小編今天給大家介紹一款在線繪製基因結構的工具Gene Structure Dispaly Server,簡單好用功能還挺強大。運用它能夠繪製清晰的基因結構,清晰明了地展示外顯子、內含子及UTR的位置。還可以聯合其他數據繪製進化樹-基因結構圖,展現基因結構與系統進化關係。
打開這個工具,它的界面如下:
1.數據輸入類型
繪圖的輸入文件有四種類型的數據可選:
BED :大家可以在基因組GFF文件篩選基因的這些信息,第一列是基因ID,第二列是起始位置,第三列是終止位置,第四列是基因在這個位置是外顯子還是UTR,第四列是注釋信息,第四列可以不要
GenBank Accession Number or GI:可以從GenBank獲得,要注意的是你輸入的Accession Number or GI必須包含有mRNA序列
GTF/GFF3:基因注釋文件(包含基因的結構信息,具體信息可以自行百度,有詳細解釋),可以在資料庫中下載基因組的GFF文件,篩選出你的基因注釋信息
Sequence (FASTA):第一個框裡存放基因的CDS序列,第二個框裡存放基因的完整序列,可以在NCBI資料庫下載,或者在基因組數據中搜索需要ID的序列
小編這裡推薦BED格式數據,數據格式簡單,可以在基因組GFF文件篩選基因的這些信息 ,可以看我們以前文章(如何下下載一個基因組)下載基因組GFF文件
2.繪圖及圖片的修改和保存
選中一個數據類型,點擊Example,就會顯示一個該類型數據的例子,可以將自己的數據直接複製粘貼到下圖框裡,或者直接選擇存放數據的文件導入數據。
數據輸入後點擊右下角的Submit就會跳轉到結果頁面。如果想保存這張圖片,右下角有三種圖片保存類型。選中你想要保存的圖片格式,例如你想保存圖片為PNG格式,單擊PNG就會彈出一個圖片界面。
下圖為彈出的圖片頁面,右鍵網頁另存為就會彈出一個框,輸入圖片名字點擊保存就可以了。
如果你覺得網站的顏色不好看,你可以改變這些位點的顏色,例如想修改代表 CDS的形狀的顏色,點擊左下方Color後面的黃色的框,就會彈出一個選顏色的界面,在Solid Color界面選取顏色,點擊OK就會又回到結果的界面,再點擊圖片左下方的Redraw,所有代表CDS的形狀就會變成你選擇的顏色。
下圖為修改顏色後的圖片:
3.添加其他信息繪圖
基礎功能就講完了,說好的功能強大呢!不要慌,下面給大家介紹兩個延伸功能。第一是能將進化樹跟基因結構結合在一起,第二除了進化樹和基因結構還能添加基因的其他結構信息例如motif或者是domain。
首先我們將進化樹跟基因結構結合在一起,先導入基因結構數據文件,點擊下圖綠色數據框所在的位置,就會延伸出一個輸入數據界面,輸入構建進化樹時生成的nwk文件(注意:進化樹文件中的ID必須要與基因結構數據裡的ID一致),點擊Submit就能生成圖片,圖片的保存與修改參照上面方法。
如果你還想在圖片裡顯示基因的其他信息例如motif或者是domain,點開Other Features,輸入數據,第一列是ID,第二三列分別是這個位點的起始、結束,第三列是這個位點的名稱,例如motif1或者domain的名稱,點擊Submit繪圖。
大功告成,又是一張好看實用的圖片。
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