在整個拳皇系列，最精彩的故事線莫過於大蛇篇。
因為從拳皇94盧卡爾時期就開始挖坑，直到拳皇97才得到完全的釋放。BOSS一個比一個厲害，似乎前面的BOSS都是為了襯託最終BOSS而生的。
在拳皇94和95先是盧卡爾出來打頭陣，接著96出現了挖掉盧卡爾眼睛的暴風高尼茨，最後發現高尼茨僅僅是八傑集之一，而最終BOSS是地球的意志。
而能封印大蛇的只有三大神器守護家族：草薙、八尺瓊、神樂。
於是，圍繞著封印大蛇這條主線，最終將三大家族的後人匯集，並成功封印。
後期的故事線音巢和遙遠彼都沒有大蛇篇出彩，因此大蛇即使被封印了還是經常被拖出來鞭屍：在NEOGEO競技場出現了大蛇的複製體、音巢篇的初衷就是製造大量的草薙京對付未來可能再次出現的地球意志、在遙遠彼篇大蛇封印鬆動幾次、在威爾斯篇大蛇居然還無恥的甦醒了，不過好在沒有觸媒再次被京八樂封印。
三神器封印大蛇使用的是哪三種神技呢？
三神技之貳
在拳皇97中，八神家族的血統被大蛇之血壓抑了多年，因此他並沒有領悟三神技。在最終一刻暴走之時，被壓抑多年的八尺瓊血統再次覺醒，終於勉強打出了三神技之貳
這是在最關鍵時候覺醒的大招，大家或許可以看到八神的蒼炎短暫的變回了赤炎
在拳皇99、2000和2001八神都打不出三神技之貳，但是能打出近神的新招式豺華。直到拳皇2003，八神終於完全領悟了三神技之貳，並在實戰中加以運用。
三神技之叄
三神技之叄其實是兩種技能，分別是也就是零技之礎和三籟之布陣，功能是加持三神技威力增加物防和攻擊，以及定點攻擊
零技之礎
三籟之布陣
這一招在遊戲中的效果就是擊中對手之後就可以無限追擊，直到布陣結束。
只要身中陣法，玩家就可以連消帶打，讓對手損失慘重
而兩招完美的融合才是真正的三神技之叄。
在神樂萬龜死了之後，這兩招神樂千鶴只能分開用。而在拳皇2003中，兩姐妹終於再次聯手，打出了完美的三神技之叄
在2003中，作為隱藏人物的神樂千鶴和神樂萬龜兩姐妹，真正完美結合了零技之礎和三籟之布陣
這才是最完美的滅神之招：三神技之叄
三神技之壹
草薙京一直擁有最純正的草薙家族血統，但是早年的他還是公子哥的心態，根本打不出來。直到某一天被暴風高尼茨虐得像狗一樣才終於幡然醒悟。
之後草薙京進行了嚴格的家族訓練，終於打出了家族最終武學：無式。
這也就代表者拳皇系列最高秘法誕生（後期被一定程度弱化）
在拳皇97之前草薙京都是可以隨意打出無式的，但是封印大蛇之後，被音巢抓住抽取基因，之後身體衰竭再也打不出無式了。
而在拳皇99中，複製人草薙京2號可以打出來。這或許和音巢的初衷不謀而合，打造一堆可以抗衡大蛇的「草薙京」
就這樣，衰了好幾部的草薙京，最終在拳皇2003中再次打出了完美的無式。
而在這一部中，完全力量的三神技匯集，但是阿修卻在三神器面前將神樂千鶴的神器拿了，並全身而退。這就讓很多玩家想不通了，為了捧新人這樣踩人氣角色，真的好嗎？
最終阿修都是不被玩家們接受的「主角」，即使最終犧牲拯救了所有人
不過，在恢復期間，草薙京雖然打不出無式，卻也領悟了另一個僅次於無式的超必殺：神塵
三神技是無法被超越的，因為這是能封印神的招式。後期，草薙京和八神能打出更多的特效華麗的超必殺，但這僅僅是為了讓主角們在滿是吊炸天的超必殺版本中，不至於被其他格鬥家的招式超越和埋沒而新加入的必殺技吧！
八咫烏VS天叢雲
十拳劍VS終式焰甌
另外，八神還有一招血之暴走，據說是當年第一次暴走之後殺死麥卓和薇思的招式
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