~30cm見方的通氣孔。封洞口的時間應適當掌握，這是姜儲藏過程中的重要環節。若封口過早，姜呼吸釋放的熱量和二氧化碳不易散發，可導致姜塊腐爛；而洞口封得過晚，則儲姜洞會有冷空氣侵入，姜塊有受凍的危險。隨外界氣溫逐漸下降，井口也應適時封閉，北方多在11月上句封口，南方則於12月下句進行封口。用大石板蓋住井口後，四周用土封嚴，若天氣寒冷，其上還可加蓋柴草。
2.長方形臥式窖儲藏法：南方氣候溫暖，地下水位淺，可採用臥式窖儲藏法儲姜。選擇背風向陽處挖深2m、寬1.2m,通常以儲姜量多少而定的長方形池子，池底略斜，然後在兩側各挖一個滲水溝。儲姜時，先在池子中間每隔50~80cm豎1根竹筒，竹筒頂節不打通，但在頂節下一側打孔，這樣既通氣又不易灌入雨水。之後在池底從較高的一端開始豎排姜塊，每排一層，加蓋一層溼潤細沙，直至距地面50cm左右處最上層蓋8~10cm厚的細沙。然後架上竹竿、木棍作檀，其上鋪玉米秸、稻草等作物秸稈，最後用細土封頂至高出地面。窖的一端留60~80cm作為走廊，窖口開在其上，以便操作人員出入。天氣寒冷時，用稻草將窖口及竹筒口堵嚴。
3.輻射儲藏法：生薑採收後，用1680~8400拉德(rad)的60Coy射線照射，可明顯抑制生薑發芽，延長儲藏保鮮期。
4.坑埋儲藏法：先挖深1m、直徑2m的儲藏坑，上寬下窄、圓形或方形均可，以坑壁潤爽、坑底無地下水為原則。坑中央立1把秸稈，以利於通風和測量溫度。將經嚴格挑選的姜塊擺放在坑內，表面覆蓋一層姜葉，然後再覆蓋一層土。以後隨著氣溫下降，分次覆蓋土，覆蓋土總厚度最後應超過60cm,以保持坑內適宜的儲藏溫度。
坑頂用稻草或秸稈做成圓尖形，用以防雨，四周設排水溝，北面設風障防寒儲藏中既需注意防熱又要注意防寒。在人坑初期，根莖呼吸旺盛，溫度容易升高，可適當留小口通風，後逐漸全部封閉坑口。入坑最初的1個月內是姜愈傷組織老化的過程，要求保持坑內適度高溫，以20℃以上為好，之後保持15℃即可。冬季坑口必須封嚴實嚴防冷害和坑口積水。
5.澆水儲藏法：姜塊收穫後，選水源好、略透陽光的房子或者臨時搭建陰涼棚室內地面鋪上墊木，把經嚴格挑選的姜塊整齊地裝在有孔隙的筐內將筐堆放在墊木上，堆筐2~3層。看氣溫高低每天向姜筐澆涼水1~3次，宜使用溫度較低的地下水。澆水期姜塊發芽，生長莖葉，有時甚至會岀現秧株蔥綠，莖葉高達50cm,均屬於正常情況。但若發現葉片黃萎，姜皮發紅，此為姜塊腐爛徵兆，應及時處理。入冬時姜秧自然枯萎，應連筐轉入儲藏庫，以保溫防凍，可越冬儲藏供應到春節以後。這種儲藏方法可使姜塊豐滿，完整率高，但姜塊因發芽導致香氣和辛辣味減弱，可作為調味品食用，不宜用作藥物原料。
6.砂土層積儲藏法：利用地下天然洞、防空洞或大倉庫進行儲藏，可儲藏生薑1~2：年。在洞內地面鋪一層溼沙，1層沙1~2層姜，將姜塊碼放成1m寬、1m高的長方形，最上部蓋一層10cm厚的溼沙，然後覆蓋塑料薄膜保溼，每垛堆放生薑1250~2500kg。垛中間豎1個用細竹竿捆成的直徑10cm的通風束，並放上溫度計，以測量垛溫。垛的四周再用溼沙密封，封完垛後，掩好洞口或洞門，在洞頂留氣孔，以便通氣散熱，同時注意地面切勿進水。
為防止姜垛溼度過大，前半月可打開薄膜。儲存進入愈傷期1周後，溫度上升到25~30℃;經6~7周後，垛內溫度下降至15℃,說明姜已完成後熟，姜塊變黃，並有香氣和辛辣味。此時不怕風，可將門窗打開，天冷時再關上。立春後，如果相對溼度不足90%,可在垛頂表面灑水。如果有發芽現象，可採用通風調節；如果姜垛下陷，並有異味，應檢查有無腐爛姜塊。
7.堆藏法：堆藏法是一種大批量簡單儲藏方法。選擇儲存的倉庫，大小以能散裝堆放姜塊2000g為宜。在11月上旬(立冬前)，揀出病變受傷、雨淋姜塊，留下質量好的姜塊散堆在儲倉之中。牆四角不要留空隙，中間可略鬆些。姜堆高2m左右。堆內均勻地立入若干蘆柴紮成的通風筒，以利通風。庫溫控制在18~20℃。當氣溫下降時，可以增加覆蓋物保溫。如果氣溫過高，可減少覆蓋物以散熱降溫。