豐臣秀吉發跡後，他的親戚、同鄉和舊識們紛紛前來投靠，秀吉在其中挑選了包含加藤清正在內的一批幼童交予寧寧撫養長大，因為加藤清正和豐臣秀吉都出生在尾張，他們的母親乃是同族，所以加藤清正對秀吉夫婦視如真正父母。成年後的加藤清正為報答秀吉，遇陣必身先士卒，斬將奪旗，從而立下赫赫戰功。秀吉平定了天下以後，將肥後一國平分兩半給了加藤清正和小西行長。
豐臣秀吉考慮到肥後以後要作為侵略朝鮮的重要集結基地與兵站，授命加藤清正於1592年建造了名護屋城，據說只用短短5個月的時間就完成了主要部分的修建，侵朝軍團的兩次出徵均由名護屋城渡海出發。
1597年，豐臣秀吉不滿明王朝賜予的「日本國王」頭銜，派兵第二次出徵朝鮮。經過激烈的攻防以後，加藤清正部退守蔚山一帶，建造蔚山倭城以作為據點。楊鎬、麻貴率領明軍四萬四千人，權慄率朝鮮軍一萬一千五百人攻打蔚山倭城。時值寒冬，兼逢大雨，明軍攻城未果，損兵三四千，聯軍改為圍城策略。加藤清正飢餓交加地被困守孤城十天十夜，就在加藤快要撐不住的時候，毛利秀元和黑田長政的援軍來到了，楊鎬害怕被反包圍率先遁逃，其餘的部隊也跟著逃走了，加藤清正依靠自己的建築造詣逃過了一劫。
歸國後為了和石田三成、小西行長對抗，加藤清正搭上了德川家康這艘大船，間接為家康奪權提供了助力。關原之戰後的加藤清正就任從五位上、侍從肥後守，成為肥後五十二萬石的大名。1599年開始建築熊本城做為自己的居城，熊本城位於隈本東南的丘陵地帶，橫跨坪井川，而肥後的白川和井芹川則成為了熊本城的天然屏障。加藤清正將隈本城及千葉城都囊括在熊本城內，形成了周長5.3公裡的大城，前前後後總共花費了數年時間方才建成。
此外，加藤清正又幫助幕府修築了江戶城和名古屋城。加藤清正不光會修城，他還在自己的領地內大興水利，治理了肥後北部長年為患的菊池川大河，此舉不僅解決了了河水泛濫的問題，還給自己帶來了大片的良田。肥後境內的水利工程有一個最大的優點就是堅固、耐用，有相當數量的水利設施在經歷了四百年的時間衝刷後，今天依然為當地的百姓所利用。