69-R可視化12-用easylabel輕鬆手動添加標記

Date : [[2021-12-06_Mon]]Tags : #R/index/02 #R/R可視化 #R/R數據科學 #R/R包 #R/偷懶者easylabel (r-project.org)[1]前言

先前我介紹過ggrepel 這個包：[[67-R可視化11-用ggrepel更加美觀的添加標記（火山圖的實現）]]

其實現的文本標記更加美觀，且個性化程度遠遠優於：[[66-R可視化10-自由的在ggplot上添加文本（柱狀圖加計數）]]

那麼我們可不可以直接指哪打哪，連代碼都不用呢？

基於shiny 的easylabel 包或許是你的選擇。

這裡我以火山圖為例。

1-準備工作

加載包、製作假數據：

my_packages<- c("RColorBrewer", "paletteer", "ggplot2",
                "ggpubr", "tidyverse", "ggrepel", "devout",
                "ggforce", "easylabel")
tmp <- sapply(my_packages, function(x) library(x, character.only = T)); rm(tmp, my_packages)

# make fake data
DEG <- data.frame(
  genes = paste0("gene", 1:100),
  fold_change = round(runif(100, -10, 10), 2),
  P_value = runif(100, 0.001, 0.1)
)
DEG$group <-  ifelse((DEG$P_value > 0.05) | (abs(DEG$fold_change) < 2) , "no-Significant",
                     ifelse(DEG$fold_change > 2, "increase", "decrease"))
DEG$group <- factor(DEG$group, levels = c("decrease", "no-Significant", 
                                          "increase"))
sig_DEG <- DEG[!DEG$group %in% "no-Significant",]
2-直接操作easylabel
開始我以為，這個包會像ggthemeassistant 一樣，直接操作繪圖對象p，直接修改代碼，更加方便且個性化。
沒想到，它是需要直接以數據框操作的。
這裡因為以火山圖為例，先使用火山圖繪圖函數easyVolcano ：需要注意這裡的數據框的行名需要是基因名
# 開始之前修改一下數據框
DEG$new_P <- -log10(DEG$P_value)
easylabel(DEG)
rownames(DEG) <- DEG$genes

easyVolcano(DEG, x = "fold_change", 
            y = "P_value",
            fccut = 1, fdrcutoff = 0.05,
            ylim = c(0, 6), xlim = c(-5, 5),
            colScheme = colScheme,
            vline = c(-1, 1))
這裡參數分別表示：
fccut 是fold change 閾值，也是x軸；xlim 同上，超過這兩個邊界的點會被標記為outlier;vline 標記y 軸線段，用於分割結果，類似之前的geom_hline 操作；
接下來我們就可以在shiny 中交互添加了：
在shiny 界面，你還可以對標籤的位置進行個性化設置：
此外，除了在圖上標記，還有一個非常有意思的篩選框，你可以通過輸入基因名的方式標記：
還有一個非常簡單的shiny 數據模塊：
3-導出結果
官方支持多種導出格式：
這裡我嘗試直接pdf：
你們覺得好看嗎？
4-拓展內容
其實不止這一個函數，官方提供了：
等多個例子。
直接參考：easylabel (r-project.org)[2] 官方教程啦。
個人覺得，如果這個包可以直接給出繪圖代碼就好了，或者直接操作ggplot 對象，畢竟我對這種封裝的美觀體驗，還是有要求的，你怎麼知道你的繪圖代碼就能讓我滿意呢？
不過話說回來，這個包的一些繪圖細節，比如火山圖，還蠻值得學習的：
比如這個的小操作，還是蠻對我胃口的：
參考資料[1]
easylabel (r-project.org): https://cran.r-project.org/web/packages/easylabel/vignettes/easylabel.html
[2]
easylabel (r-project.org): https://cran.r-project.org/web/packages/easylabel/vignettes/easylabel.html