學論文中，圖片佔有重要的地位，可以說是論文是否被接受的關鍵之一。
文章中的圖片大體可以分為三類：
（1）照片，多來自數位相機或CCD；
（2）來自採樣軟體，如powerlab的動作電位圖、血壓圖等；
（3）來自統計作圖軟體，如excel的柱狀圖等。前者多為彩色照片，色彩包含了重要信息；後兩者多為線圖，色彩一般僅為了不同組之間的區別，因此為了投稿的經濟性，一般主張將色彩丟棄，換用形狀特徵來區別組間，效果可能更好。對於彩照和線圖的投稿要求是不同的，下面將會談到。
首先談一下圖片處理操作的三大原則：
（1）原始圖像要保留，修改後的圖像務必另存而不要覆蓋原始圖像；
（2）儘量減少保存次數，以免損失圖像質量，可以多處修改一一完畢後再做存檔；
（3）所有操作不得使圖像失真，任何影響圖像真實性的修改都是不允許的。
一、要考慮的投稿要求
1. 圖片格式
一般要求圖片為TIFF格式，並存為獨立文件。可以通過 文件/存儲為（/ 前為主菜單項，/後為下拉菜單或擴展菜單項，下同）將JPG格式轉為TIFF格式。
2. 色彩要求
一般要求為CMYK色彩。可通過 圖像/模式 將RGB色彩轉為CMYK色彩。RGB色彩用於數碼設備上，而CMYK為印刷業通用標準，兩者存在差異。但現在大多數雜誌不要求作者做此項修改。
3. 圖片大小
此項非常重要，注意這裡指的是圖片的物理尺寸（單位是cm×cm，而非像素），用來印刷排版。一般只規定寬度，如neurosci lett規定半幅（單欄）為8.3 cm，全幅（雙欄）為17.6 cm。可通過 圖像/圖像大小，在彈出窗口中修改，注意選擇單位為釐米，並勾選按比例縮放。
4. 圖片解析度
非常重要，和像素大小直接相關，易和上面所述物理大小相混淆。各刊物均有具體要求，且國外雜誌對此要求嚴格。如neurosci lett規定：線圖至少達到1000dpi，彩照達到300dpi，兩者的混合圖片達到500dpi。可通過圖像/圖像大小，在彈出窗口中修改。單位選擇 像素/英寸。其實像素/英寸翻譯為ppi，和dpi（點/英寸）為兩個概念，前者用於數碼文件，後者用於印刷業。這裡用ppi代替dpi，在投稿中是被認可的，因此也沒必要糾纏概念了。
5. 文件命名
一般要求按文中出現的順序命名為Fig 1. Fig 2. 等等。
二、拼圖
不可能直接在原始圖片上做上述修改，一般都要將若干張圖片或圖片的部分在一張畫布上進行分布，需經過 素材收集—拼合—標註 等步驟，因此在這裡稱之為拼圖。此步在獲得原始圖片之後進行，完成後再參照第一部分作修改。
1. 素材收集
左手邊懸停的快捷工具面板上選擇 選框工具（按扭右下角有擴展三角），選擇所要的區域，圖像/裁切，再將圖片另存。注意框選的方式有三種，在菜單欄下的那一行（工具定義欄），樣式：下拉框中：正常；固定長寬比；固定大小。為了避免在一張拼圖中出現不同的放大倍數，一般選擇固定大小。若需要顯示不同的放大倍數，則分別作不同的bar對應。
2. 拼合
打開一張圖片，圖像/畫布大小，彈出窗口中修改長寬值將畫布鋪開。可以參考原來的圖像，將長寬按倍數放大並略加大些作為分割白條，不必求精確，多餘的空白部分可以最後裁掉。下來排布各部分：矩形選框，框中需移動的部分，快捷工具面板切換到 移動工具，移動選中部分到位置，打開需拼合在一起的其它圖片，直接用移動工具將它們拖拽到畫布上。各部分都以層的形式存在，因此要移動，必須選中相應的層，否則會報告出錯。層的選擇在右手邊 圖層/通道/路徑 面板。各部分拖動到合適位置後，圖層/拼合圖層（做此步之前請仔細檢查確認，一旦拼合不滿意則可undo），再將多餘的白邊裁切掉。
3.標註
標註的內容主要包括bar條、箭頭等突出符號、編號等。
（1）bar條
利用Photoshop作bar條，需要採集和原始照片同等放大倍數下的標尺照片。這可以通過在不同放大倍數的物鏡下拍攝遊標卡尺的標準刻度來做到，注意遊標卡尺的厚度應與樣品的厚度一致，可通過加墊片來解決。同時打開樣品照片和標尺照片，在較大的比例縮放下，用矩形選框工具仔細選擇一段標尺，將此框移到樣品照片上，右鍵選擇填充黑色，將此bar層移到合適的位置後合併圖層。注意bar的放大縮小必須於圖片同時等比例，否則將失去意義。時間bar一般由採樣軟體給出，在此就不討論了。
（2）箭頭
Photoshop中繪製箭頭可能較其它一些專業的圖像分析軟體煩瑣一些。在左手邊的快捷鍵面板上選擇 自定義形狀工具（有的顯示為 直線工具，按扭右下角擴展三角中可改變），菜單欄下的工具定義欄中 形狀：下拉框中可選擇三種不同形狀的箭頭，選中後在圖片窗口中拖動就可畫出箭頭。不過這三種箭頭的形狀不是慣常的形狀。最常用的三角、燕尾、平腳箭頭可以用另一方法畫出：點選 直線工具，點右邊的下拉小三角出現箭頭參數選單，勾選箭頭位置（不勾則劃直線），寬度、長度、凹度分別為500%、500%、0時可畫出三角；500%、1000%、25可畫出燕尾；500%、1000%、0可畫出平角。畫出的箭頭都分別佔一層，可各自移動到合適位置，要刪除也可用刪除層的方法，排列合適後拼合圖層。箭頭用來突出顯示需要讀者注意的地方，也可用其它方式，如加框等，這些都可以用Photoshop方便的完成，這裡就不贅述了。
（3）編號
利用左手邊的快捷鍵面板上的 文字工具 可以方便的添加文字及字母，點擴展三角還可以選擇橫排文字還是豎排。建議英文字體選擇 Arial，較Times New Roman更清晰。編號、坐標值等文字信息可以放到修改圖片大小及解析度之後做，可避免文字變得不清晰，也可防止有時單調長或寬而使文字變瘦長或矮胖。添加的文字也單獨成層，最後注意拼合圖層。
三、原始圖像的獲取
任何修改工作都是在原始圖像的基礎上進行。如果原始圖像質量不佳，那必將事倍功半。下面對有利於原始圖像質量的細節略做介紹。因為不同來源的圖像，其注意點也不一樣，因此分開。
（1）來自照相的。
獲得的數碼文件多是在顯微鏡視野下採集的，因此聚焦和暴光是必須要考慮的。顯微鏡下景深極淺，意味著聚焦清晰不能依賴於小光圈，而應靠精細調節顯微鏡。注意應使照相通道和目鏡觀察通道相一致，即目鏡下最清晰時也是拍照最清晰的，以方便拍照。拍照時相機應選擇最大光圈，廣角端。不要使用望遠變焦，它使得視野變小且放大倍數難以計算。聚焦不清的另一主要問題在於相機的抖動。雖然一般相機都固定在顯微鏡上，但按快門時的手震有時仍不可忽視，這時一個簡單的辦法是利用相機的自拍功能，按下快門之後經倒數計時後正式拍攝。一般明視野下，利用相機的自動暴光都能達到要求；暗視野下有時需要高達幾分鐘的暴光時間，這是一般數位相機達不到的，只能通過專業的CCD系統並用軟體幫助採集圖像。一些軟體可以用來修改暴光不足的照片，但暴光過度往往使圖像細節丟失。顯微鏡下拍攝時閃光燈不起作用，將它關閉。通過白平衡，一般不會產生嚴重的偏色。另外，由於鏡頭的原因，邊角處難免會有失真，因此，請保證目標在視野正中，鏡頭成像最佳範圍內，而無須鋪滿整個視野，現在的數位相機的像素值已經足夠高了。
（2）來自採樣軟體的。
採樣軟體所採得的原始圖形一般儲存在特定格式的文件中，通過該軟體或配套的分析軟體打開。有的採樣或分析軟體可以將圖形直接輸出到word或Photoshop中，但有的則不能。這時最簡單的辦法就是通過抓屏或抓圖軟體來獲取。通過採樣軟體獲取的圖形輸出後僅做些切割、拼合的工作，不應該做更多其它的修改。圖形在採樣軟體中可以通過改變x; y軸的縮放比改變形狀，因此一組圖片應該選擇統一的標準，並且標註x, y標尺。圖形的精細程度和採樣頻率相關，採樣頻率越高，圖片越精細。圖片中不必要的顏色信息可以在Photoshop中丟棄，圖像/調整/去色。
（3）來自統計作圖軟體的。
常用的統計作圖軟體包括origin、sigmaplot等，功能非常強大，但一般應用excel也可滿足。這些軟體作的圖一般都可直接輸出到word及Photoshop中（如excel，選中圖片，右鍵複製，打開Photoshop，新建，自動跳出匹配的畫布大小，編輯/粘貼 即可），所以修改圖片應多在統計軟體中，輸出後不宜多做修改。圖中儘量不要用顏色或灰度來區別組間，而多利用形狀特徵。如excel的柱狀圖，選擇 填充/圖案，裡面有足夠多的選擇項。各統計作圖軟體功能強大，超出了本文敘述的範圍，就不多說了。
四、分類別保存文件
圖片處理過程中要注意分類別進行文件保存，可以分為以下幾類進行：
① 原始圖片，主要是攝像或拍照的圖片(彩圖)。
② 原始數據，主要是EXCEL文件。
③ 統計數據，主要是SPSS數據文件。
④ 軟體作圖文件，主要是sigmaplot、AI及SPSS作圖可修改原始圖片數據。
⑤ 最終實驗數據，主要是手稿、PPT及圖片。