蓮花寺，位於南川區金佛山清涼頂下，始建於明。據光緒《南川縣誌》之《寺觀》載，「蓮花寺，金佛山東最高處。建自明季，今廢。尚存椒樹數十株，大者合抱。有石筍矗立寺前，山下數十裡外皆望見之」。
清涼頂為金佛山最高處，相傳為欲界之仙都，峰戀疊翠，古木蔥蘢，有奇巖怪石之險，流泉飛瀑之勝，為古今攬勝頤神勝地。其址四面支山，壁高千仞，西有佛頭大山，東可觀馬嘴巖，北有獅子巖可望，南有無數石筍排列，俗號「千佛」， 景極幽邃。
據《南川縣鄉土志》第一章第二節《山》中所載：金佛山，在治所東南五十裡，高數十裡，其形盤旋如龍，約長八九十裡，最高處曰「清涼頂」，四望數百裡，川黔風景，竟赴目中，真大觀也。鹹豐《南川縣誌》卷二《山川》又載「清涼頂，金佛山之絕頂也。下有九曲河、天生橋諸勝，惜灌木叢篁，古無人徑，遊者恆苦之。」
蓮花寺址位於金山之洞天福地中，後靠巍峨壯觀的清涼頂，層嵐迭翠，寺前為一片平迆之地，土肥草茂，竹林蔥蘢，青翠欲滴。四周群峰環繞，如蓮花怒放，而寺址正位於蓮蕊處，故以蓮花寺名之。清代南川名士周伯寅曾遊蓮花寺址，嘆其滿山蒼翠馥鬱，地闊天高，賦詩云，「椒葉椒花春復秋，莫將零落問來由。空門自古無文字，只有天龍一指頭。」詩文雖不長，卻將金山聖境，佛剎遺址，躍然眼前。
蓮花寺古為金佛山四大古剎之一，昔日山水喬木，僧房高下，景物清絕，為金山聖域。相傳寺宇極盛時期有殿堂九重，凡殿、堂、樓、閣、廨、寮、宇、舍等無不具備。寺內所供諸佛繁多，不可勝數，佛祖、諸天、金剛、羅漢、韋馱、伽藍諸像，靡不鮮而美備。而米、面、粉、油、織、染、紙、香、燭等所需，皆僧眾自作自給。常住僧眾近百人，終日香菸繚繞，四方緇流禮誦於此，為金山四大古剎之一。
每至佛誕會期，信眾從北坡獨碼頭山出發，經二坪崗，藥廠崗，翻越漢口嶺，到達金佛山最高峰清涼頂，再往南十餘裡即達「蓮花寺」行香拜聖。寺僧亦在山門外搭建茶棚，施茶施粥，普結善緣。後世因兵火之擾，規模逐漸縮小，寺宇漸至凋落，山門寂廖，殿宇傾頽，金容剝落，一片荒涼。
清嘉慶年間，邑舉人周伯寅曾遊金佛山，作《前遊金佛山記》，文中所載，「……由獅子口東望十裡許，有石筍孤廋撐空，宛如倚天長劍，其上即古蓮花寺，破瓦頽垣，無復存者，猶有大椒百餘株，合抱成林，下多可採之藥…..。」由周氏之文中所述，在清中晚期時，古寺已然頹敗，棟梁朽壞，磚瓦失色。又訪鄉耆長老，得知民國年間，古剎僅餘殿堂二間，寺僧二人住錫。每日禮佛外，惟捻珠誦經，垂簾靜坐。
1950年後，殿宇廢弛，諸佛遭毀。後有山民陸續在寺址上種植方竹筍林，現古剎遺址已被茂密的竹林覆蓋，聖跡難覓。