京東自營和京東官方旗艦店的差別包括幾個地方，一個是倉儲的區別，還有一個是到貨速度的區別，還有就是營業收入歸屬的區別。
倉儲的區別
京東自營的產品都是儲存在京東自己的倉儲中心裏面，自營產品相當於京東從供應商那裡購買來的商品，京東自己在平臺上售賣。而京東官方旗艦店，是由各個商家在京東平臺上面開的店鋪，實際上還是各個商家在運營，而商品也是儲備於商家自己的倉庫裡面。因此，京東自營和京東旗艦店的區別首先就是倉儲的區別。
到貨速度的區別
京東自營到貨速度是非常快地，基本上十幾個小時就能夠到貨。一般來說如果你晚上11點前下單，第二天早上9點左右就能夠送到了。如果是早上9點之前下單，京東自營大概下午就能夠給你送到了。
京東在全國建有七個大型倉儲物流中心，覆蓋全國每一個城市、鄉鎮、村莊。簡單說就是你無論在國內的那個地方，只要在京東自營商店拍下一個寶貝，她會自動選擇就近的倉儲物流中心，馬上處理訂單，就近發貨。
京東自營的物流體系，分為三個部分，中小件物流、大宗物流、冷鏈物流。根據你的寶貝性質，決定什麼樣的物流配送。比如你拍下是一個大宗貨物，會有專門的大件物流部配送，包括送貨上門、開箱驗機等等。
而京東官方旗艦店，本質上還是商家自己在京東平臺上開的店，而倉儲也是商家自己的倉儲中心，這樣的話，官方旗艦店買的貨，還是通過快遞公司送過來的，大概需要3天左右才能夠收到。
營業收入歸屬的區別
京東自營的營業收入是歸京東公司的，而官方旗艦店收入是歸商家的。大家知道京東自營每年都能夠為京東貢獻很大一塊銷售收入。2019年世界財富500強排名，京東排名139名，阿里巴巴182名，騰訊237名。這裡面的主要原因就是世界500強排名是按照銷售收入排名的。
2019年財富中國500強排名中，京東營業收入達到了4620億，排名17位。而阿里巴巴排名24位。
京東自營另一個好處就是，退換貨那是真的方便，不滿意的商品，只要不超過7天，直接在後臺發起退貨還是換貨就行了，根本就不用找商家溝通，還可以選擇時間，讓京東快遞上門取件，既簡單，又方便。