增值稅專用發票與普通發票主要有以下三個區別：
一、抵扣增值稅的區別
增值稅專用發票可以抵扣增值稅，普通發票不能抵扣增值稅。
根據《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》第八條的第一條：從銷售方取得的增值稅專用發票上註明的增值稅額，準予從銷項稅額中抵扣。暫行條例中的第二條至第四條，準予從銷項稅額中抵扣的票據為：海關進口增值稅專用繳款書、農產品收購發票、代扣代繳稅款的完稅憑證。
綜合上述，只有增值稅專用發票才能抵扣增值稅，普通發票是不能抵扣增值稅的。
一般上了一點規模的企業都是增值稅一般納稅人，所以大多數的企業，都會要求開具增值稅專用發票，因為這樣才能抵扣增值稅銷項稅額。
二、帳務處理的區別
收到增值稅專用發票與普通發票時，帳務處理方面也有所不同。
增值稅專用發票票面記錄了金額、稅額、稅價合計。收到專票時，此票面的金額計入費用或成本，稅額計入增值稅銷項稅額。稅價合計計入現金、銀行存款或應付帳款。
增值稅普通發票，雖然票面也有記錄金額、稅額、稅價合計，但是按照簡易辦法，收到增值稅普通發票時，全部計入成本或費用，不需要分開記錄。
三、受票方接受的區別
不是所有的企業都能接受增值稅專用發票。
如果受票方為增值稅一般納稅人，那麼可以同時接受增值稅專用發票和增值稅普通發票。
如果受票方為小規模納稅人，那麼只能接受增值稅普通發票，否則小規模納稅人接受了增值稅專用發票，在稅務系統會產生滯留票，可能會引發稅務風險。
總結：增值稅專用發票與普通發票，這兩種發票，最最主要的區別還是抵扣增值稅的問題，一個能抵扣，一個不能抵扣，這直接影響到企業繳納增值稅額的問題，其它方面的區別，相對影響比較小。