通讀《射鵰英雄傳》和《神鵰俠侶》原著，曾經練過這本經書記載的功夫有作者黃裳、郭靖、周伯通、陳玄風、梅超風，後來一燈大師、洪七公、黃蓉也修煉過部分武功，歐陽鋒則逆練成功而且憑藉逆練《九陰真經》奪得了第二次華山論劍名副其實的武功天下第一。王重陽曾經部分真經的內容刻在活死人墓的石洞裡，因此機緣巧合楊過和小龍女也練過。《九陰真經》曾在武林中掀起腥風血雨，無數武林中人搶奪這部經書，你殺我、我殺你，不知死了多少武林人士，王重陽為了阻止這場武林浩劫，於是相約當時武功最高強的人，在華山絕頂比試武功，誰的武功最高，誰就是《九陰真經》的主人，這次比武就是大名鼎鼎的「華山論劍」，後來「華山論劍」這一詞就被引申為學術較量，但是不是所有的學術較量都可以稱為「華山論劍」，首先參與較量的人必須是行業內的頂尖高手，其次較量過程不得欺騙耍陰謀。
武功天下第一的王重陽最終王重陽擊敗洪七公、歐陽鋒、黃藥師、段智興四人，奪得了「武功天下第一」的稱號，並負責保管《九陰真經》。王重陽當初奪經是為了阻止江湖中人的自相殘殺，因此奪得經書後怕別人議論他覬覦經書，並沒有練經書中記載的上乘武功，並且留下遺命，全真門下皆不準練《九陰真經》，也不許師弟周伯通練，而且一開始還想毀去這部經書，猶豫再三實在不忍心毀去前輩高人的心血，於是把經書一分為二，吩咐周伯通分兩個地方藏匿。周伯通帶著下卷經文去藏匿時，在半路遇到「騙經」的黃老邪。周伯通打石彈輸給黃老邪後不得不願賭服輸，把經書借給黃藥師的妻子馮衡觀看，馮衡聰明絕頂竟然把經書一字不漏地背下來，周伯通一走，她就立刻默寫出來給丈夫。
活體複印機馮衡後來，黃老邪的大弟子陳玄風和二弟子梅超風偷了師父的經書，在不知上卷心法的情況下強練下卷武功，憑藉「九陰白骨爪」和「摧心掌」橫行江湖，黃老邪大怒，馮衡為了安慰丈夫再次默寫九陰真經給丈夫，但是因為時隔太久，加之當初只是死記硬背並非看懂經文，已經忘了大半，馮衡當時身懷六甲，因為思慮過度竟然難產血崩而死，老邪傷心欲絕，遷怒其餘無辜弟子，把其餘弟子挑斷腳筋逐出桃花島。陳玄風和梅超風強練《九陰真經》下卷的武功，二人沒有上卷心法，因此不得不服食少量砒霜來防止走火入魔，加上二人蠢笨如牛，經中原文是「五指發勁，無堅不破，摧敵首腦，如穿腐土」，「摧敵首腦」是攻敵要害之意，並不是用五指去刺穿別人的頭蓋骨，二人又以為練功時也必須如此，因此找了很多活人來當練功的靶子，(其實沒必要，周伯通教郭靖練這招時，是用石頭來練)不知有多少無辜的人被刺穿了頭蓋骨。
鐵屍梅超風梅超風和陳玄風殺人如麻，罪行累累，導致江湖中人以為《九陰真經》是一部邪門的武功，其實不是，而是道家上乘武學。周伯通的丘處機告知後，才知自己被騙，他懷揣上卷經文到桃花島找黃老邪興師問罪，因開口說黃老邪老婆死得好，被黃老邪打斷雙腿，關在一個山洞裡十五年。周伯通為了捉弄郭靖，把《九陰真經》上下卷都教給了郭靖，自己也在教授這個過程中，無意中學會了經書中的武功。後來，歐陽鋒來奪經，練了郭靖篡改的《九陰假經》，歐陽鋒也當真了得，憑著自己武學天賦和大宗師的經驗，居然逆行經脈，全身穴道移位，武功更上一層樓，洪七公和黃藥師聯手都不是對手，但也因此神經錯亂。洪七公因為中了歐陽鋒一掌，且被歐陽鋒蛇杖上的毒蛇咬傷，後來修習經中上卷的養氣歸元的內功心法，一燈大師為了替黃蓉治被裘千仞打中的內傷，內力耗損，也曾修習上卷的內功心法。總而言之，因這部經書受害的人著實不少，因此江湖傳言，這部經書陰氣太重，得之不詳。
南宋江湖第一偶像黃老邪其實真正把經書上的武功練全並融會貫通的只有作者黃裳和郭靖二人，其餘人都未練全。《九陰真經》載有破解各大門派武學的方法，更是天下武學總綱，上卷內功提到「易筋鍛骨章」練成後功力等方面均進展迅速，效果不亞於《易筋經》，除此之外還有「療傷章」，「點穴篇」，「解穴篇」，「閉氣秘訣」，「收筋縮骨法」，「飛絮勁」（一種卸力法門），「蛇行狸翻」，即便在地上翻滾，也是靈動異常，周伯通曾憑藉此，在雙手被綁的情況下還躲開黃老邪的致命追殺。另有「移魂大法」，黃蓉曾憑藉此計克制彭長老的攝心術。下卷武功，原著中提到有「九陰白骨爪」、「摧心掌」，「白蟒鞭法」、「手揮五弦」，「大伏魔拳」。
在《射鵰英雄傳》和《神鵰俠侶》兩部書中，《九陰真經》是金庸明文規定的天下第一厲害武學。