我國科技計劃績效評價從無到有、從逐步探索到形成制度化的實踐，大致經歷了以下四個階段。
第一階段，開展項目結題驗收評價。1982年中國科學院成立基金局，以項目形式支持科研人員在基礎研究領域開展自由探索。在那時，我國尚未建立完善的科技計劃體系及科技計劃的績效評價體系，這一階段以項目結題驗收的方式評價項目的完成情況及效果，為後續開展科技計劃層面的評價打下基礎。
第二階段，開展科技計劃評價。1993年，原國家科委開始將科技評價手段引入科技宏觀管理環節，作為調整和評價國家科技計劃及其項目的重要依據。從1994年開始，科技管理部門開始了對科技計劃的評估。隨著國家對科技計劃評估的重視，科技評價機構和人才隊伍的建設也逐漸規範化。1997年科技部成立了國家科技評估中心，並依託科技部評估中心開展科技計劃的評估工作，先後對「863」計劃、「973」計劃、重大專項等開展了多次評估。這一階段的評估工作更側重對科技計劃自身科技內涵層面成效的評價，並非真正意義上的績效評價。以「863」計劃「十五」評估為例，2006年科技部委託國家科技評估中心開展「863」計劃「十五」評估，旨在通過此次評估，完善國家科技計劃評估體系建設，促進形成科技計劃評估規範化、制度化、常規化的工作機制，並將科技計劃評估作為計劃管理的重要組成部分，通過評估結果的應用，實現計劃評估「分析診斷、決策參考、增強責任」等方面的功能。此次評估工作以「十五」期間「863」計劃總體執行情況為對象，圍繞戰略調整與目標定位、組織實施與管理、效果與影響三個維度，採取綜合評估與專題評估相結合的方式，採用定性和定量相結合的方法開展評估。最終形成了包括總報告、專題報告、案例分析報告，以及相關支撐研究和調研報告在內的系列報告。同時，也形成了若干快報、專報，並向主管部門領導提交評估成果。
第三階段，探索開展科技計劃的績效評價。2000年以來，隨著我國政府財政支出績效評價工作的逐步推進，開始探索科技領域的績效評價。其中，最引人關注的是2010年開展、歷時一年半的「國家自然科學基金資助與管理績效國際評估」。此次評估由財政部與國家自然科學基金委（以下簡稱基金委）聯合開展，根據《國家自然科學基金條例》和《中央級民口科技計劃（基金）經費績效考評管理暫行辦法》，結合公共支出績效評估需求和科學基金髮展需求，圍繞科學基金戰略定位、資助績效、管理績效和社會影響等四個方面的內容進行評估，全面總結了科學基金設立25年以來的經驗、成效與不足，充分了解了科技界對科學基金的觀點、意見和建議，為之後完善科學基金打下了良好的基礎。此次評估採取了「國內準備+國際評估」的組織模式，國家科技評估中心作為獨立評估機構負責整個評估活動的設計和開展，在基金委的配合下獨立準備評估所需證據材料。財政部和基金委作為評估組織方，積極支持但不幹預第三方獨立評估，為國際評估專家的客觀評估提供保障。13位國際評估專家來自6個國家，構成國際評估專家委員會，由美國科學理事會原主席傑爾教授擔任專家委員會主席，全國人大常委會副委員長韓啟德院士和德國科學基金會原主席溫奈克教授擔任副主席。國際評估專家委員會根據評估結果出具評估報告，評估報告向社會公開，基金委對評估報告提出的評估結論與建議高度重視，並在之後的項目資金管理中積極採納改進。此次評估是我國規模最大、範圍最廣、國際化程度最高的戰略性、綜合性績效評估，受到國內外科技界的廣泛關注，也是科技計劃績效評價的成功嘗試。
第四階段，科技計劃績效評價步入正軌。2018年《中共中央國務院關於全面實施預算績效管理的意見》（中發〔2018〕34號）的出臺，將全面預算績效管理提升至國家戰略高度。2020年《中央財政科技計劃（專項、基金等）績效評估規範（試行）》的發布，標誌著我國科技計劃的績效評價工作全面展開並步入正軌。
以2020年7月開展的國家傑出青年科學基金（以下簡稱「傑青」）項目績效評價為例，本次績效評價由財政部預算評審中心組織專家和第三方機構成立績效評價工作組，對國家自然科學基金委員會2014—2019年傑青項目展開了績效評價。重點圍繞傑青基金的決策管理機制、管理模式、項目成效等情況展開績效評價，旨在加強財政資金績效管理，提高財政資金使用效益，提高科技資源配置效率。本次績效評價綜合採用「因素分析法」「專家評分法」和「公眾評價法」等方法，評價指標設置為決策、過程、產出、效益4個一級指標，下設8個二級指標，總分值設定為100分。績效評價結果根據評價分數分為4個等級：綜合得分在90（含）～100分為優，80（含）～90分為良，60（含）～80分為中，60分以下為差。績效評價最終形成了《國家傑出青年科學基金績效評價報告》，以附件形式反映在《國家自然科學基金委員會2019年度部門決算》中，並在國家自然科學基金委員會官網「經費決算」欄目向公眾公開。此次評價是全面實施預算績效管理背景下，依據財政預算管理相關文件的規範要求，對計劃層面的科技活動進行績效評價的重要實踐，在「五大類科技計劃」中尚屬首次。