長期以來，院士群體以傑出的科技成就、模範操守和實際貢獻，受到黨和人民的高度評價，贏得全社會的廣泛尊重。在國家大力實施科教興國戰略、人才強國戰略和可持續發展戰略的今天，在尊重勞動、尊重知識、尊重人才、尊重創造的氛圍日益濃厚的形勢下，各單位乃至全社會都十分重視發揮院士的作用，給予院士更高的期望和要求，這也意味著院士稱號既是榮譽，更是責任，絕不能把院士稱號異化為權力、地位、身份和利益的象徵，更不能變為院士所在單位或部門用以獲得更多部門利益的資源。
社會上十分關注院士增選工作的公平公正。自1991年院士增選工作制度化以來，已經進行了8次院士增選，每次都強調堅持公平、公正、公開的原則，強調發揚嚴肅、嚴格、嚴謹的作風，強調要堅決抵制一些社會上不正之風和不必要的幹擾，強調要使得院士增選結果能經得起社會、歷史和實踐的檢驗。今年的院士增選，中科院還是和過去歷次增選一樣，繼續堅持這些好傳統好做法。院士增選的規章制度、程序要求都是公開的，有效候選人和初步候選人名單是要向全社會公布的，有效候選人的相關材料都是要進行公示的，全部過程接受社會公眾的監督。
《中國科學院院士章程》對院士的標準和條件規定為：在科學技術領域做出系統的、創造性的成就和重大貢獻，熱愛祖國，學風正派，具有中國國籍的研究員、教授或同等職稱的學者、專家，可被推薦並當選為中國科學院院士。院士和各歸口初選部門將準確把握這個標準和條件，嚴格進行推薦和評審。和往年歷次增選一樣，院士增選要有助於優化院士隊伍的學科和年齡結構，保持學部的學術活力，故此也希望院士們和各歸口初選部門能更加關注在科學技術領域作出系統的、創造性的成就和重大貢獻、學風正派的優秀中青年人才，更加關注交叉學科領域和在工程、臨床等一線工作、業績突出的優秀人才，還要更加關注考察候選人的實質性的科技成就和貢獻。
中國科學院學部要強調院士增選實行的是「推薦制」而不是「申報制」，這涉及到對「院士」稱號的認知問題，「院士」稱號是對院士本人取得的科技成就和實際貢獻的一種認可，是一種學術性榮譽稱號，不是一級職務或職稱，因此，國際上主要國家的院士制度都實行「推薦制」，而不是「申報制」。現在，許多人一說起院士增選，就說「申報院士」，這是一種誤解。《中國科學院院士章程》第六條規定，院士候選人通過兩種途徑推薦，也就是院士直接推薦和部門按照組織系統推薦，不受理本人申請。這就是說，在院士增選過程中，院士和部門在推薦中是主動的，被推薦的候選人應當是被動的。把握好這一點，對院士增選工作十分重要，這樣才能更好地理解有關增選工作規章制度的邏輯性，才能有效地避免對院士增選工作的一些不必要的幹擾和越位。
院士增選過程包括推薦候選人(分院士直接推薦和歸口初選部門按照組織系統推薦兩種途徑)、通訊評審、公示、會議評審、選舉等環節。這在《中國科學院院士增選實施細則》中有十分明確的規定，有十分嚴格的要求。在2006年中科院舉辦的以「21世紀的科學院」為主題的學部工作國際研討會上，與會的其他國家科學院的領導和代表對我國院士增選工作的嚴格和規範表示高度認同。
《中國科學院院士章程》和《中國科學院院士增選工作實施細則》等有關規章制度，已經經過多次修訂，總體上講，院士增選工作越來越規範和嚴格，2009年院士增選有關規章制度沒有大的變化，只是為了更加規範，作了一些小的修訂，主要有：要求歸口初選部門的初選委員會要進行會議評審；明確在審核被推薦人的院士候選人資格時，要將兩院院士有效候選人年份合併連續計算，即「凡已連續3次被推薦為中國科學院和被提名為中國工程院的有效候選人，停止1次院士候選人資格」；另外，對《院士候選人推薦書被推薦人附件材料》填寫的有關要求也有少量修改，主要是想引導各部門推薦院士時進一步客觀公正地反映候選人的實質性科技成就和貢獻，而不是簡單地關注獲獎次數、等級和文章數目。
院士是國家設立的科學技術方面的終身榮譽稱號，其內涵是十分清楚的。能夠當選為一個國家的科學院院士，的確對科學家本人來講是一種崇高的榮譽。但是，當選為院士，只是對院士本人以往科研工作獲得成就和實際貢獻的一種認可，並不表明當選以後就變成是「學術權威」，其實科學是不承認有所謂的「權威」的，最高學術稱號與最高學術水平並不能直接簡單地劃等號。希望社會各界在舉辦有院士參加的活動中，以一個平和的心態對待院士稱號，把院士看作是廣大科技工作者中的普通一員。廣大院士也應當更加嚴格地要求自己，為社會作出表率。
當前，國際金融危機仍在繼續擴散和蔓延，世界經濟增長明顯放緩，對我國經濟發展的影響也逐步顯現。我們認為，這次來勢迅猛的金融海嘯引發的世界性經濟危機，給我們許多重要的警示，也進一步凸顯了貫徹落實科學發展觀的現實性和緊迫性，進一步凸顯了自主創新在經濟社會發展中的重要地位和作用。
中央根據形勢發展變化，作出實施積極的財政政策和適度寬鬆的貨幣政策的決策，要求在2009年要牢牢堅持發展是硬道理的戰略思想，把保持經濟平穩較快發展作為經濟工作的首要任務，著力在保增長上下功夫，把保增長、擴內需、調結構更好地結合起來，推動經濟又好又快發展。落實中央的一系列重大決策和部署，克服和應對當前的困難和挑戰，學部將切實根據自己的定位，努力發揮自己的社會功能和積極作用。
一方面，學部將進一步團結和動員廣大院士，堅持胡錦濤總書記在2008年兩院院士大會上強調的「科技為經濟社會發展服務、為人民服務」的正確方向，面向現代化建設、面向廣大人民需求，把經濟發展、社會進步、民生改善、國家安全中亟待科技提供支撐的領域作為重點，把科技進步和創新與提高人民生活水平和質量、提高人民科學文化素質和健康素質緊密結合起來，著力提升自主創新能力，集中力量在解決制約經濟社會發展的重大科技問題、關係國民經濟命脈和國家安全的關鍵領域取得突破，努力掌握關鍵技術和共性技術、解決重大公益性科技問題，為加快發展方式轉變、推進經濟結構戰略性調整提供科技支撐。
另一方面，學部是國家在科學技術方面的最高諮詢機構。當前國際經濟形勢複雜多變，對各國政府分析判斷形勢，制定和調整政策增加了新的難度。越是在困難和複雜的情況下，越是彰顯科學民主決策的重要性。學部將更加積極主動地參與決策諮詢，努力發揮科學思想庫作用，科學分析世界經濟危機對我國全面參與經濟全球化的挑戰和機遇，認真研究經濟發展方式轉變和經濟結構戰略性調整的有效途徑，加強能源、水資源、環境保護、全球氣候變化等問題諮詢和戰略研究，部署和深化在信息技術、新材料技術、生物技術、空天技術、海洋技術以及基礎科學、前沿技術研究特別是交叉學科等若干重要領域面向未來50年的發展路線圖研究，更加關注工農業生產急需解決的重大科學技術問題，更加關注關係民生的食品、衛生、公共健康等重大問題，切實為解決經濟社會發展中的戰略問題提供諮詢建議，為國家宏觀決策提供科學依據。