論文中過多引用參考文獻，給人的感覺不是治學嚴謹，而是作者對論文內客極度地不自信。
——William C. Roberts
1 要遵循規則
就像致謝一樣，參考文獻部分也有需要遵守的特定規則。
第一，只列出已發表的有影響的參考文獻。儘量不要引用未發表的數據、摘要、論文或其他間接材料。如果實在需要引用這類材料，可以用括弧標註出來，或像一些期刊允許的那樣在正文中用腳註標註出來。已被接收、將要發表的論文可以引用，但要在將發表該論文的期刊名後註明「In Press」或「Forthcoming」(即將出版)。
其次，在投稿前要對照所引用文獻的原始出處，仔細檢查參考文獻部分。在投稿被接受後，也最好對校樣再做檢查。有經驗的圖書管理員知道，論文裡出現錯誤最多的部分就是參考文獻。
還要記住的是，檢查的時候要確信在論文正文中引用的文獻都確實列在參考文獻部分中，也要確信列在參考文獻部分的文章都確實在正文中被引用到。
2 參考文獻的格式
各種期刊在引用參考文獻的格式上有很大不同。有人查閱了52種科技期刊，發現這些期刊使用了33種不同的參考文獻格式(M.O'Connor，Br.Med.J.1[6104]:31,1978)。有些期刊會給出所引用文獻的全名，有些則不會；有些期刊要求論文給出所引用文獻的頁碼範圍，有些則只要求給出所引用文獻的首頁頁碼。聰明的作者會搜集好所引用文獻的所有相關條目，這樣在撰寫論文的時候就具備所有必要的信息。要對已有的信息做刪減和編輯是很容易的；但要重新搜索二十多篇甚至更多的論文，用來將參考文獻的題名和頁碼補齊，卻非常費勁。即使知道欲投稿期刊通常採用精簡的參考文獻格式(比如，不給出題名)，最好還是為所有引用的參考文獻做完備的記錄。這種做法可取是因為
(1)當前選定的投稿期刊可能會拒絕錄用該投稿，到時可能將論文做修改，另投其他期刊(這家期刊的要求同以前的投稿期刊的要求很可能不同)；
(2)很有可能在以後撰寫科技論文、評論性論文或者書籍的時候會再用到這些參考文獻，而很多類型的寫作經常要求給出所引用文獻的完整條目。在向一家期刊投稿前，最好對照該期刊的《作者須知》來檢查論文的參考文獻格式。如果投稿中參考文獻格式與期刊要求的格式有很大出人，期刊編輯和審稿人有可能認為這份投稿是被其他的期刊拒稿後才轉投過來的，也可能認為論文作者粗心大意，敷衍了事。
儘管有很多種參考文獻引用格式，大多數期刊還是使用三種常用格式中的一種。這三種常用格式是：「著者姓名-出版年」(name and year)格式，「字母-數字」(alphabet-number)格式和「引用次序」(citation order)格式。
2.1 署者姓名-出版年格式
著者姓名-出版年格式，又稱哈佛(Harvard)格式，已經流行多年，很多期刊和書籍都使用這種文獻引用格式。這種格式很大的一個優點就是方便作者。因為參考文獻不用編號，所以作者可以隨時添加或刪減參考文獻。不管作者對參考文獻書目做多少次修改，正文中引用文獻的標註--如「Smith和Jones（2005)」--不受影響。如果引用Smith和Jones在2005年發表的兩篇論文，那麼只要做簡單變動即可，即第一篇標註為「Smith and Jones(2005a)」，第二篇標註為「Smith and Jones (2005b)」。這種格式的缺點是對讀者和出版商不方便。當讀者閱讀論文時，特別是在閱讀論文的導論部分時，會發現一個段落甚至一個句子裡大量引用參考文獻，這導致讀者經常要跳過多行引用文獻的標註才能繼續閱讀下面的正文。接連引用幾個參考文獻會對讀者閱讀和理解論文造成一定幹擾。對出版商來說這種格式的缺點很明顯，就是增加印刷成本。如果「Smith，Jones，and Higginbotham(2005)」可用簡單的引用文獻標註「(7)」來代替，那麼出版商就可以降低印刷成本。
由於一些論文的署名作者人數太多，很多採用著者姓名-出版年參考文獻格式的期刊都採納了「et al．」(等)的規則，這個規則是這樣使用的：如果所引用的論文作者人數只有一到兩位時，引用文獻就標註成「Smith(2005)」或「Smith and Jones(2005)」；如果所引用的論文有三位作者，在第一次引用該論文時應該標註成「Smith，Jones，and McGillicuddy(2005)」，以後在文中再引用到該論文時就可標註成「Smith et al．(2005)」這樣的簡短形式；如果所引用的論文有四位或四位以上的作者，在第一次引用該論文時就應該用「Smith et al．(2005)」來標註。在參考文獻部分，有些期刊要求把文獻的所有作者都列出來(不管有多少名作者)；有些期刊僅將文獻的第一作者列出，並在第一作者後註明「et al．」。對於按照「Uniform Requirements for Manuscripts Submitted to Biomedical Journals，(International Committee of Medical Journal Editors, 2004)準備的論文，International Committee of Medical Journal Editions (2003)指出，如果參考文獻的作者人數超過六名，要將前六名作者姓名全都列出來，之後的作者一律用「et al．」指代。
2.2 字母-數字格式
這種格式是著者姓名-出版年格式的一種變體，它在論文正文中用數字來標註引用的文獻，而數字是根據文獻中的字母順序編排出來的。使用這種文獻引用格式可以降低出版費用。對論文作者來說，編輯論文時也會容易一些(特別是當論文參考的文獻非常多時)。對於讀者，特別是對於圖書管理人員來說，閱讀和理解論文也很方便。
習慣了使用著者姓名-出版年格式的作者可能不會喜歡字母-數字格式，他們認為字母-數字的文獻引用格式有欺騙讀者的嫌疑，因為讀者根本無法從一個表明順序的數字看出被引用文獻的作者和被引用文獻發表的年份。而所引用文獻的年份，比如是1N4年還是20幟年，對於讀者的意義可能是完全不同的。
好在上述的不足有辦法彌補。在論文正文中引用文獻時，要多想想文獻的作者名或文獻發表的年份是否重要；如果不是那麼重要(其實大多數情況正是如此)，就可以直接使用數字來標註要引用的文獻：「Pretyrosine is quantitatively converted to phenylalanine under these conditions (13)．」如果想註明所引用文獻的作者名，可以將作者名加插在句子中：「The role of the carotid sinus in the regulation of respiration wa discovered by Heymans(13)．」如果想註明所引用文獻的發表年份，同樣可以將年份加插在句子中：「Streptomycin was first used in the treatment of tuberculosis in 1945 (13)．」
2.3 引用次序格式
引用次序(citation order)格式按照引用的文獻在論文中出現的順序來為文獻編號。這種格式避免了像著者姓名-出版年格式那樣浪費版面。讀者在閱讀論文正文時如果遇到引用文獻，通常能很快在參考文獻部分找到對應的文獻。所以，讀者一般都很喜歡這種引用文獻的格式。如果論文篇幅較短，引用的參考文獻較少，這種格式非常有用。如果論文篇幅較長以致論文中大量引用參考文獻，這種格式就未必那麼合適。這對作者來說不方便，因為如果要添加或刪減參考文獻，就要重新排列文獻在論文正文的引用次序；對讀者來說也不好，因為參考文獻是按在論文正文中引用的次序來排列的，這會導致幾篇由同一作者發表的論文在參考文獻部分被分隔開來。
本書第一版裡提到字母-數字格式「看來正日漸盛行」(「seems to be slowly gaining ascendancy)，然而此後不久，Uniform Requirements for Manuscripts Submitted to Biomedical Journals(《生物醫學期刊投稿統一要求》)的第一版發行，提倡在生物醫學期刊上採用引用次序的文獻引用格式。這種統一要求已經為好幾百種生物醫學期刊接受。所以現在還不好說到底是哪種文獻引用格式正「日漸盛行」。《生物醫學期刊投稿統一要求》在諸多方面都闡述得不錯，所以很有影響力，它與美國國家標準協會(American National Standard Institute)1977年公布的一個標準有很多共同之處。不過在文獻引用方面，其他引用格式也使用得很廣泛。比如生物編輯委員會，也就是現在的科學編輯委員會，於1則年決定在它發行的格式指南第六版中使用著者姓名-出版年的文獻引用格式。在格式指南正文中，Scientific Style and Format 部分認可「著者姓名-出版年」和「引用次序」這兩種文獻引用格式。《芝加哥格式指南》(Chicago Manual of Style)一貫被視為學術發表中的「聖經」，在2003年發行第15版的時候，為了保持與以前版本的一致，建議作者在撰寫物理學、自然學和社會科學論文時採用「著者姓名-出版年」的文獻引用格式。
3 文獻題名和頁碼範圍
在參考文獻部分是否應該給出文獻的題名呢?通常要遵守期刊的格式要求，如果欲投稿期刊對參考文獻的格式沒有強制要求，最好還是給出完整的文獻信息。指出文獻題名，能幫助有興趣的讀者決定是否有必要去閱讀論文引用過的文獻。
在參考文獻部分給出文獻的頁碼範圍(第一頁頁碼和最後一頁頁碼)能讓讀者知道引用的文獻到底是l頁長的短文還是50頁長的評論性文章。顯然，參考文獻的頁數不同，讀者或圖書管理員為獲得文獻的副本所花的費用也將不同。
4 期刊縮寫
儘管各種期刊格式不盡不同，但近年來各種期刊都在參考文獻部分對文獻所屬期刊規定採用縮寫形式。白1969年美國國家標準協會推出投稿標準以來，幾乎所有主要期刊和文獻索引服務都使用相同的縮寫規則。以往，大多數的期刊都會縮寫參考文獻部分的期刊名(採用期刊縮寫形式可以節省不少排版費用)，但那時沒有縮寫方面的統一規則。像「Journal of the American Chemical Society」這樣的期刊就有好幾種縮寫：「J．Amer. Chem. Soc.」，「Jour．Am．Chem．Soc．」、「J．A．C．S．」，等等。這些不同的縮寫給讀者和出版商都帶來不少麻煩。而現在已有了統一的縮寫規則：「Journal」縮寫為「J．」(有些期刊把縮寫後的小圓點也進一步省略掉)。只要熟知一些縮寫規則，無須查閱其他縮寫列表就能給出許多期刊(包括不熟悉的期刊)的縮寫。比如，所有以「ology」結尾的詞都可縮寫成以「l．」結尾(「Bacteriology」可縮寫成「Bacterio1. 」，「Physiology」可縮寫成「Physiol.」 所以，如果記住期刊名中常用的縮寫規則，就可以很容易地用縮寫裡給出的大多數期刊題名。這裡有一個例外，如果期刊名只有一個詞，那麼就不要採用任何縮寫(例如，Science 和 Biochemistry )。附錄A給出了很多期刊名的正確縮寫形式，也可以從文獻資料庫中查找期刊名的正確縮寫。
5 正文中的引用
許多作者在論文正文中引用文獻時都有些漫不經心。常見的錯誤就是「隨意引用」(handwaving reference)，即作者僅告訴讀者可以參閱「Smith的重大貢獻」(Smith's elegant contribution)，而不告訴讀者Smith到底做了什麼貢獻或Smith的貢獻同當前論文有什麼聯繫。如果真有必要引用文獻，就應該讓讀者知道為什麼要引用這篇文獻。
更糟的是，有些作者在論文中對文獻作者出言不遜。絕對不可以這樣寫：「Smith (2004) totally overlooked…」或者「Smith (2004) ignored…」；應該用公正而謙遜的口吻寫為：「Smith (2004) did not study…」。
有些作者習慣於把所有文獻引用都放在句子末尾，這樣做是不對的。文獻引用應該放在句子中合適的地方，而不論是在句首、句中還是句尾。Michaelson(1990)列舉了這樣一個例子：We have examined a digital method of spread-spectrum modulation for multiple-access satellite communication and for digital mobile radiotelephony.1,2
如果我們把上面的句子修改一下，文獻引用就會明顯好很多We have examined a digital method of spread-spectrum modulation for use with Smith’s development of multiple-access satellite communication1 and with Brown's technique of digital mobile radiotelephony. 2
6 不同參考文獻格式的實例
為了讓讀者更好地理解三種文獻引用格式，我們給出三個參考文獻在三種不同文獻引用格式下的表達方式。(在有些期刊裡，這三個參考文獻的表達方式可能略有出入，因為不同期刊在使用粗體和斜體時規則有所不同。)
6.1 著者姓名-出版年格式
Gastel，B．2005．Health writer’s handbook.2nd ed.Ames(IA):Blackwell Publishing.
Gilden, D.H. 2004. Bell’s palsy. N.Engl. J. Med.351:1323-1331
Yuan, X., S. Xiao, and T.N. Taylor. 2005. Lichen-like symbiosis 600 million years ago. Science 308:1017-1020
6.2 字母-數字格式
1.Gastel, B. 2005. Health writer’s handbook. 2nd ed. Ames(IA):Blackwell Publishing
2. Gilden, D.H. 2004. Bell’s palsy. N.Engl. J. Med.351:1323-1331
3.Yuan, X., S. Xiao, and T.N. Taylor. 2005. Lichen-like symbiosis 600 million years ago. Science 308:1017-1020
6.3 引用次序格式
1. Gilden, D.H. 2004. Bell’s palsy. N.Engl. J. Med.351:1323-1331
2.Yuan, X., S. Xiao, and T.N. Taylor. 2005. Lichen-like symbiosis 600 million years ago. Science 308:1017-1020
3.Gastel, B. 2005. Health writer’s handbook. 2nd ed. Ames(IA):Blackwell Publishing
除了不是按首字母順序來排列文獻之外，引用次序格式對應的參考文獻中還省略掉縮寫後的句點(比如期刊名後的縮寫句點)，以及作者名首字母後的句點和作者姓之後的逗號。
7 引用電子文獻
由於Internet的飛速發展，出現了越來越多適於引用的電子文獻。現在有大量的科技論文發表在電子期刊上，或是同時以印刷版本和電子版本發行。此外，很多網上的科研報告、資料庫及其他科技文章都可以作為參考文獻被引用。
因此，引用電子文獻應該遵守的格式也日漸發展起來。最近的格式指南和期刊的《作者須知》中都會給出電子文獻的編排格式。如果在論文中要引用電子文獻，應先查閱欲投稿期刊的《作者須知》，其上可能直接給出電子文獻編排格式，或者是告訴作者從哪裡可以獲得電子文獻編排格式指南。此外，也可以查閱該期刊上已發表的論文，參考這些論文對電子文獻的引用格式。
8 引用文獻時的電子輔助工具
常用的文字處理軟體都提供創建腳註(footnote)和尾注(endnote) 的功能，並可以為腳註和尾注進行編號。這些功能可以輔助作者引用文獻，以及在參考文獻部分編排文獻。(但是有些期刊建議不要使用文字處理軟體中的這些功能，因為這些功能反而會妨礙出版進度。欲知詳情，可以查閱期刊的《作者須知》。)此外，一些文獻管理軟體(比如，EndNote、ProCite、Reference Manager)可以幫助建立文獻資料庫，以生成適用於不同期刊的文獻列表。還應向同事請教，看他們是如何使用電子輔助工具來引用文獻的。同事的建議可以幫助你充分利用輔助工具，並以科研領域慣用的方式來引用文獻和撰寫參考文獻部分。
本文節選自《科技論文寫作與發表教程》（第六版）
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