11月29日，日本全國新增新冠病毒感染者2066人，死亡16人。死亡的16人中，大阪府6人、北海道為5人、巖手縣2人、神奈川縣與愛知縣、衝繩縣各為1人。
雖然東京都確診的感染人數比28日少，為418人，但是卻是迄今為止星期天確診的人數第一次超過400人。一般情況下，東京都周六周日由於部分檢測機構放假，確診感染的人數會比平時少。
日本厚生勞動省的統計稱，29日，全國重症感染者增加了22人，達到462人，創下了迄今為止的最多記錄。重症感染者治療所需的重症監護室（ICU）的使用率已接近臨界狀態，醫療機構的危機感步步增加。
到29日為止，日本國內的感染者人數達到14萬7568人，加上「鑽石公主號」郵輪上的感染者712人，日本感染者總數累計已經達到14萬8280人。治癒出院者為12萬1891人，「鑽石公主」號659人，共計12萬2550人。29日各地宣布16名感染者死亡，國內感染者死亡人數2126人，加之「鑽石公主號」的13人，合計達到2139人。
雖然疫情越來越嚴重，但是瑞士的民間機構「世界經濟論壇」（WEF）以15個主要國家的1萬8000人為對象，實施的一項民意調查稱，日本國民中，表示願意接受新冠病毒疫苗注射的比例只有69%，有三分之一的人表示拒絕接受疫苗注射。而在中國和印度國民中，表示願意接受新冠病毒疫苗注射的比例超過了90%，顯示出比日本更為積極的姿態。
日本政府已經與英國和美國的醫藥公司籤約，將從明年1月開始進口英美公司研發的新冠病毒疫苗，提供給全體國民免費注射。
東京都小池知事宣布，新確診418名感染者，年齡從不滿10歲-90幾歲之間。東京都的消息稱，29日的感染者中沒有設施內的集團感染，均為分散各地的感染者。感染者中不滿10歲的兒童10名、10-30幾歲年輕人202名、40-50幾歲壯年人131名、60-90幾歲高齡感染者75名。
感染者中173名與被確診者有密切接觸，245名感染途徑不明。173名密切接觸感染者中，家庭內感染者83名，職場內感染者30名，設施內感染者26名，聚餐時被感染者9名。在家庭內感染者中，出現了5例一家四口人被確診的案例。
截至11月29日，東京都感染者住院人數為1580名，其中67名是重症感染者。在自家療養感染者834名，在指定酒店療養無症狀或輕症感染者734名，等待調整住院/療養的感染者951名。11月29日現在，東京都內醫療機構確保2490張一般感染者病床，150張重症感染者病床。東京都感染者總數達到4萬628人，治癒出院者和療養治癒者人數為3萬6041人。
大阪府宣布，新增381名感染者，其中241名感染途徑不明。大阪府的官網信息顯示，11月29日的檢測數量為2714件，陽性率為14.1 %。11月29日的住院人數為793名，其中110名是重症感染者，在家療養的感染者1495名，在指定酒店療養的感染者634名，等待調整住院/療養的感染者1056名。
枚方市一家養老院新發生了集團感染，確診了8名感染者。吹田市發生了集團感染的殘障人設施和養老院分別新增5名和7名感染者，感染總人數分別達到10名、17名。
北海道宣布，新增192名感染者，其中札幌市116名、旭川市26名、小樽市2名、函館市1名，其他地區新確診47名感染者。旭川市的集團感染仍在擴大，吉田醫院新確診12名感染者（9名患者、2名看護人員、1名護士），集團感染人數達到150名。旭川厚生醫院新確診9名感染者（7名患者、2名護士），其集團感染人數達到129名。
北海道南西部的離島——奧尻島奧尻町新確診9名感染者，其中包括町政職員和1名男性自衛官。奧尻島的感染總人數為18名。由於島上只有一所醫院，沒有病床接受新感染者，因此，新確診的9名感染者均被送往奧尻島外的醫院治療。
神奈川縣宣布，新增151名感染者，其中67名感染途徑不明。橫濱市新確診81名感染者，保育設施的1名職員被確診，該保育設施的感染人數達到14名。市內一家養老院新確診13名感染者，被認定發生了集團感染。大和市新發生了兩起集團感染，截止28日，一家養老院確診了6名感染者，「綠野康復醫院」確診了11名感染者。
相模原市新確診11名感染者，中央區一所特別看護養老院新發生了集團感染，其1名職員和3名入住者被確診。相模原南警察署的1名警察被確診，該警察署的感染人數上升到11名。此外，京濱急行大巴衣笠營業所確診了6名感染者。
千葉縣宣布，新確診從不滿10歲-80幾歲的75名感染者。佐倉市山王的「櫻花敬愛幼兒園」的60-70幾歲3名職員被確診，此前確診了2名職員，該幼兒園被認定發生了集團感染。柏市的消息稱，「核桃兒童園」的1名20幾歲女性職員被確診，幼兒園的感染人數上升到10名。
埼玉縣宣布，新增139名感染者，其中埼玉市10名、川口市8名、川越市6名、越谷市2名，其他地區新確診113名感染者。截止29日，深谷市一家養老院AKATSUKI新確診了11名感染者，包括6名職員和5名感染者。
埼玉縣教育局的消息稱，縣立上尾鷹之臺高中的1名學生被確診，縣西部和東部的縣立高中的在校生和教員計3名被確診。
靜岡縣宣布，新增66名感染者。29日靜岡縣內新發生了四起集團感染。伊東市內的一個酒吧確診了7名感染者，據悉，酒吧內設有卡拉OK設備。富士市內一個工廠確診了6名感染者。消息稱，由於該工廠內噪音大，員工之間講話時時常摘掉口罩。富士市內一個大約20人規模的讀書會中確診了13名感染者，其他均為陰性。富士市內一個營業所參加會議的5名職員被確診為陽性。
茨城縣宣布，新增31名感染者。從地區分布看，筑波市6名，土浦市、取手市、阿見町各4名，古河市3名，筑波未來市2名等。筑波市立中學的1名50幾歲女性教員被確診，該校11月30日和12月1日臨時放假，並針歲學生和教員中30名密切接觸者實施檢測。土浦市櫻町針對繁華街夜店實行集中檢測，28日檢查結束，接受檢測的1005人中26名為陽性。
愛知縣宣布，新確診155名男女感染者，其中77名是名古屋市的感染者。29日時分，名古屋市的總確診人數為5260名，住院感染者人數為150名，其中17名是重症。在自家療養者595名，在指定酒店療養者77名，等待調整住院/療養者87名，治癒出院者人數為4284名。
岐阜縣宣布，新增21名感染者。岐阜市內一家醫院同一樓層的60-90幾歲5名男性住院患者被確診，這是岐阜縣內醫療機構發生的首例集團感染。岐阜市專門學校ToBuCo的集團感染中新確診1名20幾歲外國籍男性學生，目前集團感染人數為8名，均為外國籍學生。
京都府宣布，新確診從不滿10歲-70幾歲17名男女感染者，其中3名感染途徑不明。京都市新確診7名感染者，包括1名女子高中生。
兵庫縣宣布，新增111名感染者。兵庫縣新發生了兩起集團感染。截止29日，姬路市一家養老院的職員和入住者共10人被確診。神戶市向陽醫院的住院和住院患者共6人被確診感染。
廣島縣宣布，新增25名感染者，其中廣島市新確診10-50幾歲12名感染者。福山市的4名感染者中，2名與一家公司的聚餐集團感染有關，感染人數達到7名。
福岡縣宣布，新增43名感染者。福岡新水巻醫院的集團感染中新確診1名20幾歲女護士，該院的感染人數達到25名。截止29日，阿蘇YAMANAMI醫院確診了10名感染者。鹿兒島市新確診30-80幾歲4名女性感染者。
衝繩縣宣布，新增47名感染者。最近一周（21～27日）10萬人口中平均感染人數為16.82人，居全國第四位。第一位北海道為30.27人，第二位大阪府為27.47人，第三位東京都為20.61人。
其他地區的新增感染者還包括：巖手縣8名、山形縣11名、宮城縣7名、福島縣3名、新瀉縣2名、群馬縣18名、栃木縣15名、富山縣1名、石川縣4名、長野縣12名、滋賀縣3名、奈良縣17名、三重縣18名、和歌山縣10名、岡山縣9名、山口縣3名、香川縣1名、愛媛縣7名、高知縣1名、大分縣7名、宮崎縣7名、長崎縣2名、熊本縣8名、鹿兒島縣5名感染者。
厚生勞動省的消息，飛抵日本的15名男女乘客在機場檢疫所被確診。機場檢疫所的確診人數達到1514人。
厚生勞動省稱，到11月29日全國處於重症狀態的患者為462人。
北海道宣布，5名感染者死亡，包括1名40幾歲女性感染者。北海道的感染者死亡人數達到189名。
巖手縣宣布，2名感染者死亡。巖手縣的感染者死亡人數計3名。
神奈川縣宣布，1名80幾歲女性感染者死亡。神奈川縣的感染者死亡人數達到195名。
大阪府宣布，70-90幾歲6名感染者死亡。大阪府的感染者死亡人數達到316名。
愛知縣宣布，1名在自家療養中的高齡感染者死亡。愛知縣的感染者死亡人數達到116名。
衝繩縣宣布，1名感染者死亡。衝繩縣的感染者死亡人數達到69名。
日本各地的感染者人數如下：
日東京都4萬628人
大阪府2萬11人
神奈川縣1萬2477人
愛知縣1萬17人
北海道8718人
埼玉縣8358人
千葉縣6924人
福岡縣5801人
兵庫縣5570人
衝繩縣4294人
京都府2663人
靜岡縣1626人
茨城縣1539人
宮城縣1202人
群馬縣1195人
奈良縣1098人
岐阜縣1055人
熊本縣1018人
石川縣850人
廣島縣846人
三重縣844人
滋賀縣780人
長野縣703人
栃木縣634人
鹿兒島縣628人
岡山縣592人
福島縣499人
宮崎縣490人
富山縣459人
和歌山縣466人
山口縣384人
山梨縣338人
新瀉縣331人
福井縣314人
愛媛縣311人
佐賀縣307人
青森縣287人
大分縣280人
長崎縣271人
巖手縣191人
德島縣181人
高知縣150人
島根縣146人
香川縣144人
山形縣133人
秋田縣90人
鳥取縣58人
厚生勞動省宣布，乘包機從武漢回國的日本人、日本政府官員以及檢疫官的感染人數為173名。
11月26日全國單日PCR檢測數量為3萬7177件。
註：各地統計感染人數時，有時出現同一感染者重複統計的情況。每日地區發生調整的統計人數恕不一一列舉，上表為當日調整後的感染人數。
厚生勞動省宣布，乘包機從武漢回國的日本人、日本政府官員以及檢疫官的感染人數為173名。