早在新石器時代，先人已在天然河流上廣泛使用獨木舟和排筏。從浙江河姆渡出土的木槳，證明在距今2 000多年前，中國東南沿海的漁民已使用槳出海漁獵。
春秋戰國時期，水上運輸已十分頻繁，港口應運而生，當時已有渤海沿岸的碣石港（今秦皇島港）。
漢代的廣州港以及徐聞、合浦港，已與國外有頻繁的海上通商活動。長江沿岸的揚州港，兼有海港與河港的特徵，到唐朝已是相當發達的國際貿易港。廣州、泉州、杭州、明州（今寧波）是宋代四大海港。
鴉片戰爭後，列強用炮艦強行打開中國國門，一系列不平等條約的籤訂，使沿海海關和港口完全被外國人所控制，內河航行權喪失殆盡。港口長期受制於外來勢力，成為帝國主義侵略掠奪我國資源財富的橋頭堡。新中國成立前，中國港口幾乎處於癱瘓狀態，全國（除臺灣省）僅有萬噸級泊位60個，碼頭岸線總長僅2萬多m，年總吞吐量只有500多萬噸，多數港口處於原始狀態，裝卸靠人抬肩扛。
新中國成立後，中國水運和港口開始獲得新生，先後經歷了五個不同的發展時期。
中國港口建設的第一個發展時期是建國初期的20世紀50～70年代初：
由於帝國主義的海上封鎖，加上經濟發展以內地為主，交通運輸主要依靠鐵路，海運事業發展緩慢。這一階段港口的發展主要是以技術改造、恢復利用為主。在這一時期，沿海港口平均每年只增加一個多深水泊位，其中大多系小型泊位改造而成。
中國港口建設的第二個發展時期是20世紀70年代：
隨著中國對外關係的發展，對外貿易迅速擴大，外貿海運量猛增，沿海港口貨物通過能力不足，船舶壓港、壓貨、壓車情況日趨嚴重，周恩來總理於1973年初發出了「三年改變我國港口面貌」的號召，開始了第一次建港高潮。從1973年至1982年全國共建成深水泊位51個，新增吞吐能力1.2億噸。首次自行設計建設了中國大連5萬/10萬噸級原油出口專用碼頭。這一時期鍛鍊和造就了中國港口建設隊伍，為以後港口發展奠定了較好的基礎。
中國港口建設的第三個發展時期是20世紀70年代末～80年代：
中國經濟發展進入一個新的歷史時期，中國政府在「六五」（1981-1985）計劃中將港口列為國民經濟建設的戰略重點。港口進入第二次建設高潮。港口建設步入了高速發展階段。「六五」期間共建成54個深水泊位，新增吞吐能力1億噸。經過五年建設，中國擁有萬噸級泊位的港口由1980年11個增加到1985年的15個，1985年完成吞吐量3.17億噸。「七五」期間是沿海港口建設40年發展最快的五年，共建成泊位186個，新增吞吐能力1.5億噸。其中深水泊位96個，比建國後30年建成的總和還多，共建成煤炭泊位18個，貨櫃碼頭3個以及礦石、化肥等具有當今世界水平的大型裝卸泊位。擁有深水泊位的港口已發展到20多個。年吞吐量超過1 000萬噸的港口有9個。
中國港口建設的第四個發展時期是20世紀80年代末～90年代：
隨著改革開放政策的推行與實施以及國際航運市場的發展變化，中國開始注重泊位深水化、專業化建設。特別是七屆人大四次會議後，通過了中國十年發展綱要和「八五」計劃綱要，明確了交通運輸是基礎產業。為適應社會主義市場經濟發展的進一步深化，出現了第三次建港高潮。建設重點是處於中國海上主通道的樞紐港及煤炭、貨櫃、客貨滾裝船等三大運輸系統的碼頭。至1997年底全國沿海港口共擁有中級以上泊位1 446個，其中深水泊位553個，吞吐能力9.58億噸，是改革開放之初的4倍。完成吞吐量由1980年的3.17億噸增長到1997年9.68億噸。基本形成了以大連、秦皇島、天津、青島、上海、深圳等二十個主樞紐港為骨幹，以地區性重要港口為補充，中小港的適當發展的分層次布局框架。與此同時，與港、航相配套的各種設施、集疏運系統、修造船工業、航務工程、通信導航、船舶檢驗、救助打撈系統基本齊備，還建設了具有相當規模和水平的水運科研設計機構、水運院校和出版部門，初步形成了一個比較完整的水運營運、管理、建設和科研體系。
中國港口建設的第五個發展時期是20世紀90年代末～21世紀初：
貿易自由化和國際運輸一體化的發展，現代信息技術及網絡技術也伴隨著經濟的全球化高速發展，現代物流業已在全球範圍內迅速成長為一個充滿生機活力並具有無限潛力和發展空間的新興產業。現代化的港口將不再是一個簡單的貨物交換場所，而是國際物流鏈上的一個重要環節。特別是進入21世紀以後，經濟全球化進程加快，科技革命迅猛發展、產業結構不斷優化升級、綜合國力競爭日益加劇。為適應國際形勢變化和國民經濟快速發展的需要，在激烈的競爭中立於不敗之地，全國各大港口都在積極開展港口發展戰略研究，開發建設港口信息系統，並投入大量資金進行大型深水化、專業化泊位建設，掀起了又一輪港口建設高潮。截至2003年底，全國沿海港口共有生產性泊位4 274個，其中萬噸級以上泊位約748個，綜合通過能力16.7億噸，共完成貨物吞吐量20.64億噸。