美國原住民人口約佔總人口的1.5%左右，根據分布地區大致可以分為三類：美國本土的印第安人，阿拉斯加原住民，夏威夷原住民和其他太平洋島民。
美國本土的印第安人：人口最多，歷史上受傷害最多
印第安人原先分布在北美各地，有著為數眾多的部落集團，生活方式各異，不同地區的印第安人分別從事採集、漁獵、遊牧和種植業。「發現」新大陸的歐洲航海家哥倫布踏上美洲的日子是印第安人苦難的開始。其後來自西班牙、葡萄牙、英國和法國的殖民者們對美洲的印第安人就行了的奴役和屠殺，美國獨立戰爭前，北美東部沿海平原地區的印第安人幾乎被消滅殆盡。
歐洲殖民者們不僅僅用冷熱兵器屠殺美洲原住民，他們帶來的舊大陸的各種病毒和傳染病也成了導致了印第安人銳減的重要原因。在最開始的接觸過程中，殖民者發現印第安人在舊大陸的常見疾病面前相當不堪一擊，當他們意識到天花是一種比武力更有效的戰爭工具時，便故意向當地原住民傳播天花。例如，英國人在加拿大推進過程中，就假裝和印第安人議和，蓄意將天花病人沾染過的枕頭、被褥作為禮物送給他們。由於美洲大陸原住民已同舊大陸的人類隔絕了上萬年，對舊大陸常見的天花、流行性感冒等疾病毫無免疫力，更無相應的預防意識和策略，很快原住民們就「莫名其妙」地遭遇「天災」成千上萬的倒下。
美國獨立前，在密西西比河和阿巴拉契亞山脈之間仍有很多印第安人生活在那裡，1830年美國時任總統傑克遜一改之前用條約「合理」侵佔印第安人土地的方式，將印第安人從密西西比河以東強制遷移至密西西比河以西貧瘠山區的「印第安保留地」，白人的西進運動成了變成了印第安人的血淚之路，美國還特別頒布法令鼓勵屠殺印第安人，每上交一個印第安人的頭蓋皮，政府將獎勵50美元或100美元。西進運動中的屠殺和強制遷徙造成上千萬的印第安人的死亡，僅林肯時代美國境內的印第安人就從500萬下降到了30萬。
阿拉斯加原住民：人口一直較少，主要分為三類
阿拉斯加州是美國面積最大的州，面積為171萬平方公裡，比我國面積最大的省區新疆（166萬平方公裡）還大，佔美國總面積的近五分之一。但由於地處高緯度的寒冷地帶人口稀少，僅70多萬人，其中約40%居住在最大城市安克雷奇，阿拉斯加州的原住民約佔該州人口的16%左右，主要包括印第安人、愛斯基摩人和阿留申人。這些原住民人種屬於亞洲黃種人，是歷史上通過白令海峽在寒冷氣候時期形成的大陸橋而遷移到美洲。愛斯基摩人主要分布在沿海，印第安人分布在內陸，阿留申人曾廣泛分布在阿留申群島，二戰期間，遭到白人移民攻擊人口銳減，後被美國政府強制遷移到阿拉斯加東南部。
1966年，隨著美國本土各地民權運動興起，阿拉斯加原住民也開始組團維權，向美國聯邦政府申請賠償。5年之後，國會為處理阿拉斯加種族問題，通過了《阿拉斯加原住民歸鄉法案》，規定阿拉斯加九分之一的土地應歸還給當地原住民，並向原住民賠償9.62億美元。至此，阿拉斯加原住民終於收回了部分的土地所有權。
夏威夷人混血較多，太平洋島民政治權利較少
夏威夷人分布在太平洋東北部夏威夷群島。屬南方蒙古人種和澳大利亞人種的混合類型 ，夏威夷語屬南島語系玻里尼西亞語族，夏威夷人長期遭受歐美殖民和統治，人口一度銳減。只有部分人保留傳統文化和語言，多數人通曉英語。由於土地被侵佔，夏威夷人基本處在當地社會底層。
夏威夷原本是一個獨立王國，1894年，當地的美國人發動政變，軟禁了夏威夷女王，成立夏威夷共和國。1898年，美國吞併夏威夷。由於大量亞洲人和歐美人移民進入，混血較多，如今純血統的夏威夷人已不足萬人，
除了夏威夷以外，美國在太平洋上還有不少屬地，包括關島、北馬裡亞納群島、美屬薩摩亞、威克島、中途島、貝克島、約翰斯頓環礁等，這些屬地上居住著不少的原住民。這些原住民屬於美國公民，但只有少量的政治權利，部分島嶼居民可選舉「無投票權的眾議員」席位，但大都無法參與美國總統選舉。