唐不空本《佛母大孔雀明王經》三卷，有咒語三十二條。共計一千一百二十段句。嚴格的說，本經有咒語四十一條。因為其卷上咒三，在本經卷中又重複一遍；卷中咒十八，在卷中又重複了八遍。再嚴格的說，本經咒語總段數一千一百二十段句，在某些版本的經文中略有出入，或多或少些。
《佛母大孔雀明王經》三十二條咒語在本經中：經前啟請法有一條咒；卷上有十四條咒；卷中有四條咒；卷下有十三條咒。
經前啟請法：
咒一（經前陀羅尼）（25段.句）
卷上：
咒二（諸佛護念陀羅尼）（84段.句）
咒三（八皈敬真言）（8段）（卷中重複一次）（共16段）
咒四（晝夜安穩真言）（36段）
咒五（明王陀羅尼①）（66段）
咒六（孔雀明王心陀羅尼）（57段）
咒七（明王陀羅尼②）（125段）
咒八（七佛世尊真言）（19段）
咒九（藥叉名）
咒十（大藥叉王及諸藥叉將真言）（9段）
咒十一（持國天王真言）（8段）
咒十二（增長天王真言）（9段）
咒十三（廣目天王真言）（9段）
咒十四（多聞天王真言）（13段）
咒十五（四大天王真言）（19段）
卷中
咒十六（大藥叉王真言）（18段）
咒十七（祛除七災真言）（71段）
咒十八（諸鬼神真言）（19段）（卷中重複九次）（共計171段）
咒十九（除諸惡大明大真言）（94段）
卷下
咒二十（微缽屍如來誦真言）（17段）
咒二十一（屍棄如來誦真言）（14段）
咒二十二（毗舍浮如來誦真言）（18段）
咒二十三（羯句忖那如來誦真言）（17段）
咒二十四（羯諾迦牟尼如來誦真言）（18段）
咒二十五（迦攝波如來如來誦真言）（16段）
咒二十六（釋迦牟尼如來誦真言）（42段）
咒二十七（慈氏菩薩誦真言） （14段）
咒二十八（大梵天王誦真言）（14段）
咒二十九（帝釋天王誦真言）（40段）
咒三 十 （四大天王誦真言）（16段）
咒三十一（離諸憂惱真言）（26段）
咒三十二（離諸怖畏真言）（6段）
經文中最長的是卷上咒七（明王陀羅尼②），共有一百二十五段.句。其次是卷中咒十九（除諸惡大明大真言），共有九十四段.句。最短的咒語是卷下的咒三十二（離諸怖畏真言），共有六段.句。重複最多的咒語是卷中咒十八（諸鬼神真言），在卷中共重複了九遍。在不同版本的本經中咒語總條數不變，段句數有不同。
真言咒語是《佛母大孔雀明王經》重要內容。能滅一切諸毒，怖畏災惱，攝受撫育一切有情，獲得安樂。「虔誠一心轉讀此經，或一遍或三遍乃至七遍。或一日或二日。一切厄難悉得消除。所有祈願皆得圓滿。」