增值稅進項稅抵扣有一個非常重要的的原則，那就是：必須有票才能抵扣。
發票，尤其是增值稅專用發票，企業收到後必須要嚴格管理，否則可能會影響到抵扣，對企業就是額外的損失。
不過，並不是所有的增值稅專用發票都能抵扣，以下一些情形是值得注意的。
1、虛開的發票不能抵扣
虛開的發票是不能抵扣的，甚至可能面臨嚴重的出發。按照規定，只要實際業務與發票內容不符，就可能涉嫌虛開。財務人員在審核時，務必要從業務真實性出發，同時結合企業財務管理制度的要求。
很典型的案例：員工出差報銷住宿費，如果員工的行程本是1月30號結束，結果他自行安排了出差地的旅遊，發生了額外的住宿費。那麼，這額外的住宿費能否報銷？住宿費的進項能否抵扣呢？
嚴格意義來說，這也是屬於虛開。公司若是想規避這類風險，最好在財務管理制度裡有明確的規定，以後就有據可行。
2、票面信息不合規的發票不能抵扣
增值稅專用發票對票面列印有很多要求。
完整的公司名稱、稅號、地址、銀行帳號，都屬於必須信息；
備註欄列印的內容要符合要求：
收款人、開票人、覆核人必須要完整；
稅額必須單獨列示；
發票章必須清晰；
套打位置不能有偏離，尤其是密碼區；
。。。
這些都是要仔細檢查的。之前就有位朋友說，他曾把發票章蓋反了，最後對方不收，不得不重開發票；我也曾收到過一張密碼區打偏的發票，財務一看就說退回去。這都是保持謹慎原則。
票面信息中還需要尤其注意購買方的【名稱】，有些業務是必須開單位才可以的，比如材料採購；有些開給個人也可以，比如話費發票；還有些特定的三方業務，發票的名稱是第三方單位，有合同等單據，也是可以的。
3、稅法規定的「不得抵扣」的項目，即便有發票也不能抵扣
《增值稅暫行條例》裡，規定的不能用於抵扣的項目主要有這些：
用於免徵增值稅項目：最典型如避孕藥品，銷售是免增值稅的，那製造這些產品的原材料進項稅，就不能抵扣。
用於非增值稅項目：以前是指營業稅項目，現在比較典型的是簡易計稅的項目，進項不能抵扣。（也包括適用徵收率的小規模納稅人）
用於個人消費 比如買蘋果手機，獎勵給優秀員工。
用於職工福利 比如職工食堂採購的發票，
非正常損失的項目 非正常損失是指：因管理不善造成被盜、丟失、黴爛變質的損失，以及被執法部門依法沒收或者強令自行銷毀的貨物。 像315查出來沒收銷毀的偽劣產品，這些產品對應的採購進項肯定是不能抵扣的。再有買回來後在倉庫保管的商品，被偷了，那採購的進項也不能抵扣。
以上，其實就是常說的要做「進項轉出」的那些業務，即便有合法合規的增值稅專用發票 ，也不能抵扣。
4、假發票、作廢的發票、沒有認證的發票不能抵扣
假發票、作廢的發票自然是不能抵扣的。增值稅發票管理系統支持增值稅普通發票和增值稅專用發票的查驗，直接輸入發票號碼就可以。如果系統裡查不到，那票自然有問題，如果票查到了，但發票狀態不對，也是有問題的。
如果發票已經認證和抵扣，最後對方又作廢了，這種特殊情形也需要注意。
5、其它特殊情形
一般納稅人身份的公司，沒有健全的會計核算，簡單說就是帳不清楚，那麼稅務局機關可能會做出處罰：不得抵扣進項。
類似的還有，小規模納稅人達標後，沒有轉登記為一般納稅人，稅務機關同樣可能做出處罰：不得抵扣進項。
自然，這些公司拿到的進項發票也是不能抵扣的。
以上，就是我所了解的增值稅專用發票不能抵扣進項的情形，若有不足之處，歡迎補充。