鄉村民宿的興起為全市農村經濟社會發展注入了新的動力，但作為一個新興的行業，與鄉村民宿較為發達北京和雲南相比，杭州鄉村民宿還處於初創階段，仍存在一些需要改進和提升的問題。
1.產業整體集聚度不高，配套設施不完善
杭州市的鄉村民宿僅有少量的集聚區，如千島湖芹川古村鄉宿、杭州三舍精品民宿等，並形成了一定的品牌效應。其他如富陽雲臺石寨、臨安一山九舍微酒店等，還處在建設和發展初期。大多數鄉村民宿由於缺少統一規劃，布局零散，周邊道路、停車、無線網絡等公共設施配套水平有限。
2.專業化運作規模不足，主題特色不突出。
鄉村民宿經營主體多為當地農民，經營理念較為傳統和陳舊，管理服務人員的職業化程度較低，因而導致多數鄉村民宿的主題不突出、不明顯，且同質化現象嚴重。無論是鄉村民宿的建築風格、室內裝修等硬體設施方面，還是在食宿服務、體驗分享等方面，大部分鄉村民宿還不具備特色主題，全市僅34.9%的鄉村民宿具備了相應的主題特徵。
3.經營發展持續性不強，潮汐現象明顯。
主要表現在：
一是市場目標定位不明。鄉村民宿作為有別於農家樂的深度旅遊產品，有其特定的客戶群體，須根據目標市場的個性化需求設計產品，而大部分鄉村民宿並未做市場細分，經營的主題定位也不明確，提供的服務產品單一雷同，易導致同質化競爭。
二是淡旺季和「5+2」潮汐現象明顯。全市60.3%的鄉村民宿在周邊5公裡內有鄉村旅遊資源，不少依託鄉村旅遊景點開發的鄉村民宿，受季節性影響較大，普遍存在「旅遊旺季人滿為患、旅遊淡季關門打烊」「節假日一房難求、工作日一房不售」的不平衡現象，淡旺季鄉村民宿入住率相差高達72個百分點。
三是文化挖掘不深，個性彰顯不足。對鄉土文化挖掘不夠，缺少其他能夠吸引遊客的創意資源和產品，難以滿足遊客對體驗化、情感化的需求。
4.發展環境優化度不高，政策支持不強勁。
隨著鄉村民宿產業的發展，越來越多的農民和創客希望投入這一行業，但現有鄉村民宿發展的外部環境有待進一步優化。
一是營業證照難以辦理。雖然2017年出臺《促進鄉村民宿業規範發展實施辦法》，對鄉村民宿的經營條件、規範管理、證照審核等進行了明確的要求。但實際情況中，由於鄉村民宿多由農戶自行新建或改建，無須消防、環保、衛生等部門審批，無法提供施工驗收報告，因此不能取得鄉村民宿規範經營所必須的消防安全等相關證照，也難以取得營業執照。
二是民宿發展承擔的稅費仍有不少。民宿實施辦法出臺了相關的政策，但是在一些方面仍需要農民承擔相關的費用，如信息採集相關費用，身份證綜合信息採集系統設備費10860元，農民還要承擔系統維護費、專用網絡使用費以及相關的使用培訓費用。
三是鄉村民宿經營用房有限。受農民自建房屋面積和高度的制約，以及現行的農村集體建設用地政策影響，民宿向產業化、規模化發展受到限制。
四是資金籌集難度較大。鄉村民宿建設初期需要在房屋改造、硬體設施上投入較多資金，而農民的融資渠道狹窄，直接投資開發的資金壓力較大；有條件發展鄉村民宿集群的村（社區、村），在基礎設施提升及原住民安置上也需要較大投入。僅在鄉村民宿消防投入方面，達到消防相關要求的投入每個房間（2床位）800元以上，江寧區湯家家民宿村在1000元左右。