任城區：濟寧運河入湖口省級溼地公園、任城翠湖市級溼地公園
兗州區：兗州興隆省級溼地公園
曲阜市：曲阜孔子湖國家溼地公園、崇文湖省級溼地公園、蓼河市級溼地公園
泗水縣：泗河源國家溼地公園、尹城省級溼地公園、青源省級溼地公園、泗水金線河市級溼地公園
鄒城市：太平國家溼地公園、北宿省級溼地公園、香城省級溼地公園、藍陵省級溼地公園、市級溼地公園4處
微山縣：微山湖、昭陽湖、獨山湖與南陽湖共同構成我國北方地區的最大淡水湖泊——南四湖。山東南四湖省級自然保護區地跨微山縣、魚臺縣和我市任城區3個縣（區），是濟寧市唯一的1處「內陸溼地和水域生態系統」類型的自然保護區。2018年山東省南四湖省級自然保護區部分區域獲批「國際重要溼地」。轄區內建有1處國家級溼地公園，1處市級森林公園。2013 年，微山湖國家溼地公園被評為「中國十大魅力溼地」
魚臺縣：魚臺鹿窪、王廟舊城、西支河等市級以上溼地公園共3處
金鄉縣：金水湖國家溼地公園、彭越湖省級溼地公園、金橋市級溼地公園
嘉祥縣：老僧堂省級溼地公園、吉祥湖省級溼地公園、金屯市級溼地公園
汶上縣：汶上蓮花湖省級溼地公園、大汶河省級溼地公園、紅沙河省級溼地公園、南泉河市級溼地公園
梁山縣：梁山泊國家溼地公園（試點）、梁山運河省級溼地公園
濟寧高新區：蓼河省級溼地公園