路德在德國進行宗教改革的時候，慈運理也在瑞士發起宗教改革。兩個改革幾乎同時進行，卻是各自獨立，沒有任何的關聯。
路德與慈運理的神學思想都受到伊拉斯謨的影響，強調平信徒的重要性，以及在日常生活中活出信仰。路德的宗教改革是以修會為背景，而慈運理則是以大學為背景，所以慈運理受伊拉斯謨的影響更深刻和更直接，體現於慈運理的述求不僅包括宗教改革，社會也需要改革。
慈運理生於1484年，與路德是同一年生人。1518年，慈運理被調派到蘇黎士大教堂任職，他的改教運動就在這裡開始了。1522年，他與十位聖職人員公然上書主教，要求準許他們結婚，因為聖經沒有禁止傳道人結婚。慈運理還發動市議會通過一道法令，就是社會的任何習俗，都要基於聖經的教導。
1523年1月，州議會安排了一次公開的神學辯論，並宣布一切的辯論必須以聖經為依據。這給慈運理提供了千載難逢的良機。慈運理一人與幾位神學家辯論，舌戰群雄，最後沒有一人能辯論過他。原因何在？因為慈運理的優勢是他通曉希臘文，而新約聖經就是用希臘文寫成。與慈運理辯論的神學家們只通曉拉丁文，他們對聖經的理解是通過拉丁文，所以他們對聖經的理解不及慈運理。
在這場辯論中，慈運理宣讀了他的《六十七條》，將基本的聖經真理簡潔地列了出來：
1、聖經的權威超過教會的傳統。
2、主張因信稱義，否定人的善行對贖罪有任何功效。
3、彌撒不等於獻祭，煉獄並不存在。
4、聖經許可傳道人結婚。
5、拆除教堂裡的一切聖像，包括管風琴。
6、以聖餐愛筵取代彌撒，聖餐愛筵表明信徒在愛的團契中記念主的死，完全沒有獻祭的意義。
7、沒收修道院的產業，由州議會代管。改組學校。
由《六十七條》可以看出，慈運理的改革要比路德的改革更加徹底。
慈運理的改革運動，幾乎得到了半個瑞士的響應，這引起了天主教的不滿。於是，親天主教的州郡在奧地利的幫助下，開始集結軍隊，山雨欲來風滿樓。這時，慈運理打算與在德國進行宗教改革的路德合作。於是與路德談判合作事宜，結果談判失敗，慈運理不得不單獨面對來自天主教的壓力。結果，1531年，天主教與慈運理的改教者之間爆發了戰爭，慈運理作為隨軍牧師參加了這場戰鬥，不幸戰死沙場，時年只有47歲。當天主教徒找到慈運理的屍體後，將其大解八塊，用火焚毀，以此洩憤。與此同時，路德在德國的宗教改革也遭到來自天主教的打壓。
同樣是宗教改革，同樣是遭到天主教的打壓，為何慈運理與路德難以合作，而不得不各自孤身面對天主教的挑戰呢？慈運理為謀求與路德合作，他與路德談判了三天，幾乎對所有的問題都達成了一致，唯有他們對聖餐的看法難以達成一致，從而使合作成為不可能。
他們的分歧在於：路德認為，聖餐被祝謝後，餅同時具有餅和基督兩個性質；而慈運理認為，聖餐中的餅只是「代表」基督，卻沒有「變成」基督。他們的聖經依據都是《馬太福音》26：26，「他們吃的時候，耶穌拿起餅來，祝福，就擘開，遞給門徒，說：『你們拿著吃，這是我的身體。』」路德認為，既然耶穌親口說那祝謝後的餅是他的身體，那麼餅被祝謝後就一定會變成基督的身體。此說被稱為「變質說」。
但慈運理認為，耶穌所說的「是」的意思不等於餅與基督本質相同，而是指這餅「代表」基督的身體，因為基督在說這話的時候，他人性的身體就坐在門徒的身邊，這人性的身體是不可能分布於每一塊餅的裡面的。此說被稱為「代表說」。
兩位改教家的分歧從表面上來看，是對聖餐的理解不同，但我們也應注意到，這兩位改教家同時也是神學家，他們對聖餐的理解不同，是因為他們的神學範式不同。路德之所以持守「變質說」，是因為路德的神學思想受到了古希臘哲學家亞里斯多德的思想的影響。亞里斯多德的哲學思想可以簡單地概括為：本質寓於個體，即個體的本質就隱藏於它的裡面，而不是別的什麼地方（如理念世界）。馬丁路德受他的影響，認為耶穌的神性可以將其人性融化，就象鐵被火所融化一樣，從而耶穌的人性可以散落於世界所有被祝謝過的聖餐裡面。
而慈運理的神學是受到安提阿派神學的影響，這一派神學特別注重耶穌的人性，認為耶穌基督的人性與神性都是完整的，人性並沒有被神性所融化或吞沒，否則耶穌就不是神人二性，而是由神性與人性相融合而產生的第三性。所以慈運理認為，基督復活後的身體是不能被他的神性所融化的，除非他再來，否則基督一直在父的右邊，所以聖餐並不是基督降於餅中，而是我們借著信心提升我們到他那裡。
對於今天的基督徒來說，僅僅因為對聖經的理解不同，便放棄聯手對付共同敵人的機會，這確實有點令人難以理解，這似乎也犯了兵家大忌。但是我們應該知道的是，改教家們之所以敢於冒著生命的風險進行宗教改革，就是因為他們繼承了古代教父的傳統，即對神學的重視。古代教父甚至認為，神學的錯誤會影響信徒的救恩，所以他們寧願死也不願放棄正統的神學教義。而改教家們也是從「回歸聖經」和指出天主教的神學錯誤，開始進行宗教改革的，例如馬丁路德的95條論綱和慈運理的《六十七條》等。
改宗家們對待聖經和神學的態度，與今天的教會排斥神學和隨己意亂解聖經的隨意態度，形成了鮮明對比。值得我們反思。