生物化學反應動力學概述

2021-02-18 高維度穩定同位素
來源:【高維度穩定同位素】公眾號(ID:HDStableIsotope)

化學反應動力學及其伴隨的同位素分餾現象,是穩定同位素分餾的基礎。今天我們介紹一下生物化學反應動力學的幾種應用最廣泛的模型。 

首先,我們回頭看一看瑞利分餾公式的推導過程。以水滴從水汽中凝結並離開這團水汽的氧同位素分餾過程為例:

H2O(g) ↔H2O(v)

假設水的交換速率為一階動力學:,k是反應速率常數。 

對16O而言:

對18O而言:

對這兩個公式分別積分可得:

 兩式相除並整理:

 

即:

如果O元素的絕大多數的同位素都是16O,那麼,並且我們定義α≡k18/k16,則上式可以寫成經典的瑞利公式: 

可以看到,要使用瑞利公式的一個重要前提是該反應遵循一階動力學(r1st=-k×C),即反應速率僅由反應物濃度決定。

在許多實驗研究中,一階反應動力學模型可以很好地近似生物化學過程。但是對於一個生物化學反應,如果該反應符合一階反應動力學,則營養物質便是該反應的唯一限制。理論上來說,如果無限增加底物濃度,則反應速率可能達到無限大。這很顯然是不合理的。

因此,Michaelis–Menten(MM)動力學模型被更普遍地用於描述生物化學過程(1):

其中,Vmax表示在飽和底物濃度下,反應可達到的最大速率。KM是米氏常數,它是反應速率為Vmax一半時的底物濃度。在低濃度條件下,,反應可以簡化為一階反應動力學。在高濃度條件下,,這是反應速率的上限。

MM動力學模型考慮了生物化學反應速率的上限。但是,它假設該反應只依賴於所觀測的物質濃度。一個反應通常涉及多個反應物。因此,雙基質模型,也叫Monod動力學模型,被用於描述雙基質限制的生長過程(2):

如果該反應只有一個限制因素,則Monod模型和MM動力學模型一致。

隨著研究的進展,多基質體系,包括抑制劑都被逐漸加入體系中。Monod模型被逐漸修正,成為描述生物化學過程的一個通用公式(3):

這裡,κ是反應速率係數,這裡假設κ不受濃度影響。X是生物物種的飽和濃度。Ci為所有可能影響速率的物種的濃度,KM,i是i物種的Monod半飽和係數。Ij和Cj為抑制劑j的抑制常數和濃度。

當前大部分的硫酸根還原和碳酸鹽沉澱的模型都採用了Monod模型的變體。

生物系統的複雜性/Credit: 何雨暘


原創:何雨暘

出品:高維度穩定同位素

編輯:何雨暘

監製:鮑惠銘

References:

[1] Best JB (1955) The inference ofintracellular enzymatic properties from kinetic data obtained on living cells.I. Some kinetic considerations regarding an enzyme enclosed by a diffusionbarrier. Journal of Cellular andComparative Physiology 46(1):1-27.

[2] Monod J (1949) Thegrowth of bacterial cultures. AnnualReview of Microbiology 3(1):371-394.

[3] Thullner M, RegnierP, & Van Cappellen P (2007) Modeling Microbially Induced Carbon Degradationin Redox-Stratified Subsurface Environments: Concepts and Open Questions AU. Geomicrobiology Journal 24(3-4):139-155.

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