福建的移民，不但給臺灣帶去勞動力、生產技術和文化藝術，也帶去宗教信仰。移民動身之前，面對波濤洶湧的臺灣海峽，為祈求一帆風順，便隨身攜帶祖籍地的神像或香火，並在入臺後供奉於居屋或公厝，早晚膜拜，祈求神佑。到了開墾成功，形成村社，便建造廟宇，再塑金身，以謝神恩。臺灣民間供奉的各種神靈，絕大部分由福建傳入，他們的祖廟都在福建。
位於福建泉州中國閩臺緣博物館二樓的綜合主題館，通過「諸神同祀」展館，分佛教信仰、道教信仰和民間信仰等三個單元，展示了兩岸宗教信仰和民間信仰的傳承淵源，揭示閩臺人民的信仰同流。在這一部分，展覽了大量閩臺人民共祀的神像，配以從福建分靈的臺灣宗教寺廟及閩南祖廟的圖片加以比較，展示兩地民眾共奉神明，同尊一爐香。
佛教信仰方面，可謂是閩臺同宗。明末清初，福建人大量入臺，佛教信仰在臺灣廣泛傳播。鄭成功、鄭經父子統治臺灣時期，臺灣開始修建佛教寺院，並延請福建僧人入臺擔任住持，弘揚佛法。臺灣佛教直接淵源於福建，傳承福建佛教的衣缽。臺灣僧人視福建禪宗叢林為聖地，紛紛渡海赴福建名剎受戒。
1947年，泉州承天寺高僧廣欽老和尚東渡臺灣弘揚佛法，先後創建多處知名道場，並在臺北清源山修建一寺院，同樣取名為承天寺。廣欽老和尚於1986年2月13日圓寂，其肉身被民眾塑成金身，永久保存。老和尚幼時未受教育不識字，未留下任何著作，卻以自身實修工夫，度眾無數，在近代高僧中實數異數。其後門人將其生平事跡與口頭開示編輯成冊，故有《廣欽老和尚開示法語錄》傳世。
閩臺緣博物館工作人員呂行介紹說，展櫃展出的三尊明代彩繪木雕佛像是從泉州開元寺大佛基座底下發現的，是國家二級文物。
觀世音菩薩是臺灣民間祀拜最多的神靈，全臺供奉觀音的寺廟有400多座，其中以龍山寺最具代表性。晉江安海龍山寺，始建於隋（618年），寺中主祀千手千眼觀世音菩薩。明朝末年，龍山寺香火隨泉州移民傳入臺灣。
呂行介紹說，如今在臺灣的彰化鹿港、臺北的艋胛、淡水以及臺南等泉州籍移民眾多之地，都建有龍山寺，皆以安海龍山寺為祖廟。
閩臺二地的佛教俗神中，香火較盛者當數清水祖師和三平祖師，二尊神靈皆由高僧神化而成。清水祖師：俗姓陳，名普足，福建永春人，生於北宋，幼年出家，他在民間的影響主要有兩項：一是熱心慈善事業，一生勸造橋梁數十處；二是以祈雨「獲應」而聞名，百姓認為其「道行精嚴，法術高深」，能感動天地，因而去世後被奉為神明，稱清水祖師。明末清初，清水祖師信仰隨安溪移民傳入臺灣。全臺以清水祖師為主神的寺院近百座，許多是直接從安溪清水巖分香、分靈去的，信徒皆以安溪清水巖為祖廟。
定光古佛，又稱定光佛，定公佛，北宋武平縣南安巖之高僧，俗姓鄭，法名自嚴（934-1015），福建同安人。民間傳說他神通廣大，能除蛟伏虎，祈雨求暘（yáng，晴天），並為民疏通航道，代民請命，圓寂後被民眾奉為神靈。清代閩西客家人移居臺灣時，將定光佛信仰傳播臺灣。
明朝末期，隨著福建百姓移居臺灣，除了佛教信仰，道教也由漳州、泉州移民傳入臺灣。臺灣道教傳承了福建道教的傳統，多屬正一（又稱「正乙」）派南派道教。閩臺民間稱道士為「司公」（又稱「師公」），閩臺道教的齋醮（jiào）儀式、法器、法服及抄本等相同。閩臺道教除奉祀元始天尊、玉皇上帝、太上老君、真武大帝等神祗之外，還奉祀閩臺特有的俗神法主公。
民間信仰有別於佛教、道教等正規宗教，它沒有系統的宗教理論，沒有嚴格的教規和嚴密的宗教組織。它兼收並蓄，信仰蕪雜。臺灣民間崇拜的眾多神靈，也絕大部分源於福建。
媽祖，又稱天妃、天后、天上聖母，原名林默（960-987），北宋福建莆田湄洲島人。據傳，她神通廣大，能預知人禍福，並能出沒風浪，救助遇難船隻。媽祖去世後被民眾奉為救苦救難的海上保護神，建廟奉祀。明末以來，福建百姓遷居臺灣，首先必須漂渡臺灣海峽，許多移民奉持著媽祖神像上路，祈禱神明的保佑。平安抵達臺灣的移民便在聚居地建祠祀拜，媽祖信仰就這樣隨福建移民傳入臺灣，成為臺灣最廣泛的民間信仰。臺灣各地的媽祖因分靈不同，其稱呼也不同，從湄洲分靈的稱「湄洲媽」，從泉州分靈的稱為「溫陵媽」，從同安分靈的稱為「銀同媽」。全臺灣的媽祖廟都共認湄洲媽祖廟為祖廟，每逢媽祖誕辰之日(農曆三月二十三日)，臺灣信眾組成進香團到莆田湄洲島謁（yè）祖朝聖。
閩臺緣博物館工作人員呂行介紹說，古代莆田湄洲是歸泉州府所管轄，所以當時的官拜媽祖廟就建在泉州府城，而泉州天后宮也因此成為世界上規格最高的媽祖廟，我們看到的「溫陵媽」是戴著皇冠的。
福建客家民眾移居臺灣時，除了將定光佛信仰傳播到臺灣，也帶去了三山國王信仰。三山國王，原是廣東揭陽縣明山、獨山、巾山三山之神，福建、廣東客家民系普遍信仰。相傳，隋朝時，三位天神降落巾山，自稱兄弟，乃奉玉帝之命，來鎮守明山、獨山和巾山。從此便被當地民眾供奉於巾山腳下。潮州移民進入臺灣時，將三山國王信仰傳入臺灣。據統計，全臺灣以三山國王為主神的廟宇有170座左右。
福建的信仰非常多，福建民眾傳播到臺灣的民間信仰，其中臨水夫人也是非常閩臺兩地重要的民間信仰。臨水夫人，俗姓陳，名靖姑（767-790），唐代福州下渡人，嫁至古田縣臨水鄉。時福州大旱，靖姑脫胎祈雨，不幸身亡，臨終發誓死後做保產之神，以扶胎救產。鄉民於是建廟祭祀，尊為臨水夫人。清代，臨水夫人信仰傳入臺灣，以其為保胎助產之神，婦女祭拜她尤其多。閩臺兩地都是以古田臨水宮為祖廟。在臺灣當地，臨水夫人時常與媽祖合祀，所以在臺少見單獨的臨水夫人廟。
臨水夫人是保胎之神，而王爺則是閩臺民間對驅瘟神靈的俗稱，又稱千歲、大人、王公。閩臺稱王爺一般都冠以姓氏，稱某府王爺或某府千歲，常見的有趙、康、溫、馬、肖、朱、邢、李、池、吳等百餘姓。開發之初的臺灣，被稱為煙瘴之地，疫癘時作，故臺灣的王爺崇拜極為普遍，全臺有800餘座王爺廟，這些廟宇的建築與雕塑保持著泉州、漳州等地王爺廟的建築風格。
閩臺緣博物館工作人員呂行介紹說，王爺信仰還跟閩臺兩地獨有的「燒王船」的習俗密切相關。
呂行介紹說，因為當時福建各地都有人遷徙到臺灣去，所以人們會把各地的信仰帶到臺灣，象青山王、土地神、保生大帝、開漳聖王、廣澤尊王、關帝、城隍神等。
青山王，又稱青山公、靈安尊王，原名張悃，五代時期閩王的部將，曾率兵駐紮泉州惠安青山一帶，抵禦海寇有功，去世後百姓立廟祭祀，俗稱青山宮，為閩臺青山王祖廟。惠安百姓移居臺灣時，將青山王信仰帶進臺島，建造了一座座青山王廟，如臺中縣沙鹿鎮青山宮等。
土地神，或稱土地公、土地爺、福德正神，其神像都是衣冠束帶，豐頤白須，一副福壽像。在閩臺民間，村村有土地廟，家家供土地神。臺灣與閩南一樣，流行著「田頭田尾土地公」的俗語。
保生大帝，又稱吳真人、大道公，姓吳名夲（tao）（979-1036），北宋福建同安白礁（今屬龍海市）人。生前行醫，醫術高明，醫德高尚。卒後被當地百姓奉為醫神，立廟祀拜。明朝末年，保生大帝信仰隨福建移民跨海入臺。奉保生大帝的廟宇通常被稱為「慈濟宮」。福建最有名的兩座分別是青礁慈濟宮（位於今廈門海滄臺商投資區青礁岐山東鳴嶺，保生大帝煉丹成神之處）和白礁慈濟宮（位於今龍海市角美鎮白礁村，保生大帝誕生地），前者俗稱為東宮，後者俗稱為西宮。臺灣保生大帝廟宇大多數從白礁的慈濟宮分香，以此二宮為祖廟。保生大帝與媽祖、臨水夫人，是閩臺民間信奉的三大主神之一。
開漳聖王，原名陳元光（657-711），即唐朝開設漳州的首任刺史，字延炬，號龍湖，又稱「陳聖王」、「威惠聖王」、「聖王公」。清代，開漳聖王信仰隨漳州移民傳入臺灣。現臺灣有100多所廟宇奉祀開漳聖王，其中淡水惠濟宮、桃園景福宮、臺北內碧湖山巖頂的開漳聖王廟和臺中市北屯四張犁的開漳聖王廟，都香火旺盛，信徒眾多。
廣澤尊王，又稱郭聖王，俗稱聖王公，姓郭，名忠福（923-938），福建南安詩山人。本為五代時一個牧童，一出生就與眾不同，以孝聞名。十六歲時，牽牛登山，坐在古藤上而去世，鄉人建廟祭祀他，稱郭山廟，又號將軍廟，後加封為廣澤尊王。清初，廣澤尊王信仰隨泉州移民傳入臺灣，臺灣廣澤尊王廟均以南安詩山的鳳山寺為祖廟。
關帝爺，又稱關聖帝君、關公、關老爺等，即三國時蜀國名將關羽（公元160年-公元219），因其忠、義、勇而受後人崇拜。關帝在閩臺是職掌人間事務最多的一位神靈，既是戰神，又是商界守護神（財神），還是醫藥神。臺灣的關帝信仰是明末清初從福建傳入的。臺灣主祀關帝的廟宇據統計有192所。泉州通淮關帝廟及東山銅陵關帝廟與臺灣關帝廟結緣最深。
城隍神是我國民間信仰中的城市守護神，大凡在各行政中心，如省城、府城、縣城，官府都建造城隍廟。臺灣最早的城隍廟——臺南城隍廟，是清初鄭成功復臺後修建的。乾隆以來，臺灣城隍廟漸多，部分是由移民集資興建。許多廟宇的城隍神是從安溪、同安、晉江永寧的城隍廟分靈。