香港中文大學位於香港特別行政區，清華大學位於首都北京市，兩地都是中國領土，所以說兩所學校都是國內高校。兩所學校教研主體方向，各有千秋，略有差異，清華大學更偏向理工科發展，雖然他在試圖加強人文社科方面的教研，但成績並不顯著；香港中文大學則略偏向人文社科方向，但是大工科範圍內也有一定優勢學科。
香港中文大學，是1963年由新亞書院、崇基學院及聯合書院合併組建而成。它的成立有兩方面原因，一方面是當時的幾家學院整體實力不夠，很難更上一層樓，為了提升整體實力，必須合併；另一方面是由當時香港人的獨立意識決定的。香港中文大學成立打破了大英帝國殖民地只能有一所大學的規矩，同時使用中文教學，結束了英文在香港教育的壟斷地位。
香港中文大學，在建立過程中和辦學過程中，有其先進的一面，也有其獨立意識的一面，所以也獲得了海內外眾多華人大家支持，學校發展速度也非常快。它主要在傳媒、金融、社會學、人文學、教育學、醫學、哲學、法學、心理學、神學方面比較突出，理工方面主要是數學、電子、計算機、工程技術上比較突出。但是整體依舊是偏人文社科方向。
香港中文大學綜合實力方面要略屬於清華大學，尤其是近些年更是如此。一方面清華大學在論文和成果方面，要比香港中文大學更多一些，而且優質生源方面也要更多一些；另一方面清華大學近些年的政策扶植力度和資金項目引進力度，要遠遠高於國內任何一所高校，當然也包括香港中文大學，這才使得兩所學校的實力差距逐漸拉開。