R: upset集合圖

2021-12-28 EasyGene

引言

venn圖可以分析不同數據集的交集，另外使用R語言UpSet函數包upset函數繪製集合圖可以更清晰的展示多個數據集的交集情況。

下載，加載包

install.packages("UpSetR")library(UpSetR)
輸入數據
input = list(    set1 = paste(rep("word_" , 10) , sample(c(1:100) , 10 , replace=F) , sep=""),    set2 = paste(rep("word_" , 20) , sample(c(1:100) , 20 , replace=F) , sep=""),    set3 = paste(rep("word_" , 10) , sample(c(1:100) , 10 , replace=F) , sep=""),    set4 = paste(rep("word_" , 40) , sample(c(1:100) , 40 , replace=F) , sep=""),    set5 = paste(rep("word_" , 50) , sample(c(1:100) , 50 , replace=F) , sep=""))
集合圖-基礎
修改排序、坐標系、標籤等參數
upset(fromList(input),       order.by = "freq",  # 主坐標系排序      number.angles = 0,  # 柱標傾角      point.size = 3,  # 點大小      line.size = 1,  # 線粗細      mainbar.y.label = "Count of Intersection",  # y 標題      sets.x.label = "Datasets Size",  # x 標題      text.scale = c(1.5, 1, 1.5, 1, 1, 1),      # y 標題 大小      # y 刻度標籤 大小      # dataset size 標題 大小      # dataset size 刻度標籤 大小      # dataset size 分類標籤 大小      # 柱數字 大小     )
按數據集排序
upset(fromList(input),       order.by = "freq",  # 主坐標系排序      number.angles = 0,  # 柱標傾角      point.size = 3,  # 點大小      line.size = 1,  # 線粗細      mainbar.y.label = "Count of Intersection",  # y 標題      sets.x.label = "Datasets Size",  # x 標題      text.scale = c(1.5, 1, 1.5, 1, 1, 1),      # y 標題 大小      # y 刻度標籤 大小      # dataset size 標題 大小      # dataset size 刻度標籤 大小      # dataset size 分類標籤 大小      # 柱數字 大小      group.by = "sets",  # 按dataset排序     )
指定交集上色
upset(fromList(input),       order.by = "freq",  # 主坐標系排序      number.angles = 0,  # 柱標傾角      point.size = 3,  # 點大小      line.size = 1,  # 線粗細      mainbar.y.label = "Count of Intersection",  # y 標題      sets.x.label = "Datasets Size",  # x 標題      text.scale = c(1.5, 1, 1.5, 1, 1, 1),      # y 標題 大小      # y 刻度標籤 大小      # dataset size 標題 大小      # dataset size 刻度標籤 大小      # dataset size 分類標籤 大小      # 柱數字 大小      group.by = "sets",  # 按dataset排序      queries = list(          list(query=intersects, params=list("set4", "set5"), color="red", active=T),          list(query=intersects, params=list("set2", "set5"), color="blue", active=T))      # active T 柱染色 F 柱上標記     )
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