IT+BT技術解碼生命奧秘,陳實富博士探索精準醫學

2021-02-13 鉅弘文化


SIATER說--SIATER創業篇

 

編者按

  【欄目簡介】  「SIATER說」是SIATER們共同耕耘的精神園地,分設「科研篇」、「教育篇」、「創業篇」、「科普篇」等多個維度,全方位展示院友的科技見解、精神生活以及人生旅途中的思考。在這裡,也歡迎在各條戰線上努力奮鬥的中科院深圳先進院的院友們,前來分享各自的經歷與感悟,共同為粵港澳大灣區的建設提供智力支持。歡迎大家提供線索,共同傳播。

2010年,在獲得中科院計算技術研究所和深圳先進技術研究院聯合培養的計算機碩士學位後,陳實富開始到NVIDIA(英偉達)公司工作。NVIDIA是全球AI和GPU領袖企業,在此之前,陳實富曾獲得NVIDIA舉辦的全國GPU編程競賽一等獎。2014年,他與同學許明炎、方文和溫媛幾個高中同班同學一道,聯合創辦了深圳市海普洛斯生物科技有限公司。

當問及為何會放棄外企優渥的待遇,而選擇創業這條充滿艱險和挑戰的人生道路呢,陳實富答道:「我想離生命科技更近一點,單純的IT技術雖然可以帶來很好的收入,但是離我個人為生命而創新的夢想有一點遠。所以,在我看到了IT與BT融合的巨大前景時,我果斷選擇了接受新的挑戰,那就是使用最先進的IT技術,去解決生物探索和精準醫學中的前沿問題。」

 

    

2007年初,陳實富考取了中科院計算所和先進院聯合培養的碩士,並在2007年4月就到深圳先進院開始實習,那時先進院的辦公地點還是在蛇口醫療器械產業園。2009年,陳實富在解放軍總醫院實習了一年,主要研究醫學信息技術。在研究生期間,他用GPU計算給一些醫學影像分析算法加速了15倍以上。

GPU最初是給顯卡做圖形計算的微處理器,主要用於圖形計算渲染,用GPU編程是一項很難的工作。發明GPU的企業NVIDIA於2009年舉辦了全國GPU編程大賽,陳實富一舉奪得了大賽一等獎,後面也因此加入了英偉達。陳實富說:「英偉達真是一家非常優秀的企業,不但待遇極好,而且很人性化。在這裡我遇到不少極為優秀的同事,他們都是極客之類的技術高手。」

陳實富博士

雖然在NVIDIA的工作看起來很不錯,但他還是覺得離自己最初的人生目標有些遠。「我想用技術去觸及生命中最柔軟的部分。」他說道。他經常與在美國的高中同學許明炎在線交流,感受到了基因測序和生命科學巨大的吸引力。而更讓他感到興奮的是,生命科學行業已經迎來了數據爆炸的時代,對基因大數據的分析解讀越來越重要,而這依賴的,恰恰是他最為擅長的算法設計和分析技術。而他的同學許明炎,在美國新墨西哥大學取得生物醫學博士學位,是基因測序技術的專家。兩人方向互補,一拍即合,開始謀劃共同創業。

2013年,陳實富重新回到深圳先進院攻讀博士,導師是年輕的海歸辜嘉博士。次年7月,許明炎夫婦回國,幾個志同道合的同學,便於8月於深圳創立了海普洛斯。

 

    

2014年8月,深圳市海普洛斯生物科技有限公司宣告成立,選址於深圳超算中心100多平方米的小場地,許明炎為執行長,他為首席技術官。當年12月,海普洛斯便獲得磐谷創投給與的1000萬天使投資,讓他們可以開始研發自己的基因檢測和分析專利技術。

2015年2月,美國時任總統歐巴馬提出精準醫療,而且,液體活檢技術被《MIT Technology Review》雜誌評為「2015年十大突破技術」。一時間,國內處處都在談精準醫療和液體活檢,投資界也開始火熱。

2015年7月,海普洛斯攜手深圳市人民醫院聯合啟動「萬人癌症基因測序計劃」。發起該計劃的目的有二,其一旨在實現10000人的癌症早期篩查、預後監測及個體化用藥指導;其二為建立中國首個大型癌症基因資料庫,為實現精準醫療奠定基礎。

陳實富擔任海普洛斯首席技術官。

陳實富透露:「這個萬人計劃我們早幾年就實現了,現在,我們制訂了新的目標,海普洛斯正在推進『腸康計劃』和『綠肺計劃』,要積累10萬人肺癌、10萬人腸癌的基因資料庫,儘可能多地獲取基因突變的圖譜,通過數據挖掘找到中國人特有的基金突變機理,才能指導精準醫療。」腸癌和肺癌是全球五大癌種之二,相關數據和研究較為豐富,覆蓋的靶向藥物也比較多,但已有的資料庫大多是西方發達國家以白種人做的基因資料庫,中國人自己的腫瘤基因資料庫建設勢在必行。海普洛斯正與中山大學腫瘤防治中心、中國醫學科學院腫瘤醫院等三甲醫院合作,持續不斷地推進這些癌症的精準診療。 

 

    

2020年10月30日下午,陳實富在接受小鉅採訪的時候,講述了一個真實的故事,他的眼睛裡閃著動人的光芒:「2015年我接到上海長徵醫院一位醫生朋友的求助,說他有一名年僅20歲的患者,脖子上長了一個直徑14cm的肉瘤,並且已經發生轉移,化療無效,疾病持續惡化。這個患者已經做了基因測序,但是當時的檢測公司沒有找到合適的靶點,想問問我能不能再幫著分析患者的數據。我在了解情況後,發現目前沒有很好的軟體進行類似分析,於是,在5天時間內重新開發了一款軟體。後面,新軟體發現了一個CARS-ALK基因融合,這個融合很罕見,但卻與肺癌的ALK基因融合有相似之處 ,於是推薦肺癌治療的藥物克唑替尼。後面,這個藥物的療效非常之好,用藥後腫瘤不斷縮小,後來甚至有條件為原發灶和轉移灶做了根治手術。現在,已經5年了,患者至今還健康地活著,並且也成為了一名醫生。你看,通過生物信息學算法的挖掘,確實可以挽救腫瘤病人的生命,能實實在在地幫助到他人的,這是多麼有意義的事情啊!」

陳實富是從IT界入行的,所以他擁有強烈的開源情懷,他喜歡把軟體和代碼免費進行開放,與他人分享,想通過幫助同行的方式來幫助更多的患者。他發起了開源的OpenGene組織,發布了十多款生物信息軟體,免費給需要做測序數據分析的科研機構和企業用。現在,他的軟體已經被下載了幾十萬次,包括哈佛、美國癌症中心、MIT等單位都有他軟體的忠實用戶。例如,2018年,陳實富在 《Bioinformatics》發表的軟體fastp,至今已被引用800多次(Google Scholar數據),在學術界引起廣泛的影響。

如今,海普洛斯擁有一支由基因組學、醫學、分子生物學、生物信息學、大數據挖掘和機器學習等多個領域的科技人才組成的200餘人的團隊,聚焦腫瘤精準治療,在基因測序、液體活檢、生物信息和大數據等領域具有獨特的技術優勢,基因測序通量位居全球第二,已經形成了多中心、全球化的布局。

  

    

陳實富介紹,在這次的抗疫行動中,海普洛斯積極參與,不僅迅速推出了新型冠狀病毒核酸檢測試劑盒,而且承擔了深圳福田、龍崗等多個區的新冠篩查任務。海普洛斯旗下2家醫檢所——深圳海普洛斯醫學檢驗實驗室、江西海普洛斯醫學檢驗實驗室,曾多次雙滿分通過新冠病毒核酸檢測室間質評。

盒馬應急事件時,陳實富帶領團隊奮戰冷鏈物流新冠檢測一線。

隨著國內疫情防控轉入常態化要求,廣東省5月防控實施意見要求特定人群「應檢盡檢」、普通人群「願檢盡檢」,但這帶來了一個採樣信息錄入和管理的瓶頸。因此海普洛斯採切合採樣和檢測的實際需求,開發了一款採樣信息管理系統HCOVIS,該系統可以提高3倍的採樣速度,極大地提高了採樣和檢測的通量。「那段時間,我們每個員工身穿防護服衝在檢測的第一線,最忙的時候,我曾每天到晚上3點,一個星期沒有回過家,而那時我的女兒才出生剛半個月。最近,我們保持平均每天檢測兩三千例的速度,而在盒馬生鮮陽性事件的應急篩查中,我們兩天內就檢測了7萬多例。」

海普洛斯團隊積極參與抗疫行動

他有一張國字型臉,顯得正直且正義。「我們都身邊常常聽到某個親友因癌症而去世,這樣的悲劇不斷地上演,今天我們能夠用分子診斷技術,幫助更多的患者和家庭,服務更多藥企和醫院。雖然這些並不容易,我相信所做的這些努力都是值得的。」他每天保持高效率的工作狀態,步伐總是矯健而匆忙。

偉大的創業都源於偉大的夢想,而且小鉅堅信:一個為夢想而戰的人,捨棄的只是安逸的生活,獲得的卻是無悔的人生。

 

陳實富,曾於中科院深圳先進院醫工所攻讀博士學位,2014年參與創辦深圳市海普洛斯生物科技有限公司,現任海普洛斯聯合創始人兼首席技術官。海普洛斯是液體活檢領域全國首家國家高新技術企業,曾獲得深創投、軟銀中國、磐谷創投等著名機構總計數億元投資,曾獲得2015年「創業之星」企業成長組亞軍、「最受投資追捧獎」、「2017首屆華中醫療健康產業創新創業大賽冠軍」、「2018粵港澳大灣區新經濟企業TOP100」,「2019粵港澳大灣區生物科技創新企業50強榜單」,以及「2020年第九屆中國創新創業大賽深圳賽區一等獎」。擁有國內和國際發明專利 70餘項,主持和參加的重要科研項目獲得國家省市項目資助數千萬元。陳實富本人也獲得2019年深圳市青年科技獎。

本文作者:小鉅,一個有志於做最會講科技人士創新故事的新媒體人。如有轉載本文,請註明出處,轉自「鉅弘文化」。

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