三好元長討伐細川晴元，細川晴元請來老姻親本願寺僧兵，結果打的元長陣營潰散，令晴元意想不到的是本願寺教徒如同脫韁野馬般不受控地在畿內大肆活動，彷彿是晴元政權的請援提供他們隨意活動的保證一樣。部分教徒以打擊元長餘黨為名，在沒有宗主證如的命令下開始到處攻擊其他佛教宗派的地盤，奈良、京都等地紛紛烽煙四起。這些擅自行動的教徒之中混雜了一些雜信不同佛教宗派及土俗信仰的遊民，他們之中大多為了生計和解除拖欠給非本願寺派系寺廟的債務，藉機趁火打劫。因此，這次部分本願寺教徒引發的戰後混亂，其背後包含著非常複雜的社會問題。
無論如何，晴元陣營低估了請出本願寺教徒助戰的「成本」及「代價」是顯見的事實，他們也終於面對「求人容易送人難」的尷尬局面。然而，政治世界沒有永遠的朋友和敵人，當利益衝突時瞬間反目成仇的例子，在世界各地的史書上比比皆是。
至此，為了成為管領細川家正統繼承人而轉戰不休的晴元當然也十分明白這個道理。為了處理這批「難送的客人」，晴元首先與另一位將軍也是前主君的足利義晴和解。作為見面禮，晴元把早前捕獲的足利義維冷落一旁，另外又跟支援義晴的六角家和解，並且結成姻親。六角家是當時守護近江南部通往京都門戶的強大勢力，這樣做的同時也對本願寺教徒進一步的擴散行動保持警戒。
與義晴和解後，晴元立即利用這位將軍進行下一個動作。他借著將軍的名義向同樣在畿內，尤其是京都一帶擁有不下於淨土真宗勢力的法華宗下令，要求他們組織武裝，並且站起來對付肆虐的本願寺教徒。明顯是晴元親眼看過本願寺教徒的「狂熱」實力後，認為與其自己動手硬吃這批「雞肋」，不如假法華宗之手更便捷。晴元這種「以毒攻毒」、以教派對付教派的伎倆，某種程度上可以說是將計就計，煽動了教派間的矛盾。於是到了天文元年（一五三二）七月，為了確實挑動法華宗徒的神經，晴元派家臣去火上加油，表示如果法華宗等派不出手，繼續縱容本願寺的話，諸派滅亡就在眼前。
另外，為了鎮壓肆虐的本願寺教徒，晴元又命木澤長政率先拉開戰幔，攻打本願寺的教坊及寺廟，誘導教徒起事，實行「請君入甕」之計。本願寺方面頓悟自己已經中了晴元陣營的計策，為免被動受困，決定反過來先出手。但是，他們在京都很快被法華宗為首的諸宗派教徒圍堵，位於京都山科的總壇也危如累卵。
隨後晴元陣營、六角家的援軍紛至，一同圍攻山科本願寺總壇。雖然教壇早在多年前進行了多次的軍事防禦工事，但還是被同樣熟知當地地勢的法華宗找到缺口。最終這場圍攻戰在兩日內以山科本願寺總壇焚毀的方式結束。壇內的寶物，以至老弱婦孺被搶劫一空，本願寺在京都的地盤也因此完全被消滅，本願寺證如逃到攝津國的大坂分壇另圖再起。
雖然山科本願寺陷落，證如敗逃大坂，但晴元與本願寺的「分手」劇並沒有因此結束。目前為止一直靜觀其變的細川晴國在丹波苦等多年後，終於找到出手的機會。他眼見晴元與本願寺決裂後，立即抓住這缺口，與成了敗家之犬的證如聯手，反擊晴元。
晴國在丹波牽制京都的法華宗徒的同時，本願寺及其信徒、遊民和武士領主們一起從大坂北上，試圖收復失地。本願寺這場絕地反擊戰一直持續至天文二年（一五三三），戰火在攝津、河內、和泉等地蔓延，但雙方一直無法找到突破的機會。另一邊隔岸觀火的細川晴國也藉著京都空虛，一度派兵從丹波南下入侵，但由於兵力有限，始終無法一舉控制京都。
就這樣，晴元．法華宗與晴國．本願寺的對立交戰一度陷入僵局。雙方表面上劍拔弩張，但其實皆已厭戰，因為各自都明白並沒有滅亡對方的實力和必要，於是雙雙摸索著停戰的契機。就在這時候為他們送上機會的人出現了。他就是在本願寺的土一揆軍包圍下，幸運逃出虎口、並且在阿波國韜光養晦的三好元長長子──三好長慶（長慶初時名叫利長，後來又名範長，再改名長慶，在此統一為「長慶」）。
三好長慶當時只是一個十一歲的少年，當然不可能早熟到可以走出來擺平事件。他背後的三好家宗家及保護者細川持隆才是真正的幕後黑手，長慶說到底也不過是代表而已。然而，將長慶推上臺的意義卻十分深遠。畢竟他父親元長在之前的對立中被晴元陣營殺害，殘黨只能逃回根據地阿波，可以說是元長一派幾乎全被「請下」歷史舞臺，長慶很有可能無出頭之日。然而，晴元始終沒辦法取得完全的勝利，膠著的戰局最終反過來為長慶重見天日帶來了機會。在某種程度上，晴元對長慶來說，既是殺父仇人，也是造就他日後霸業的領航員，歷史的因果總是那麼的諷刺。
以長慶為代表的三好陣營雖然已經伸出了善意之手，但晴元陣營與本願寺陣營之間仍然膠著了一小段時間才慢慢走向停戰，同時，本願寺與法華宗也達成了和解。然而這次多方和解中被冷落一旁的就是矢志繼承亡兄遺志的細川晴國。晴國要的不是和解，而是取代晴元，成為名正言順的管領。然而，晴元、本願寺、法華宗都已經放棄了戰鬥，原本戰力就單薄，只是靠戰亂來撈好處、拉盟友的晴國自然沒有鬥下去的本錢。而當初支持他的丹波國人領主們也看透了他的底細，最有實力的波多野家、內藤家都先後倒向了晴元陣營，晴國就更加無用武之地，三年後，他便在晴元陣營的圍剿下在河內天王寺兵敗自殺了。
日本戰國：反晴元聯軍討伐「三姓家奴」，晴元獲「三萬神兵」相助
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