中藥的毒副作用與一般的副作用不同，是指用藥後能導致器官損害、機體功能障礙，產生新的疾病，甚至導致死亡。
【柴胡】
主要成分柴胡皂苷能導致腎上腺肥大、胸腺萎縮，使*免疫功能降低。有腎毒性，能損害腎臟。
中成藥：小柴胡片、小柴胡顆粒、柴胡口服液、柴胡舒肝丸、小兒熱速清口服液、午時茶顆粒、牛黃清心丸、氣滯胃痛顆粒、龍膽瀉肝丸、加味逍遙丸、護肝片、補中益氣丸、乳疾靈顆粒、逍遙丸、消食退熱糖漿、通乳顆粒、黃連羊肝丸、得生丸、清瘟解毒丸、舒肝和胃丸、感冒清熱顆粒、鼻淵舒口服液、鼻竇炎口服液、平肝舒絡丸、安坤贊育丸。
【雄黃】
主要成分為硫化砷，導致砷中毒，損傷神經、血管，並可引起肝、腎、脾及心肌等實質器官的脂肪變性和壞死和致癌。
含雄黃的中成藥：七珍丸、小兒化毒散、小兒至寶丸、小兒驚風散、小兒清熱片、牙痛一粒丸、牛黃至寶丸、牛黃抱龍丸、牛黃消炎片、牛黃清心丸、牛黃解毒丸(片)、牛黃鎮驚丸、六應丸、安宮牛黃丸(散)、紅靈散、醫癇丸、局方至寶散、阿魏化痞膏、純陽正氣丸、珠黃吹喉散、梅花點舌丸、紫金錠、暑症片、痧藥。
【含有馬兜鈴酸的藥材】
馬兜鈴酸為腎毒素，能造成腎小管大量喪失，導致腎衰竭，是典型的「中草藥腎病」，病情嚴重者需要終身做血液透析或腎移植。馬兜鈴酸也是潛在的致癌物質，動物實驗表明，食用馬兜鈴酸會導致淋巴瘤、腎癌、肝癌、胃癌和肺癌。
已知或懷疑含有馬兜鈴酸的藥材：馬兜鈴、關木通、天仙藤、青木香、廣防己、漢中防己、細辛、追風藤、尋骨風、淮通、硃砂蓮、三筒管、杜衡、管南香、南木香、藤香、背蛇生、假大薯、蝴蝶暗消、逼血雷、白金果欖、金耳環、烏金草等。
可能與上述藥材混用而攙雜馬兜鈴酸的藥材：木通、苦木通、紫木通、白木通、川木通、預知子、木防己、鐵線蓮、威靈仙、香防己、白英、白毛藤、大青木香等。
含有以上藥材的中成藥：龍膽瀉肝丸、耳聾丸、八正丸(散)、純陽正氣丸、大黃清胃丸、當歸四逆丸(湯)、導赤丸(散)、甘露消毒丹(丸)、排石顆粒、跌打丸、婦科分清丸、冠心蘇合丸、蘇合丸、辛荑丸、十香返生丸、濟生桔核丸、止嗽化痰丸、八正合劑、小兒金丹片(丸)、分清五淋丸、安陽精製膏、辛夷丸、兒童清肺丸、九味羌活丸(顆粒、口服液)、川節茶調丸(散)、小兒咳喘顆粒、小青龍合劑(顆粒)。
【黃連、黃柏】
含小檗鹼(黃連素)，孕婦服用可導致新生兒溶血症，兒童服用可引起急性溶血、嚴重黃疸。
中成藥：複方黃連素片、黃連上清丸、黃連羊肝丸、一清顆粒、萬氏牛黃清心丸、萬應膠囊、萬應錠、小兒化毒散、小兒清熱片、木香檳榔丸、五福化毒丸、牛黃上清丸、牛黃上清膠囊、牛黃千金散、左金丸、左金膠囊、石斛夜光丸、戊己丸、芎菊上清丸、當歸龍薈丸、安宮牛黃丸(散)、導赤丸、婦科分清丸、芩連片、撥雲退翳丸、參精止渴丸、駐車丸、枳實導滯丸、梔子金花丸、香連丸(片)、複方仙鶴草腸炎膠囊、桂龍咳喘寧膠囊、髒連丸、狼瘡丸、消渴靈片、清胃黃連丸、葛根芩連丸、蛤蚧定喘丸、癃清片、人參再造丸、平肝舒絡丸、再造丸、二妙丸、九聖散、三妙丸、大補陰丸、小兒肝炎顆粒、分清五淋丸、功勞去火片、生血丸、白帶丸、如意金黃散、固經丸、知柏地黃丸、河車大造丸、健步丸、清肺抑火丸、頸復康顆粒、鼻炎片、三黃片。
【硃砂】
主要成分為硫化汞，導致汞中毒，損害中樞神經、腎臟、消化道。
含硃砂的中成藥：一捻金、二十五味松石丸、二十五味珊瑚丸、十香返生丸、七珍丸(丹)、七釐散、萬氏牛黃清心丸、小兒百壽丸、小兒至寶丸、小兒金丹片、小兒驚風散、小兒清熱片、天王補心丸、牙痛一粒丸、牛黃千金散、牛黃抱龍丸、牛黃清心丸、牛黃鎮驚丸、安宮牛黃丸、安宮牛黃散、紅靈散、蘇合香丸、醫癇丸、補腎益腦片、局方至寶散、純陽正氣丸、抱龍丸、柏子養心丸、胃腸安丸、香蘇正胃丸、保赤散、益元散、梅花點舌丸、琥珀抱龍丸、紫金錠、紫雪、暑症片、舒肝丸、痧藥、避瘟散、人參再造丸、平肝舒絡丸、再造丸、複方蘆薈膠囊。
【千裡光】
含有不飽和吡咯裡西啶類生物鹼，會對肝臟造成嚴重損害，並且是強致癌物質。也有腎毒性。
中成藥：千柏鼻炎片、感冒消炎片、千喜片。
【款冬】
含致癌成分，能導致肝癌。
中成藥：川貝雪梨膏、止咳橘紅口服液、止嗽化痰丸、橘紅丸。
【板藍根】
長期服用能損害腎臟，並能導致內出血和對造血功能造成損傷。
中成藥：板藍根顆粒、二丁顆粒、兒童清肺丸、小兒肺熱咳喘口服液、小兒熱速清口服液、小兒清熱止咳口服液、小兒感冒茶、小兒感冒顆粒、護肝片、利咽解毒顆粒、金嗓散結丸、複方魚腥草片、健民咽喉片、羚羊清肺丸、清開靈口服液、清熱解毒口服液、感冒退熱顆粒、清開靈注射液。
【水蛭】
含水蛭素，能阻止凝血酶的作用，引起內臟廣泛出血。有腎毒性，可導致腎臟損害。
中成藥：大黃蜇蟲丸、血栓心脈寧膠囊、通心絡膠囊、清腦降壓片、化癥回生片。
【蜈蚣】
主要含有組胺樣物質和溶血蛋白質兩種類似蜂毒酸的有毒成分。超量中毒有溶血作用，能引起過敏性休克，少量能興奮心肌，大量能使心肌麻痺，並能抑制呼吸中樞等。
中成藥：止痛化癥膠囊、中風回春丸、中風回春片、醫癇丸、金蒲膠囊、狼瘡丸、通心絡膠囊。
【麻黃】
能導致高血壓、心悸、神經損傷、肌病、中風、精神錯亂、記憶力喪失，可致死。有肝毒性。