有機奶粉主要原料是有機鮮牛奶和出自有機農場的其它有機成分，含有豐富的礦物質、維生素等營養素。除此外，值得注意的是，有機奶粉在衝調方式上，與普通奶粉也有所不同。
有機奶粉相對於普通奶粉的優缺點
一、優點：
1、奶源：有機奶粉的最大優勢
有機，在大多數人眼中幾乎等同於「安全天然」，而它的「安全天然」關鍵之處在奶源。有機奶粉的奶牛不能使用激素、抗生素等化學藥劑，牧草也不可使用農藥、化肥、除草劑，簡單概括也就是「無汙染、無添加」。
2、加工過程全程有機
如何在加工過程中體現有機？主要從兩方面，第一是加工環境與設備的要求，第二則是加工工藝。《中華人民共和國有機產品國家標準》中要求，有機食品的生產加工應當配備專用設備，如果必須與常規加工共用設備，在有機產品加工前必須進行徹底清洗，並進行有機原料的衝頂加工。此外在各國的有機產品加工標準中都嚴格規定加工環境必須遠離汙染區，並要求對加工過程進行詳細的記述。
3、有機配料要達95%以上
有機奶粉中所添加的配料質量有著嚴格的要求。有機奶粉中的有機配料必須達到95%以上；但如果少於95%多於75%可註明含有有機成分，如果有機成分少於70%便不算是有機奶粉，以上兩種情況都不可對外稱為有機奶粉。
二、缺點
1、價格較貴
因為生產標準高，有機牛奶的年產量不到普通牛奶的五分之三，彌足珍貴。所以有機奶粉價格比普通嬰幼兒配方奶粉要昂貴。
2、衝調較複雜
必須分兩次衝調，這是有機奶粉衝調與普通嬰幼兒配方奶粉衝調最大的區別。一般來說有兩種方法，您可在嘗試後選擇最適合自己的：
方法一：
1、向奶瓶倒入準確水量；
2、將奶瓶中的水倒出一半到其他容器待用，奶瓶留一半水；
2、向奶瓶加入此次所需全部奶粉；
3、蓋上奶瓶墊，雙手握住奶瓶搓動搖勻奶粉；
4、再將另一半水注入奶瓶，使奶粉充分溶解即可。
方法二：
1、將煮開晾到適宜溫度的水倒入奶瓶；
2、加第一勺奶粉，使奶粉分散溶解到水裡；
3、再加第二勺奶粉，使奶粉分散到水裡，依此類推，直到所需奶粉全部加入奶瓶中；
4、蓋好瓶蓋，再次雙手掌心搓動奶瓶搖勻奶液。
提醒：此時有薄薄掛壁現象屬於正常現象。
衝調有機奶粉時還請注意以下幾點
1、衝奶奶粉的水必須煮沸
衝調奶粉的水必須完全煮沸，可達到消毒的作用，然後再涼置到所需溫度（每個品牌每款產品要求不一樣，所以具體請參照奶粉外包裝建議溫度）。如果水溫過高，會使奶粉中的乳清蛋白產生凝塊，影響消化吸收。另一方面，某些對熱不穩定的維生素將被破壞，特別是奶粉中添加的免疫活性物質會被破壞。相反，如果水溫過低，奶粉會漂浮不溶於水。
2、衝調的水有講究
不要用純淨水或礦泉水衝奶粉。純淨水失去了普通自來水的礦物元素，而礦泉水由於本身礦物質含量比較多，且複雜，會增加寶寶腎臟負擔。目前家庭用自來水都經過了科學的處理，質量符合標準，自來水煮沸後，放涼至50-55度左右，再用來衝奶粉就可以了。
3、請按要求衝標準濃度的奶
衝調的奶粉量及水量必須按說明書上指示衝泡，奶水濃度過濃或過稀，皆會影響寶寶的健康。如果奶粉濃度過高，嬰幼兒飲用後，會使血管壁壓力增加，胃腸消化能力難以負擔，腎臟的排洩能力也難以承受，增加寶寶腎臟負擔。奶粉衝得太稀也不行，長期下去則會導致蛋白質含量不足，同樣也會引起營養不良。
4、未喝完的奶請正確處理
泡好的奶粉在未吃過的情況下，常溫存放不能超過2小時。不要放溫奶器，暖奶器裡的溫度高過常溫的，奶水容易腐敗，若放在冰箱冷藏，則不能超過24小時。若吃過了，有剩的，則應丟棄，不能再吃的。
5、衝調好後的奶不可再次煮沸
衝調好的奶粉不能再煮沸，會使蛋白質、維生素等營養物質的結構發生變化，從而失去原有的營養價值。對寶寶的身體極為不利。