身份定位不明引發系列問題
針對小額貸款公司，國家出臺了一系列政策和文件，但這些文件均為部門規章或規範性文件，沒有提升到法律層面，從法律淵源上講，位次比較低。
小額貸款公司正式運營後，大部分試點地區都將監管任務交給縣級人民銀行，小額貸款公司定時向縣級人行報送資料，人民銀行只是承擔著貸款利率和資金投向的簡單監測工作，並參照有關規定對小額貸款公司的違規行為進行處罰。具有宏觀調控職能的中央銀行和銀行業專業監管部門均被排除在金融監管之外，而政府部門作為監管部門，往往缺乏相應的專業人才，因此出現監管盲區。
為避免吸儲帶來的系統性金融風險，人民銀行對小額貸款公司確立了一個鐵的紀律：禁止吸收公眾存款。當前小額貸款公司發展存在的最大問題是後續資金匱乏，主要是由於制度設計帶來的「後遺症」。由於小額貸款公司註冊資本上限不超過2億元，但是中小企業和「三農」經濟的融資需求旺盛，很多小額貸款公司成立兩三個月後就把全部註冊資金都貸出去了。按照人民銀行再貸款的管理辦法，小額貸款公司無法獲得人民銀行的再貸款，國家開發銀行的批發貸款也無緣享受，所以只有增資擴股和商業銀行拆借。增資擴股無非是新增股東或原有股東增資，但受入股人數限制，實際融資效果並不明顯。
監管部門規定小額貸款公司可以從不超過2個銀行業金融機構融入資金，且融入資金餘額不得超過資本淨額的50%。實際操作中存在兩個難題：一是小額貸款公司是工商企業，憑貸款卡從銀行融入的資金，在銀行看來是對一般工商企業的普通貸款，當然要按照人民銀行的基準利率計息；但在小額貸款公司看來是同業「拆入資金」，應該享受同業拆借利率計息，因此二者之間找不到一個共同的利益平衡點。二是，銀行業金融機構對小額貸款公司貸款要求有價值穩定的不動產抵押，而小額貸款公司的主要資產為缺乏流動性的對三農經濟和中小企業的貸款，這些在銀行業金融機構看來屬於「次級貸款」，不能用於抵押融資。
發展前景眾說紛紜
對小額貸款公司的身份定位，目前我國理論界、實踐運作中存在著不同的觀點和視角。
有學者認為，小額貸款公司可朝專業貸款公司的方向發展，即貸款零售公司，在我國是經中國銀監會批准設立，由境內商業銀行或農村合作銀行全額出資的有限責任公司，按照《公司法》設立和運作，擁有規範的法人治理結構，經營貸款發放業務，依據自身條件從正規金融機構批發貸款，專營貸款的「批發」與「零售」，並具有自身的市場定位於目標客戶群的商業化可持續經營的現代公司。
銀監會允許符合條件的小額貸款公司改制設立村鎮銀行，這似乎給困境中的小額貸款公司帶來了一絲希望，從業務上來講，無疑是一大利好。在大部分小額貸款公司看來，若以犧牲公司控股權和經營權為代價而獲得金融牌照是痛苦的，寧肯放棄，因為改制標準和門檻太高。
小額貸款公司最近四個季度末涉農貸款餘額佔全部貸款餘額的比例均不得低於60%的條件，是中國銀監會針對全國情況制定的暫行標準，該標準可能將服務於小企業的小額貸款公司擋在標準之外。浙江省的經濟結構中民營中小企業佔據大半江山，小額貸款公司要達到「涉農貸款餘額佔全部貸款餘額的比例均不得低於60%」幾乎是不可能完成的任務。以溫州市為例，目前小額貸款公司主要集中在商業發達、短期資金需求旺盛的區域，由於當前政策不允許小額貸款公司開設分支機構、跨地區經營，其觸角難以深入到三農經濟，三農貸款所佔的比重少得可憐。
有金融專家建議，小額貸款公司應以民營銀行為方向，貸款公司取得了合法地金融機構的地位，就可以名正言順的吸收存款，解決目前只貸不存帶來的資金緊缺問題。在沿海中小企業尤其是民營經濟發達地區，把小額貸款公司發展轉型為服務於中小企業的民營銀行將是解決中小企業融資難的重要途徑，或許是解決小額貸款公司身份難題的「鑰匙」。
應納入新型農村金融機構範疇
為了支持新型農村金融機構發展，有關部門出臺了多項優惠政策，但是小額貸款公司卻遭遇著「玻璃門」現象：從理論上說它是敞開的，然而中間還隔著一層「玻璃門」。小額貸款公司還不具備「新型農村金融機構」的身份，也就把小額貸款公司排除在優惠政策之外。
筆者建議應通過立法等形式把小額貸款公司納入「新型農村金融機構」範疇，更準確的身份是「新型農村非存款類金融機構」，即小額貸款公司應烙上「金融機構」的印記，但又存在「不能吸收公眾存款」的特性，主要使命是服務於三農經濟和中小企業，其中理由有三點：首先，給予小額貸款公司金融機構的地位，有利於落實監管機構並按金融機構標準實施監管，但由於它不能吸收公眾存款，監管程度可適當放低、監管手段可適當變通；有金融機構的「外衣」，有利於其融資，如同業拆解、從央行獲取再貸款等，以解決後續資金匱乏的問題。第二，不吸收存款有利於防範系統性金融風險。試點的小額貸款公司由於其經營範圍為縣域，「只貸不存」可以減少吸收存款所帶來的各種風險。最後，小額貸款公司的目標客戶群體是三農經濟，而在農村金融市場中已有農業銀行、農業發展銀行、信用合作社及其他從事小額貸款的商業銀行(如郵儲銀行)，如果小額貸款公司變為可以吸收存款的金融機構，必然會朝著商業銀行的方向發展，不僅抽取了縣域的存量，其貼近三農經濟、業務人員熟悉環境等優勢也將隨之消失，最終偏離設立小額貸款公司的初衷。
政府管理部門若能與時俱進把真正服務於三農經濟和中小企業的小額貸款公司定性為「新型農村非存款類金融機構」，並頒發金融許可證，這於國於民都是好事，有利於小額貸款公司的可持續發展。