2.蛋白質的結構

2021-03-05 醫學資料優選

一、蛋白質的一級結構


蛋白質的一級結構指在蛋白質分子從N-端至C-端的胺基酸排列順序。


1.主要的化學鍵:肽鍵,有些還包括二硫鍵。 

2.一級結構的重要意義


①胺基酸百分組成、排列順序不同而組成多種多樣的蛋白質,並具有不同的生物學功能;②許多先天性疾病是由於某一重要蛋白一級結構改變而引起;③蛋白質一級結構中胺基酸排列順序是由遺傳密碼所決定,胺基酸排列順序的改變可能是鹼基順序改變所致;④一級結構是蛋白質空間構象和特異生物學功能的基礎,但不是決定蛋白質空間構象的唯一因素。

二、蛋白質二級結構


(一)定義


蛋白質的二級結構即蛋白質分子中某一段肽鏈的局部空間結構,即該段肽鏈主鏈骨架原子的相對空間位置,不涉及胺基酸殘基側鏈的構象 。所謂肽鏈主鏈骨架原子即氨基氮、α-碳原子和羰基氧3個原子。其主要的化學鍵是氫鍵,基本單位為肽單元。

(二)形式


1.a-螺旋 


①外觀:右手螺旋;②螺距:3.6個胺基酸、0.54nm;③R基團位於螺旋外側,可影響a-螺旋的形成。


2.β-摺疊


①肽段摺紙狀、鋸齒狀,相對伸展;②幾個肽段順向平行或反向平行;③R基團的位置:鋸齒的上下方。


α-螺旋和β-摺疊結構比較


(三)肽單元


參與肽鍵的6個原子Ca1、C、O、N、H、Ca2位於同一平面,此同一平面上的6個原子構成了所謂的肽單元。


(四)胺基酸側鏈基團R對二級結構的影響


1.R基團的電荷:酸性或鹼性R基團集中的區域,發生同種電荷的相互排斥。

2.R基團的大小:較大的R側鏈集中,不利於α-螺旋形成(空間位阻效應)。

3.R基團的形狀:脯氨酸,不利於α-螺旋形成。

(五)超二級結構與模體


二個或三個具有二級結構的肽段,在空間上相互接近,形成一個有規則的二級結構組合,被稱為超二級結構。二個或三個具有二級結構的肽段,在空間上相互接近,形成一個特殊的空間構象,稱為模體,模體是具有特殊功能的超二級結構。


三、多肽鏈進一步摺疊成蛋白質三級結構


(一)三級結構的定義與主要化學鍵


整條肽鏈中全部胺基酸殘基的相對空間位置,即肽鏈中所有原子在三維空間的排布位置,為蛋白質的三級結構。主要的化學鍵包括:疏水鍵(最重要)、離子鍵、氫鍵和範德華力等。

(二)結構域


分子量較大的蛋白質常可摺疊成多個結構較為緊密且穩定的區域,並各行其功能,稱為結構域。用限制性蛋白酶水解含多個結構域的蛋白質,常分解出獨立的結構域,而各結構域的構象可以基本不改變,並保持其功能。超二級結構則不具備這種特點。 因此,結構域也可看作是蛋白質的獨立摺疊單位,有較為獨立的三維空間結構。 

四、蛋白質的四級結構


許多功能性蛋白質分子含有2條或2條以上多肽鏈。每一條多肽鏈都有完整的三級結構,稱為蛋白質的亞基。蛋白質分子中各亞基的空間排布及亞基接觸部位的布局和相互作用,稱為蛋白質的四級結構。


亞基之間的結合主要是離子鍵(也稱鹽鍵)和氫鍵。由2個亞基組成的蛋白質四級結構中,若亞基分子結構相同,稱之為同二聚體,若亞基分子結構不同,則稱之為異二聚體。由兩個或兩個以上的亞基組成的蛋白質可稱為寡聚體蛋白質,也稱多聚體蛋白質。寡聚體含亞基較少,多聚體含亞基較多。

相關焦點

  • 蛋白質的結構與功能
    (primary structure)定義:蛋白質的一級結構指在蛋白質分子從N-端至C-端的胺基酸排列順序。理解:一級結構是蛋白質空間構象和特異生物學功能的基礎,但不是決定蛋白質空間構象的唯一因素。例子:牛胰島素是第一個被測定一級結構的蛋白質分子,由英國化學家Frederick Sanger於1953年完成。
  • 蛋白質分子的結構與功能
    例如,疏水性胺基酸的側鏈疏水基團,具有避開水分子,相互聚集並將自身藏於蛋白質分子內部的自然趨勢,這種結合力叫疏水鍵,幫助蛋白分子內部形成疏水區域。  由單條肽鏈形成的蛋白質只有一級、二級和三級結構。然而,細胞內許多蛋白質分子含有2條或多條肽鏈才能全面地執行功能,單獨的1條肽鏈一般沒有生物學功能。每條肽鏈都有完整的三級結構,稱為蛋白質的亞基。
  • 【生物化學】蛋白質的結構與功能
    2.支鏈胺基酸(人體不能合成:從食物中攝取):纈氨酸 亮氨酸 異亮氨酸3.兩個特殊的胺基酸:脯氨酸:唯一一個亞胺基酸   甘氨酸:分子量最小,α-C原子不是手性C原子,無旋光性.可見一個胺基酸的變異(一級結構的改變),能引起空間結構改變,進而影響血紅蛋白的正常功能。但一級結構的改變並不一定引起功能的改變。③以蛋白質的別構效應和變性作用為例說明蛋白質結構與功能的關係:a.別構效應,某物質與蛋白質結合,引起蛋白質構象改變,導致功能改變。協同作用,一個亞基的別構效應導致另一個亞基的別構效應。
  • 蛋白質複合物結構解析
    在X-ray晶體學中,解析蛋白質複合物的結構,可以測定實驗相位(αobs),不管是哪種方法引入重原子(後續有文章詳談),尋找重原子後修正重原子位置,然後解析相位,同時結合已知的信息以及實驗結果,然後採用不同密度修飾的方法逐步改進相位,在此基礎上可手動建模也可讓軟體自動化autobuild,現在有很多套件組,例如Phenix或者ShelXCDE或HKL2map等等可以幾乎自動化完成整個流程
  • 圖文並茂講解不同的蛋白質結構
    A. α-螺旋,是蛋白質的一種二級結構,其肽鏈主鏈繞中心軸盤繞成螺旋狀,為右手螺旋結構,A 錯。B. 無規捲曲,是沒有確定規律性的肽鏈結構,也屬於蛋白質的二級結構,B 錯。C. 結構域,是指分子量較大的蛋白質常可摺疊形成多個結構較為緊密且穩定的區域,並可行使其特定的功能。結構域是蛋白質三級結構層次上的獨立功能區,C 對。D.
  • 蛋白質結構分析系列(一)
    我對該領域的狹隘的基本認識        通常情況下,我們認為的蛋白質結構分析可能都是三級結構分析、蛋白和蛋白互作或蛋白與其他生物分子互作的分析,這種分析通常在結構生物學領域常見。事實上,做生物信息學的學生也會經常涉及蛋白質結構分析。
  • 【生物化學筆記】蛋白質的結構與功能
    2.支鏈胺基酸(人體不能合成:從食物中攝取):纈氨酸 亮氨酸 異亮氨酸3.兩個特殊的胺基酸:脯氨酸:唯一一個亞胺基酸   甘氨酸:分子量最小,α-C原子不是手性C原子,無旋光性.可見一個胺基酸的變異(一級結構的改變),能引起空間結構改變,進而影響血紅蛋白的正常功能。但一級結構的改變並不一定引起功能的改變。③以蛋白質的別構效應和變性作用為例說明蛋白質結構與功能的關係:a.別構效應,某物質與蛋白質結合,引起蛋白質構象改變,導致功能改變。協同作用,一個亞基的別構效應導致另一個亞基的別構效應。
  • 蛋白質結構解析六十年
    隨著這個理論被證偽,真正的遺傳物質DNA的結構被給予了很大關注。然而,蛋白質作為生命體的重要大分子,其重要性也從未被忽視,而且在1950年代開始,科學家一直在探尋DNA序列和蛋白質序列的相關性。與此同時,蛋白質測序和結構解析蛋白質結構的努力開始慢慢獲得回報。更多的生化研究揭示了蛋白質的功能重要性,因此蛋白質的三維結構的解析對於深入理解蛋白質功能和生理現象起著決定性作用。
  • 蛋白質的二級結構、超二級結構與模體(motif)
    蛋白質的二級結構是指肽鏈主鏈的空間走向(摺疊和盤繞方式),是有規則重複的構象。最常見的二級結構單元就是α-螺旋和β-摺疊,它們的各種組合決定了蛋白質的主體結構。β-轉角是一種小巧的二級結構單元,它使肽鏈形成大約180°的迴轉。
  • 蛋白質3D結構可用AI解析
    「結構即功能」是分子生物學的定理,若能根據蛋白質的胺基酸序列推出其結構,有助於人們加速了解細胞的組成和運作規律,一些新藥物的研發也能更快推進。  長久以來,人們需要藉助實驗確定完整的蛋白質結構,比如X射線晶體學和冷凍電鏡,這些方法往往要花費數月甚至數年時間,目前人類已發現的2億蛋白質中,只有不到20萬的蛋白質結構被解析。
  • 蛋白質結構分析系列(二)
    因為從知識邏輯順序及結構體系來說,這部分放在後面講是最合適的。但是考慮到受眾面及需求,或許教會大家如何進行簡單同源建模效益更大。所以這一節就先講利用本地軟體進行同源建模分析。同源建模理論        預測未知蛋白的結構有三種計算方法:1.同源建模;2.摺疊模式識別和從頭預測結構。
  • 顏寧等點評:AI 精準預測蛋白質結構,結構生物學何去何從?
    >張陽(ITASSER 創造者,美國密西根大學教授)AlphaFold2 顯然是蛋白質結構預測領域的重大突破。但 AlphaFold2 這次比上次進步更大,和兩年前的上一個版本相比, AlphaFold2 的主要變化是直接訓練蛋白質結構的原子坐標,而不是用以往常用的、簡化了的原子間距或者接觸圖。
  • 高考生物複習知識點:蛋白質的結構與功能
    蛋白質結構是指蛋白質分子的空間結構,下面是高考生物複習知識點:蛋白質的結構與功能,希望對考生有幫助。  1.結構層次:胺基酸排列順序、多肽鏈摺疊和盤繞、蛋白質分子天然摺疊、蛋白質分子中各亞基的空間排布及亞基接觸部位的布局和相互作用。
  • 「阿爾法摺疊」精準預測蛋白質三維結構
    人體擁有成千上萬種不同的蛋白質,每一種蛋白質都包含幾十到幾百種胺基酸,這些胺基酸的順序決定了它們之間的作用,賦予蛋白質複雜的三維形狀,進而決定了蛋白質的功能。了解這些三維形狀有助於研究人員設計出能在蛋白質縫隙內滯留的藥物。此外,合成出擁有所需結構的蛋白質,還可以加快酶的研製進程,讓生物燃料領域受益。
  • 蛋白質的結構與功能專業試題模擬
    >E 所含必需胺基酸的含量和比值【答案】正確答案: E 【知識點】合理營養-人體必需的營養素及能量【解析】蛋白質的胺基酸評分(蛋白質化學評分),用於反映蛋白質構成和利用率的關係,即所含必需胺基酸的含量和比值主要決定了蛋白質生物學價值的高低,E正確。
  • 科學網—蛋白質結構解析:生物學的「聖杯」
    無怪乎羅伊發此喟嘆,當年的統計數字顯示,只有0.6%的已知蛋白序列被解析出了相應的結構。 不過,自從美國科學家克裡斯蒂安·安芬森(Christian B.Anfinsen)提出「蛋白質的高級空間結構由蛋白質的胺基酸序列決定」後(他也因此獲得1972年諾貝爾化學獎),人們開始尋找一種能夠預測蛋白質結構的算法,可以精確地從蛋白質的胺基酸序列,利用計算機預測出其複雜的空間結構,甚至其由結構決定的功能。
  • AlphaGo顛覆生物圈,精準預測蛋白質結構
    具體而言,是DeepMind的第二代AlphaFold 在國際蛋白質結構預測競賽(CASP)上擊敗了其餘的參會選手,能夠精確地基於胺基酸序列,預測蛋白質的3D結構。 其準確性可以與使用冷凍電子顯微鏡(CryoEM)、核磁共振或 X 射線晶體學等實驗技術解析的3D結構相媲美。
  • 同步輻射中的蛋白質結構和功能研究
    蛋白質是生命活動主要的執行者,只有形成了正確的結構,蛋白質才能具有正確的功能。因此蛋白質的結構研究,不僅可以讓我們得以深入了解生物體內諸多生命過程的細節,更有助於重大疾病的預防和治療、新型高效藥物和疫苗的研發等。正是由於蛋白質結構研究在基礎科學和醫藥、疫苗研發中的重要作用,結構生物學獲得了蓬勃的發展。
  • 顏寧等點評:AI精準預測蛋白質結構,結構生物學何去何從?
    12月1日,谷歌旗下的DeepMind公司宣布,其新一代AlphaFold人工智慧系統在國際蛋白質結構預測競賽(CASP)上擊敗了其餘的參會選手,精確預測了蛋白質的三維結構,準確性可與冷凍電子顯微鏡(cryo-EM)、核磁共振或 X 射線晶體學等實驗技術相媲美。(詳見《解決生物學50年來的重大挑戰!
  • 《蛋白質結構與功能分析》課件分享
    啦啦啦~又到了周末啦~同樣,今天給大家準備了一份課件資料,內容主要是關於蛋白質結構與功能分析