生信人寫程序1. Perl語言模板及配置

2021-02-24 生信寶典
生物信息領域常用語言

個人認為：是否能熟悉使用Shell(項目流程搭建)+R(數據統計與可視化)+Perl/Python/Java..(膠水語言，數據格式轉換，軟體間銜接)三門語言是一位合格生物信息工程師的標準。

生物信息常用語言非常廣泛，我常用的有Perl, R, Shell，此外參與網頁製作還用過PhP+mySQL，寫博客用Markdown。這些其實都是非常小眾的語言，如果和計算機專業的人交流，對方可能沒聽過這些語言。本系列「生信人寫程序」主要以Perl為主，並伴隨一些零星的R和Shell編程的經驗和技巧。對於生信Perl使用人員有個交流和互相提高的平臺，讓新人少走點彎路。對於沒有任何Perl基礎強例建議別入坑，想學生信找Python教程吧，不解釋看下圖。

TIOBE世界程式語言使用排行

我們可以看到世界前三是Java, C, C++，大家都聽說過；第四是Python，目前在生領領域有取代Perl地位的趨勢，目前Perl列第9(世界十大語言之一)下降一位。R語言的數據分析領域有應用越來越廣泛，今年上升兩位至14名；Shell由於版本和各類較多，在50-100名間有4種，此語言只建議快速解決小問題，不建議寫太長的任務，很容易跨平臺不兼容。

總結：

生信常用語言：Shell+R+Python/Perl

世界三大語言：Java, C, C++

生信語言的排名：Python 4th, Perl 9th, R 16th

Perl寫作環境模板推薦

很多人三行兩行或直接命令行用perl直接解決問題，雖然快，但是不容重用和別人使用。因此，良好的寫作環境和模板是效率和專業的體現，即提高自己的代碼重用性，也方便交流和他人使用。

編程環境IDE

推薦使用：Editplus 4.0，網上到處都是註冊機和序列號，隨便用，下載址搜不到可以點連結：http://pan.baidu.com/s/1jHJJ1qe 密碼：6xm6。優點是可配置模板，可直接編輯伺服器腳本(省略上傳步驟)，高效的代碼調試。

編程模板

是解決常用功能的寫作模板，如幫助文檔部分(提高代碼重用和版本管理，方便其他人使用)，命令行參數管理(可讀性的命令行是程序的基礎)，程序運行時間統計(項目時間管理)，常用文件讀取數據結構樣式(方便修改文件輸入和輸出)等；

下面是實現這樣功能的模板：



use POSIX qw(strftime);
use Getopt::Std;
use File::Basename;





my %opts;
getopts( 'i:o:d:h:', \%opts );
&usage unless ( exists $opts{i} && exists $opts{o} );
my $start_time=time;
print strftime("Start time is %Y-%m-%d %H:%M:%S\n", localtime(time));
print "Input file is $opts{i}\nOutput file is $opts{o}\n";
print "Database file is $opts{d}\n" if defined($opts{d});
$opts{h}=1 unless defined($opts{h});








































open INPUT,"<$opts{i}";


open OUTPUT,">$opts{o}";



my %count;

while ($opts{h}>0) {
   <INPUT>;
   $opts{h}--;
}

while (<INPUT>) {
   chomp;
   my @tmp=split/\t/;
   print OUTPUT "$tmp[0]\t$tmp[1]\n";
}
close INPUT;
close OUTPUT;





my $duration_time=time-$start_time;
print strftime("End time is %Y-%m-%d %H:%M:%S\n", localtime(time));
print "This compute totally consumed $duration_time s\.\n";





sub usage {
   die(
       qq!
Usage:    template.pl -i inpute_file -o output_file -d database -h header num
Function: Template for Perl
Command:  -i inpute file name (Must)
         -o output file name (Must)
         -d database file name
         -h header line number,s default 0
Author:   Liu Yong-Xin, liuyongxin_bio\@163.com, QQ:42789409
Version:  v1.0
Update:   2017/6/2
Notes:    
\n!
   )
}

模板導入Editplus

將上述代碼保存為template.pl，在editplus中選擇Tools — Preference — Template — Perl，點擊template.pl右邊的..按鍵，選擇你自己的template.pl即可，以後選擇perl腳本會自己加載該模板。希望對大家有幫助！

Reference

1. https://www.tiobe.com/tiobe-index/

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