其實在上賽季初，俱樂部在被北體大完成收購之後，就曾被曝出過不少負面傳聞。
去年3月底，中甲聯賽前三輪比賽戰罷，北體大隻取得一平兩負的平庸戰績，而且一球未進。在此期間，球隊內部便傳出了球員和員工被欠薪的消息。據悉，由於俱樂部在完成收購後只得到了第一筆的基礎運營款項，後續承諾的增資擴股資金等一直還沒有到位，導致一線隊、預備隊及梯隊的食宿、訓練基地等開銷都沒有得到穩定的保障，而出現了拖欠工資的情況。
儘管在被媒體曝光之後，球隊的資金情況在後來已經順利得到了解決，但是沒過多久，北體大又迎來了麻煩。他們在5月中旬，又被4名日本教練上告至中國足協，投訴俱樂部欠薪並且無故收到停止工作的通知。
原來，轉讓前的北控俱樂部為了提高梯隊的競技水平，曾在2018年與在中國有過主教練經歷的前日本國家隊主帥岡田武史取得了聯繫，讓他推薦一些優秀的青訓教練來隊中執教，然後在經過考察之後正式與4名日本教練籤訂了工作合同。
去年2月底，4名日本教練正式加入到了主要股權已經轉讓給了北體大的新俱樂部，分別擔任各級別梯隊的主教練，報名了參加2019年底的青超聯賽，並且開始負責各梯隊的日常訓練和比賽指揮工作。可是工作兩個多月後，他們卻沒有拿到任何薪水，當他們與北體大進行溝通的時候，反而被告知此前籤訂的合同無效，還收到了俱樂部讓他們停止工作的通知。
直到中國足協的介入，並且表示如果欠薪問題鬧到國際足聯，將按照相關規定進行扣分或取消資格等嚴格處罰後，問題才得以被最終解決。
經過眾多負面新聞之後，下半賽季的時候，北體大終於能夠靜下心來，專心應付中甲聯賽的賽事。在高洪波和宿茂臻兩人的帶領之下，最終以13勝7平10負積46分的戰績，位列積分榜的第八位結束聯賽徵程。
不過，就當人們開始展望新賽季，球隊也在昆明正式拉開冬訓備戰序幕的時候，北體大俱樂部卻又被呂徵的妻子再一次曝出醜聞，她轉發了俱樂部的兩條微博，並激烈控訴俱樂部欠薪、扼殺球員出場的行為，對球隊管理層與教練表達強烈不滿。
在中國足協規定的各支職業隊上報《2019年工資獎金確認表》時，上賽季效力北體大的三名球員呂徵、聶濤和梁學銘都未完成籤署。不過北體大俱樂部在附件的情況說明中說明了俱樂部有三人的工資、獎金發放的銀行流水作證，不存在拖欠行為，還將保留「追究相關責任的權利」。
也許我們暫時無法辨別事情的真假，但這也或許能夠反應出北體大俱樂部內部的一些管理狀況。伴隨著中國足壇在2019年年底的欠薪大潮，一名北體大的球員年初在昆明集訓的時候私下承認，他說自己已經被欠薪三個月了，狀況很困難，在一定程度上也印證了消息。
雖然儘管外界的傳聞不斷，但北體大俱樂部的新賽季備戰集訓並沒有太多影響。5月7日，北體大全體將士終於結束了自昆明海埂基地集訓後，因為春節和新冠疫情而造成的長時間休假。他們已經重新集合併乘坐大巴前往秦皇島進行訓練，多名新援也出現在了球隊的名單中。
上賽季中途因時任主帥高洪波離隊出任足協副主席而成為球隊執行教練和臨時教練的宿茂臻，已經確定將會留任繼續帶隊徵戰。
在休賽期間，北體大的陣容發生了很大變化。球隊上賽季球隊的頭號射手、中乙銀靴得主戈武在與合同到期後沒有續約，已經宣布轉投土超聯賽；鄧卓翔正在家鄉球隊武漢三鎮試訓；王建文與中超升班馬青島黃海也基本達成轉會協議。而上賽季以租借身份來到北體大的球員，也都已經結束合約返回原俱樂部。
新賽季，北京北體大基本上還會繼續堅持以老帶新的理念。在球員引援方面，他們已經選擇了一些具備豐富經驗的老將和優秀潛質的年輕球員加盟。曾在2016-2018賽季在隊中效力的32歲卜鑫重新回歸，他在廣東華南虎宣布解散後選擇了回到老東家。之前效力申鑫，曾是中國球員登陸歐聯杯第一人的柳超也接近敲定。另外，還有一批有潛力的年輕球員也基本確定會在新賽季以租借身份來到球隊鍛鍊，其中包括了申花的兩位小將孫沁涵和徐皓陽，國安預備隊的周新成、張冉以及廣州恆大的23歲中場球員彭俊賢。
即便外界對於北體大以及其關聯俱樂部的質疑一直很多，而且球隊內部也有不同的聲音傳出，但至少有一點可以確定的是，這支背景強大的隊伍還將會繼續出現2020賽季中甲聯賽的舞臺上。