工業微波能是頻率從300MHz～300GMHz的電磁波，其方向和大小隨時間作周期性變化。微波與物料直接作用，將超高頻電磁波轉化為熱能的過程即為微波加熱過程。水是強烈吸收微波的物質，物料中的水分子是極性分子，在微波作用下，其極性取向隨著外電磁場的變化而變化，微波可使水分子每秒運動18.3億次，致使分子急劇碰撞，使物料產生熱化和膨化等一系列過程而達到微波加熱目的。
微波殺菌是微波的熱效應和生物效應共同作用的結果。微波對細菌的熱效應是使蛋白質變性，使細菌失去營養、繁殖和生存的條件而死亡；生物效應是微波電場改變細胞膜斷面的電位分布，影響細胞周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，細菌因此營養不良，不能正常新陳代謝，細菌結構功能紊亂，生長發育受到抑制而死亡。此外，決定細菌正常生長和穩定遺傳繁殖的核酸（RNA）和脫氧核糖酸（DNA），是由若干氫鍵緊密連接而成的捲曲形大分子。足夠強的微波場可以導致氫鍵斷裂和重組，從而誘發遺傳基因突變，或染色體畸變，甚至斷裂。
微波加熱與傳統的加熱方式不同，不需熱傳導過程，它是使被加熱物料本身成為加熱體，因此即使是熱傳導性較差的物料，也可以在極短的時間內達到加熱溫度。無論物體各部位形狀如何，它是使物料表裡表裡同時均勻滲透電磁波而產生熱能，不受物體形狀限制，所以加熱更均勻，不會出現外焦內生的現象.由於含有水的物質極易吸收微波而發熱，因此，除少量的傳輸損耗外幾乎無其它損耗。
微波加熱與遠紅外加熱相比，節約能源1/3以上。微波加熱具有熱力效應和生物效應，因此，能在較低溫度下殺死黴菌和細菌；傳統加熱方式加熱時間較長，造成營養成分損失較大，而微波加熱迅速，能有限度地保存物料的活性和食品中的營養。只要控制微波功率即可實現加熱或終止。應用PLC人機界面可進行加熱工藝過程規範的可編程自動化控制，它有完善的傳送系統，可確保連續化生產，節省勞力。微波是控制在金屬製成的加熱室內工作，微波洩漏被有效抑制，不存在放射線危害及有害氣體的排放，不產生餘熱和粉塵汙染，環境汙染。